MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila psittaci 6BC chromosome

Total Repeats: 135

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017287	TGTTT	2	10	6669	6678	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017287	ATAAA	2	10	34195	34204	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017287	TTTTG	2	10	52397	52406	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017287	TTAAT	2	10	57877	57886	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017287	TCTTT	2	10	59321	59330	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017287	CACTT	2	10	71042	71051	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_017287	AATTT	2	10	77655	77664	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017287	AGGAA	2	10	84667	84676	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017287	AGAAA	2	10	87264	87273	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017287	AATTA	2	10	93873	93882	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017287	ATTTG	2	10	98870	98879	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017287	AAAAT	2	10	99591	99600	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017287	CTTTT	2	10	108273	108282	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017287	CTTTT	2	10	122789	122798	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017287	TTCTT	2	10	131272	131281	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017287	TTTTA	2	10	148100	148109	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017287	TAAAT	2	10	164419	164428	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017287	TTTTC	2	10	169171	169180	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017287	CAAAA	2	10	173491	173500	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017287	CGCAT	2	10	173861	173870	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017287	AATGT	2	10	187293	187302	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017287	TTTTA	2	10	193834	193843	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017287	CCCTA	2	10	195197	195206	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
24	NC_017287	GTTTT	2	10	198549	198558	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017287	ATTAA	2	10	200973	200982	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017287	ATAAA	2	10	225807	225816	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017287	ATTTT	2	10	226664	226673	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017287	GAAGA	2	10	267565	267574	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017287	TAAAA	2	10	274580	274589	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017287	ATTTT	2	10	289825	289834	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017287	AAAGG	2	10	301541	301550	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017287	ATAGG	2	10	307768	307777	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017287	CATAG	2	10	310502	310511	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017287	TATTT	2	10	311277	311286	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017287	AATAT	2	10	313525	313534	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017287	TAAGA	2	10	319050	319059	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017287	AACTC	2	10	327816	327825	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_017287	AAGAC	2	10	329435	329444	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017287	CAAAG	2	10	329616	329625	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017287	TGAAA	2	10	332836	332845	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017287	GAAAG	2	10	333360	333369	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017287	TTCTT	2	10	335116	335125	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017287	CTTTT	2	10	336437	336446	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017287	ATTAT	2	10	342336	342345	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017287	CTTTT	2	10	343218	343227	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017287	TTTCT	2	10	347656	347665	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017287	TCTTG	2	10	349128	349137	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017287	AATAA	2	10	351021	351030	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017287	TGAAA	2	10	352249	352258	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017287	GTATT	2	10	363380	363389	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017287	GAATA	2	10	371458	371467	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017287	CACTA	2	10	390108	390117	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_017287	GTTTC	2	10	391208	391217	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017287	TTTAA	2	10	397355	397364	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017287	ATTTT	2	10	446646	446655	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017287	GCTTC	2	10	455560	455569	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_017287	ATAGA	2	10	463556	463565	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017287	ATGTA	2	10	470445	470454	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017287	TAAAT	2	10	477087	477096	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017287	AACTT	2	10	477100	477109	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017287	TGAGA	2	10	477208	477217	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017287	AAATA	2	10	483802	483811	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017287	TTAAA	2	10	484962	484971	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017287	TTTAC	2	10	493786	493795	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017287	AAAAT	2	10	493843	493852	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017287	AATCT	2	10	504636	504645	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017287	TAGGG	2	10	504761	504770	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017287	TAAAA	2	10	549134	549143	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017287	TTTCT	2	10	559724	559733	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017287	AAATA	3	15	559737	559751	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017287	TTATT	2	10	571029	571038	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017287	ATTAA	2	10	571067	571076	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017287	ATATA	2	10	585494	585503	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017287	ACAAA	2	10	586752	586761	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017287	CAATA	2	10	592352	592361	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017287	AATTA	2	10	593222	593231	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017287	ATTTA	2	10	597473	597482	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017287	ATTTT	2	10	601343	601352	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017287	TATCC	2	10	622841	622850	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_017287	AGGGG	2	10	630664	630673	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017287	ATCAA	2	10	653573	653582	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017287	CAACA	2	10	655214	655223	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_017287	TTCTT	2	10	655282	655291	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017287	TTTTA	2	10	656564	656573	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017287	ATTCT	2	10	660393	660402	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017287	AAGAG	2	10	662782	662791	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017287	TCTTA	2	10	663930	663939	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017287	AAATA	2	10	663961	663970	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017287	CTAAG	2	10	666936	666945	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017287	AAAAT	2	10	668805	668814	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017287	TTAAT	2	10	668822	668831	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017287	CACAA	2	10	673364	673373	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_017287	TAAAA	2	10	675217	675226	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017287	TAAAA	2	10	691530	691539	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017287	GTCTT	2	10	707916	707925	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017287	GAGTT	2	10	709498	709507	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017287	CAGAG	2	10	725794	725803	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017287	GGCCT	2	10	757719	757728	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_017287	AATCA	2	10	759701	759710	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017287	GAAAA	2	10	801344	801353	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017287	AGCTA	2	10	804485	804494	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017287	TTTAC	2	10	806408	806417	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017287	AAGAA	2	10	809102	809111	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017287	GTTTT	2	10	818353	818362	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017287	TCTTT	2	10	834141	834150	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017287	ATTTT	2	10	844101	844110	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017287	AGAAC	2	10	854578	854587	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017287	AAAAG	2	10	865727	865736	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017287	TCAAA	2	10	867293	867302	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017287	TAAAA	2	10	872727	872736	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017287	AAAAG	2	10	880679	880688	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017287	TTTTC	2	10	883816	883825	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017287	AAGTT	2	10	893576	893585	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017287	TCTAT	2	10	920049	920058	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017287	TTAAA	2	10	933074	933083	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017287	ACTAG	2	10	953888	953897	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017287	AATTT	2	10	983663	983672	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017287	TCTTT	2	10	995131	995140	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017287	TATTG	2	10	995326	995335	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017287	TAAAT	2	10	1012684	1012693	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017287	TAGAT	2	10	1018772	1018781	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017287	GTAAC	2	10	1019109	1019118	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017287	AACCT	2	10	1020587	1020596	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_017287	TAACT	2	10	1021514	1021523	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017287	ACATA	2	10	1022253	1022262	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017287	CTTTC	2	10	1023333	1023342	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_017287	CTTCT	2	10	1024440	1024449	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_017287	TTAAA	2	10	1031394	1031403	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017287	AACAA	2	10	1031607	1031616	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017287	TTCTC	2	10	1038117	1038126	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
131	NC_017287	TAAAA	2	10	1056210	1056219	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017287	AGCCC	2	10	1069833	1069842	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
133	NC_017287	TTAAT	2	10	1072771	1072780	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017287	CAAAG	2	10	1099664	1099673	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017287	AAAAG	2	10	1154123	1154132	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.