MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila pneumoniae LPCoLN chromosome

Total Repeats: 152

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017285	TTTGT	2	10	27864	27873	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017285	GAAAA	2	10	56657	56666	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017285	TGATG	2	10	59898	59907	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017285	TTTGA	2	10	72952	72961	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017285	TTTTC	2	10	73084	73093	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017285	AATAG	2	10	79968	79977	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017285	TTAAT	2	10	80028	80037	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017285	CTTTT	2	10	111004	111013	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017285	TAAAA	2	10	127931	127940	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017285	GTTAT	2	10	132733	132742	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017285	AAATT	2	10	142495	142504	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017285	ATAAA	2	10	164018	164027	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017285	TTAAA	2	10	173166	173175	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017285	TTTTA	2	10	195291	195300	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017285	GAAAA	2	10	195392	195401	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017285	ATTAA	2	10	196408	196417	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017285	TGATT	2	10	198445	198454	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017285	CAATC	2	10	201061	201070	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_017285	TTTAG	2	10	204350	204359	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017285	TTTTA	2	10	224357	224366	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017285	TTGCT	2	10	227399	227408	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017285	TACTC	2	10	227428	227437	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_017285	GATAG	2	10	247694	247703	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017285	TTTAG	2	10	261564	261573	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017285	CTTAA	2	10	261632	261641	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017285	TTGTG	2	10	271002	271011	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017285	TTTAA	2	10	276334	276343	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017285	ATTTT	2	10	292531	292540	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017285	AAATT	2	10	294213	294222	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017285	ATCGG	2	10	297413	297422	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017285	AATAT	2	10	298666	298675	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017285	GTGTT	2	10	299131	299140	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017285	ACAGC	2	10	299664	299673	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017285	AAGAC	2	10	309044	309053	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017285	TAAAA	2	10	312170	312179	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017285	ATTTT	2	10	316345	316354	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017285	TAAAA	2	10	331437	331446	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017285	AAGGG	2	10	337674	337683	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017285	AAATT	2	10	347910	347919	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017285	CCCAT	2	10	373089	373098	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
41	NC_017285	TTATG	2	10	377881	377890	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017285	TTTAG	2	10	397058	397067	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017285	GAAAA	2	10	421912	421921	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017285	ATTTG	2	10	431155	431164	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017285	AAAAT	2	10	433077	433086	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017285	TCTTT	2	10	436211	436220	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017285	AGATG	2	10	441076	441085	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017285	ATTTT	2	10	463910	463919	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017285	TTAAA	2	10	464303	464312	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017285	ATTTT	2	10	506360	506369	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017285	TTTCT	2	10	517398	517407	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017285	TTAAG	2	10	528322	528331	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017285	TCATT	2	10	543178	543187	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017285	TTTTG	2	10	544388	544397	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017285	ATTTT	2	10	549196	549205	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017285	AAAAG	2	10	562629	562638	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017285	ATTTT	2	10	562678	562687	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017285	TATTT	2	10	572047	572056	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017285	TTGTT	2	10	572100	572109	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017285	CTTAG	2	10	574226	574235	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017285	GTTTT	2	10	581293	581302	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017285	CTAAT	2	10	582682	582691	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017285	ATAAA	2	10	582697	582706	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017285	AAATT	2	10	583695	583704	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017285	TTTTA	2	10	585192	585201	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017285	TTTGT	2	10	585219	585228	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017285	ATCAA	2	10	586601	586610	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017285	ATTTT	2	10	591443	591452	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017285	AAAAT	2	10	591500	591509	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017285	TATTT	2	10	594058	594067	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017285	TAATA	2	10	595356	595365	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017285	TTAAA	2	10	605548	605557	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017285	AAGAA	2	10	613163	613172	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017285	ATTTT	2	10	616472	616481	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017285	AAAAG	2	10	623715	623724	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017285	TTATT	2	10	637574	637583	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017285	ATCTA	2	10	644709	644718	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017285	AAGAA	2	10	667970	667979	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017285	CTCCC	2	10	686919	686928	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
