MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium difficile BI1

Total Repeats: 348

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017177	AAGA	2	8	1184	1191	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017177	TCTA	2	8	1210	1217	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017177	ATTT	2	8	1218	1225	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017177	TTTA	2	8	1261	1268	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017177	TCAA	2	8	1514	1521	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_017177	TTTA	2	8	1573	1580	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017177	CATA	2	8	1591	1598	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_017177	ATAG	2	8	1612	1619	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017177	TATT	2	8	1698	1705	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017177	TCCT	2	8	1748	1755	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_017177	TAAA	2	8	1773	1780	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017177	ATGG	2	8	3222	3229	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017177	TAAA	2	8	3440	3447	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017177	TATT	2	8	6518	6525	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017177	AATA	2	8	6537	6544	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017177	TAAT	2	8	10648	10655	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017177	TTTA	3	12	12729	12740	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017177	TAAA	2	8	13027	13034	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017177	AAAT	2	8	13050	13057	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017177	TAAC	2	8	13303	13310	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_017177	TAAT	2	8	13865	13872	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017177	TAAA	2	8	13966	13973	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017177	AAAT	2	8	14004	14011	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017177	TAAA	2	8	24236	24243	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017177	ATTT	2	8	24259	24266	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017177	TAAG	2	8	24577	24584	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017177	TAAT	2	8	25906	25913	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017177	AAAG	2	8	25991	25998	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017177	TAAA	2	8	32481	32488	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017177	GTAG	2	8	32560	32567	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017177	TAAT	2	8	32767	32774	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017177	ATAA	2	8	33413	33420	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017177	ATAA	2	8	33443	33450	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017177	TAAA	2	8	36597	36604	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017177	CTTT	2	8	38452	38459	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_017177	TAAA	2	8	38522	38529	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017177	AAGA	2	8	38530	38537	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017177	CTTT	2	8	38556	38563	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_017177	TAAT	2	8	39122	39129	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017177	ATAA	2	8	40096	40103	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017177	TAAG	2	8	40332	40339	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017177	GAAG	2	8	40842	40849	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017177	AAGA	2	8	40929	40936	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017177	TTGT	2	8	41236	41243	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017177	TAAA	2	8	41548	41555	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017177	AAAT	2	8	41588	41595	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017177	CTTG	2	8	42293	42300	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_017177	ATCT	2	8	42895	42902	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_017177	TATT	2	8	43004	43011	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017177	AATA	2	8	46093	46100	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017177	TAAA	2	8	46744	46751	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017177	AGAT	2	8	47996	48003	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017177	TTAT	2	8	49951	49958	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017177	AATT	2	8	50134	50141	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017177	TAAA	2	8	50230	50237	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017177	AATA	2	8	50313	50320	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017177	TTAT	2	8	53189	53196	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017177	AATT	2	8	60791	60798	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017177	ATTT	2	8	65582	65589	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017177	AAAT	2	8	65669	65676	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017177	ATTT	2	8	65856	65863	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017177	TTAA	2	8	67762	67769	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017177	TTAA	2	8	69186	69193	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017177	TAAA	2	8	69774	69781	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017177	ATAA	2	8	69891	69898	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017177	TAAA	2	8	70776	70783	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017177	ATAA	2	8	70896	70903	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017177	TACA	2	8	71744	71751	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_017177	TATT	2	8	73582	73589	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017177	TATT	2	8	73625	73632	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017177	TACT	2	8	74790	74797	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_017177	ATTA	2	8	75622	75629	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017177	TACT	2	8	78835	78842	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_017177	ATTA	2	8	81216	81223	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017177	TTAT	2	8	81224	81231	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017177	TACA	2	8	82940	82947	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_017177	CTTT	2	8	85051	85058	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_017177	ATAA	2	8	85123	85130	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017177	CAAT	2	8	85884	85891	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_017177	TTAA	2	8	85967	85974	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017177	AAAT	2	8	89317	89324	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017177	AATT	2	8	91911	91918	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017177	AAAT	2	8	95214	95221	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017177	ATAG	2	8	95737	95744	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017177	TAAA	2	8	95793	95800	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017177	GTAA	2	8	96061	96068	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017177	ATTA	2	8	96345	96352	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017177	TAAA	2	8	97222	97229	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017177	GAAT	2	8	97565	97572	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017177	ATTT	2	8	97675	97682	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017177	AATA	2	8	97719	97726	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017177	CTAT	2	8	99108	99115	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_017177	TAAA	2	8	99919	99926	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017177	TAAT	2	8	100675	100682	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017177	GTTT	2	8	101358	101365	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017177	TTAA	2	8	104624	104631	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017177	CTAT	2	8	104679	104686	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_017177	CTAT	2	8	106841	106848	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_017177	AATT	2	8	106885	106892	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017177	TATT	2	8	107565	107572	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017177	ATTT	2	8	107593	107600	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017177	AAAT	2	8	107652	107659	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017177	AAAG	2	8	108303	108310	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017177	ATTT	2	8	110584	110591	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017177	ATTT	2	8	110933	110940	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017177	AAAT	2	8	111079	111086	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017177	AGAT	2	8	111344	111351	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017177	AGAT	2	8	112718	112725	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017177	TGTT	2	8	113506	113513	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017177	TATT	2	8	113791	113798	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017177	TATT	2	8	113851	113858	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017177	ATTA	2	8	113970	113977	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017177	ATTT	2	8	114024	114031	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017177	TAAT	2	8	114226	114233	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017177	TATT	2	8	114337	114344	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017177	TAAT	2	8	114615	114622	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017177	ATTT	2	8	114890	114897	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017177	TTAC	2	8	115364	115371	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_017177	TAAT	2	8	115442	115449	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017177	TATT	2	8	115877	115884	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017177	TTAC	2	8	115891	115898	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_017177	TATT	2	8	116421	116428	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017177	TAAT	2	8	116633	116640	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017177	ACTT	2	8	117005	117012	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_017177	GTAA	2	8	120383	120390	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017177	TTGG	2	8	120470	120477	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017177	CTAT	2	8	120654	120661	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_017177	ATCC	2	8	121272	121279	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_017177	TATT	2	8	121283	121290	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017177	TCTA	2	8	121331	121338	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_017177	TAAT	2	8	121399	121406	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017177	AAAG	2	8	121742	121749	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017177	ATCC	2	8	122591	122598	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_017177	TATT	2	8	122602	122609	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017177	TCAT	2	8	122622	122629	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_017177	AATT	2	8	122722	122729	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017177	TTGG	2	8	122776	122783	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017177	AATT	2	8	122797	122804	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017177	TTTA	2	8	122963	122970	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017177	ATAA	2	8	123049	123056	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017177	TAAT	2	8	123815	123822	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017177	TAAT	2	8	125043	125050	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017177	AAAT	2	8	125233	125240	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017177	TTTA	2	8	125363	125370	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017177	TCTA	2	8	126810	126817	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_017177	TCCA	2	8	127297	127304	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_017177	ACAA	2	8	127364	127371	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_017177	TTTA	2	8	127519	127526	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017177	TGTA	2	8	128401	128408	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017177	ATTT	2	8	128468	128475	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017177	TAAT	2	8	128487	128494	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017177	AAGG	2	8	128893	128900	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017177	ATAG	2	8	128954	128961	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.