MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila psittaci 01DC11 chromosome

Total Repeats: 428

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017289	AATC	2	8	5414	5421	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017289	TAAT	2	8	6732	6739	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017289	GAAT	2	8	6852	6859	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017289	TAAA	2	8	17025	17032	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017289	TTTC	2	8	17682	17689	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_017289	ATTT	2	8	26656	26663	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017289	ATTA	2	8	26667	26674	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017289	TTTC	2	8	31652	31659	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_017289	TCTA	2	8	32056	32063	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017289	AATT	2	8	32380	32387	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017289	TTAA	2	8	32420	32427	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017289	TTAA	2	8	33516	33523	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017289	AGAT	2	8	33559	33566	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017289	TCAA	2	8	37781	37788	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_017289	GTCG	2	8	44200	44207	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_017289	AAGA	2	8	48055	48062	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017289	ATAA	2	8	49533	49540	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017289	AAAG	2	8	52613	52620	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017289	TTTA	2	8	52623	52630	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017289	GAAG	2	8	52726	52733	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017289	AAAG	2	8	54791	54798	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017289	GTTT	2	8	59897	59904	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017289	TATG	2	8	59912	59919	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017289	CTTT	2	8	64572	64579	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_017289	GATA	2	8	70220	70227	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017289	TAAT	2	8	77665	77672	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017289	TATT	2	8	77682	77689	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017289	TTAA	2	8	77691	77698	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017289	TAAA	2	8	77722	77729	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017289	ATTA	2	8	77739	77746	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017289	TAAA	2	8	80503	80510	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017289	AAAG	2	8	83483	83490	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017289	CAAG	2	8	84840	84847	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_017289	TTTA	2	8	87396	87403	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017289	ATAA	2	8	87451	87458	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017289	ATGT	2	8	93633	93640	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017289	ATAC	2	8	99191	99198	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_017289	AACA	2	8	99362	99369	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_017289	TGAT	2	8	99630	99637	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017289	TTAA	2	8	107111	107118	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017289	ATTT	2	8	122760	122767	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017289	AAAG	2	8	122935	122942	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017289	TAAT	2	8	123104	123111	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017289	TTAA	2	8	128519	128526	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017289	CTGG	2	8	128670	128677	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_017289	TTTA	2	8	128696	128703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017289	TGAT	2	8	139127	139134	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017289	TAGT	2	8	140256	140263	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017289	TTAT	2	8	146097	146104	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017289	TTAT	2	8	146132	146139	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017289	GTAA	2	8	146153	146160	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017289	TTTA	2	8	147427	147434	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017289	AATA	2	8	147482	147489	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017289	ATTT	3	12	147540	147551	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017289	TAAG	2	8	148607	148614	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017289	AAAG	2	8	148637	148644	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017289	GATG	2	8	159381	159388	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017289	GTAG	2	8	159407	159414	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017289	TTTC	2	8	160512	160519	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_017289	AAAT	2	8	164578	164585	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017289	ACTT	2	8	164631	164638	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_017289	TAGT	2	8	170090	170097	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017289	AAGA	2	8	173687	173694	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017289	TAAA	2	8	179363	179370	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017289	TTTA	2	8	179424	179431	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017289	AACT	2	8	179440	179447	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_017289	GATT	2	8	187308	187315	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017289	AGAT	2	8	191795	191802	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017289	GTTT	2	8	193728	193735	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017289	TATT	2	8	195454	195461	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017289	TAAA	3	12	195485	195496	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017289	GTTT	2	8	196535	196542	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017289	CACT	2	8	198183	198190	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_017289	GCTT	2	8	198277	198284	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_017289	CTTT	2	8	198437	198444	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_017289	ATTA	2	8	198454	198461	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017289	CTTT	2	8	198612	198619	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_017289	AATC	2	8	198620	198627	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_017289	ATTA	2	8	198757	198764	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017289	TAAT	2	8	201085	201092	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017289	TAAA	2	8	204098	204105	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017289	CAAA	2	8	205221	205228	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_017289	TTTA	2	8	205667	205674	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017289	GTTT	2	8	211879	211886	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017289	AAGA	2	8	222934	222941	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017289	AACA	2	8	226752	226759	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_017289	ATTA	2	8	232256	232263	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017289	CTTG	2	8	238182	238189	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_017289	GAAT	2	8	238233	238240	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017289	AATT	2	8	238372	238379	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017289	TTTC	2	8	238472	238479	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_017289	ATAA	2	8	239854	239861	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017289	GCTT	2	8	240032	240039	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_017289	GTTT	2	8	240903	240910	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017289	TCAT	2	8	241133	241140	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_017289	AGGA	2	8	244063	244070	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017289	TAAA	2	8	263033	263040	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017289	GTTC	2	8	266720	266727	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_017289	TAAT	2	8	266823	266830	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017289	AATT	2	8	266838	266845	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017289	TAAT	2	8	267915	267922	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017289	TAAA	2	8	268029	268036	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017289	TTGT	2	8	274657	274664	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017289	AAAT	2	8	276702	276709	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017289	TACT	2	8	281051	281058	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_017289	AATT	2	8	281072	281079	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017289	TGTA	2	8	281115	281122	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017289	GTTT	2	8	282024	282031	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017289	ATTT	2	8	289677	289684	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017289	TAAT	3	12	289724	289735	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017289	TAGA	2	8	291561	291568	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017289	TCTA	2	8	291593	291600	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_017289	TATT	2	8	291644	291651	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017289	AATG	2	8	299742	299749	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017289	GTTT	2	8	299892	299899	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017289	TGTT	2	8	301209	301216	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017289	ATTG	2	8	301296	301303	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017289	TTGA	2	8	301367	301374	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017289	GATT	2	8	307647	307654	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017289	GAAA	2	8	307779	307786	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017289	CTAC	2	8	307847	307854	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_017289	TTAT	2	8	310341	310348	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017289	GGGA	2	8	310508	310515	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017289	ATGC	2	8	319041	319048	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_017289	TTCG	2	8	319162	319169	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_017289	AGGA	2	8	319179	319186	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017289	GCTG	2	8	327205	327212	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
128	NC_017289	AAAG	2	8	332797	332804	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017289	TTTG	2	8	336032	336039	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017289	AGTT	2	8	342237	342244	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017289	CAGA	2	8	343081	343088	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_017289	TGAT	2	8	343107	343114	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017289	TATT	2	8	345293	345300	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017289	ATAA	2	8	349103	349110	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017289	TCTT	2	8	349868	349875	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_017289	AGAA	2	8	351870	351877	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017289	ATTT	2	8	354416	354423	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017289	TAGT	2	8	354471	354478	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017289	ATAC	2	8	356678	356685	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_017289	TTTG	2	8	361971	361978	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017289	AGAA	2	8	362095	362102	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017289	GCTT	2	8	363319	363326	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_017289	TTAA	2	8	372228	372235	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017289	ATCT	2	8	375243	375250	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_017289	AACT	2	8	376087	376094	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_017289	GTTT	2	8	387074	387081	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017289	TAAT	2	8	389772	389779	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017289	AAGA	2	8	389807	389814	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017289	ATTA	2	8	389832	389839	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017289	AAAC	2	8	391145	391152	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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152	NC_017289	TTAA	2	8	401514	401521	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.