MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila psittaci 01DC11 chromosome

Total Repeats: 136

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017289	TGTTT	2	10	6761	6770	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017289	ATAAA	2	10	34287	34296	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017289	TTTTG	2	10	52489	52498	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017289	TTAAT	2	10	57969	57978	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017289	CACTT	2	10	71134	71143	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017289	AATTT	2	10	77747	77756	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017289	AGGAA	2	10	84759	84768	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017289	AGAAA	2	10	87356	87365	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017289	AATTA	2	10	93965	93974	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017289	ATTTG	2	10	98962	98971	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017289	AAAAT	2	10	99683	99692	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017289	CTTTT	2	10	108365	108374	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017289	CTTTT	2	10	122882	122891	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017289	TTCTT	2	10	131365	131374	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017289	TTTTA	2	10	148194	148203	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017289	TAAAT	2	10	164515	164524	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017289	TTTTC	2	10	169267	169276	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017289	CAAAA	2	10	173587	173596	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017289	CGCAT	2	10	173957	173966	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_017289	AATGT	2	10	187389	187398	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017289	TTTTA	2	10	193930	193939	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017289	CCCTA	2	10	195293	195302	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
23	NC_017289	GTTTT	2	10	198645	198654	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017289	ATTAA	2	10	201069	201078	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017289	ATAAA	2	10	225903	225912	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017289	ATTTT	2	10	226760	226769	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017289	TAAAA	2	10	240131	240140	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017289	TTTAA	2	10	255893	255902	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017289	AAGAT	2	10	255967	255976	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017289	GAAGA	2	10	267661	267670	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017289	TAAAA	2	10	274676	274685	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017289	ATTTT	2	10	289741	289750	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017289	AAAGG	2	10	301459	301468	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017289	ATAGG	2	10	307686	307695	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017289	CATAG	2	10	310421	310430	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017289	TAAGA	2	10	318969	318978	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017289	TGAAA	2	10	332756	332765	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017289	ATTAT	2	10	342257	342266	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017289	CTTTT	2	10	343139	343148	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017289	TTTCT	2	10	347577	347586	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017289	AATAA	2	10	350942	350951	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017289	TGAAA	2	10	352170	352179	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017289	GTATT	2	10	363302	363311	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017289	GCATA	2	10	369399	369408	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017289	GAATA	2	10	371380	371389	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017289	CACTA	2	10	390030	390039	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017289	GTTTC	2	10	391130	391139	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017289	TTTAA	2	10	397277	397286	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017289	ATTTT	2	10	446569	446578	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017289	GCTTC	2	10	455483	455492	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_017289	ATAGA	2	10	463479	463488	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017289	ATGTA	2	10	470368	470377	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017289	TAAAT	2	10	477010	477019	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017289	AACTT	2	10	477023	477032	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017289	TGAGA	2	10	477131	477140	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017289	TAAAT	2	10	478296	478305	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017289	AAATA	2	10	483688	483697	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017289	TTAAA	2	10	484848	484857	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017289	TTTAC	2	10	493672	493681	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017289	AAAAT	2	10	493729	493738	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017289	AATCT	2	10	504522	504531	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017289	TAGGG	2	10	504647	504656	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017289	TAAAA	2	10	549019	549028	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017289	TTTCT	2	10	559609	559618	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017289	AAATA	3	15	559622	559636	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017289	TTATT	2	10	570914	570923	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017289	ATTAA	2	10	570952	570961	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017289	ATATA	2	10	585379	585388	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017289	ACAAA	2	10	586637	586646	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017289	CAATA	2	10	592237	592246	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017289	AATTA	2	10	593107	593116	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017289	ATTTA	2	10	597358	597367	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017289	ATTTT	2	10	601228	601237	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017289	TATCC	2	10	622722	622731	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_017289	AGGGG	2	10	630545	630554	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017289	ATCAA	2	10	654191	654200	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017289	TTTTA	2	10	657182	657191	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017289	ATTCT	2	10	661009	661018	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017289	AAGAG	2	10	663398	663407	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017289	TCTTA	2	10	664546	664555	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017289	AAATA	2	10	664577	664586	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017289	CTAAG	2	10	667552	667561	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017289	AAAAT	2	10	669421	669430	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017289	TTAAT	2	10	669438	669447	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017289	CACAA	2	10	673980	673989	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_017289	TAAAA	2	10	675833	675842	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017289	TAAAA	2	10	692146	692155	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017289	GTCTT	2	10	708532	708541	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017289	GAGTT	2	10	710125	710134	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017289	GTCTT	2	10	711204	711213	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017289	AAACA	2	10	711505	711514	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017289	GTCTT	2	10	713883	713892	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017289	TAACC	2	10	714148	714157	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_017289	TCACA	2	10	714666	714675	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_017289	CAGAG	2	10	726418	726427	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017289	GGCCT	2	10	758343	758352	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_017289	AATCA	2	10	760325	760334	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017289	GAAAA	2	10	801965	801974	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017289	AGCTA	2	10	805106	805115	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017289	TTTAC	2	10	807029	807038	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017289	AAGAA	2	10	809723	809732	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017289	GTTTT	2	10	818974	818983	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017289	TCTTT	2	10	834762	834771	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017289	ATTTT	2	10	844722	844731	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017289	AGAAC	2	10	855199	855208	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017289	TAAAA	2	10	864634	864643	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017289	AAAAG	2	10	866348	866357	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017289	TCAAA	2	10	867914	867923	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017289	TAAAA	2	10	873348	873357	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017289	AAAAG	2	10	881300	881309	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017289	TTTTC	2	10	884437	884446	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017289	AAGTT	2	10	894197	894206	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017289	TCTAT	2	10	920672	920681	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017289	AAAAG	2	10	920752	920761	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017289	TTAAA	2	10	933697	933706	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017289	TTCTT	2	10	946919	946928	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017289	ACTAG	2	10	954511	954520	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017289	AATTA	2	10	959207	959216	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017289	CCCTT	2	10	972278	972287	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
120	NC_017289	AATTT	2	10	984286	984295	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017289	TCTTT	2	10	995754	995763	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017289	TATTG	2	10	995949	995958	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017289	TAAAT	2	10	1013307	1013316	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017289	TAGAT	2	10	1019396	1019405	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017289	GTAAC	2	10	1019733	1019742	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017289	AACCT	2	10	1021211	1021220	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_017289	TAACT	2	10	1022138	1022147	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017289	ACATA	2	10	1022877	1022886	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017289	CTTTC	2	10	1023957	1023966	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_017289	CTTCT	2	10	1025064	1025073	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
131	NC_017289	TTAAA	2	10	1032018	1032027	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017289	AACAA	2	10	1032231	1032240	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017289	TAAAA	2	10	1056833	1056842	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017289	AGCCC	2	10	1070456	1070465	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
135	NC_017289	TTAAT	2	10	1073394	1073403	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017289	AAAAG	2	10	1154741	1154750	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.