80	NC_017285	GAAAA	2	10	691822	691831	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017285	AGATT	2	10	710779	710788	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017285	AGCTA	2	10	754558	754567	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017285	ATTAA	2	10	760643	760652	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017285	TAGAT	2	10	767654	767663	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017285	AGAAA	2	10	779301	779310	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017285	TATAA	2	10	804854	804863	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017285	ACCTC	2	10	818183	818192	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
88	NC_017285	TCCCT	2	10	819712	819721	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
89	NC_017285	AGTGG	2	10	820611	820620	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017285	ATATT	2	10	820692	820701	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017285	TGCTT	2	10	838165	838174	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017285	ATAAG	2	10	838372	838381	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017285	ACCAC	2	10	839876	839885	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
94	NC_017285	ACCAC	2	10	840206	840215	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
95	NC_017285	ATCAC	2	10	852006	852015	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_017285	TTAAA	2	10	852044	852053	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017285	CAAAA	2	10	866389	866398	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017285	TTATT	2	10	879741	879750	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017285	TTCTC	2	10	894520	894529	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_017285	AAACA	2	10	897592	897601	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017285	GCTCC	2	10	901288	901297	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
102	NC_017285	ATTTT	2	10	902560	902569	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017285	TCTCC	2	10	921860	921869	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
104	NC_017285	ATTTT	2	10	922042	922051	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017285	ATTCT	2	10	927831	927840	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017285	GAAAA	2	10	938821	938830	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017285	TTTTC	2	10	951645	951654	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017285	AAGTT	2	10	951665	951674	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017285	TAAAA	2	10	958739	958748	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017285	ATTTT	2	10	959792	959801	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017285	TCTAT	2	10	965402	965411	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017285	TCATC	2	10	965412	965421	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
113	NC_017285	ATTTT	2	10	965661	965670	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017285	AATTA	2	10	986431	986440	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017285	TAAAA	2	10	993576	993585	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017285	ATGAG	2	10	999567	999576	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017285	TTATT	2	10	999653	999662	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017285	TAATT	2	10	999929	999938	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017285	TATAT	2	10	1005036	1005045	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017285	ATAAA	2	10	1007061	1007070	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017285	TTTAA	2	10	1012524	1012533	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017285	TACGC	2	10	1012640	1012649	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_017285	AAATC	2	10	1014350	1014359	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017285	TATTC	2	10	1015478	1015487	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017285	TATAA	2	10	1022271	1022280	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017285	TACTT	2	10	1028715	1028724	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017285	AAAAT	2	10	1034028	1034037	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017285	AATTT	2	10	1043054	1043063	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017285	TAACT	2	10	1080444	1080453	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017285	TTCAG	2	10	1080888	1080897	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017285	ACATA	2	10	1081183	1081192	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017285	CTTTC	2	10	1082262	1082271	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
133	NC_017285	CTTCC	2	10	1089344	1089353	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
134	NC_017285	TAAAA	2	10	1090065	1090074	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017285	TCCTT	2	10	1093514	1093523	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_017285	TTTCA	2	10	1104575	1104584	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017285	TTCTT	2	10	1121809	1121818	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017285	AAGCA	2	10	1152362	1152371	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017285	AGTAA	2	10	1152672	1152681	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017285	AAATT	2	10	1160383	1160392	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017285	ATTTT	2	10	1163440	1163449	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017285	AGATC	2	10	1167422	1167431	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017285	AAAGA	2	10	1175813	1175822	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017285	TATCT	2	10	1177138	1177147	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017285	AAACA	2	10	1185471	1185480	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017285	TTTTA	2	10	1209929	1209938	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017285	ATTAA	2	10	1214586	1214595	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017285	CTTTC	2	10	1230971	1230980	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
149	NC_017285	TCTTG	2	10	1231030	1231039	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
150	NC_017285	TAACA	2	10	1233818	1233827	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
151	NC_017285	CTTTA	2	10	1233916	1233925	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
152	NC_017285	GTGTT	2	10	1235857	1235866	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.