MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Caldilinea aerophila DSM 14535 = NBRC 104270

Total Repeats: 179

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017079	ATCGTT	2	12	14530	14541	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017079	GCCGAC	2	12	33791	33802	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
3	NC_017079	CTCTAT	2	12	133513	133524	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017079	ATGAGT	2	12	164540	164551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017079	TGAGGC	2	12	165344	165355	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017079	GCCTCA	2	12	165372	165383	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
7	NC_017079	CAGAAA	2	12	200780	200791	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017079	TGCTTG	2	12	205994	206005	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017079	CGGGTC	2	12	216041	216052	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017079	GTCAAA	2	12	232479	232490	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017079	GCGAAG	2	12	245604	245615	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017079	CAAATT	2	12	285388	285399	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_017079	ATCGAG	2	12	326947	326958	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017079	ACCAAA	2	12	328365	328376	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017079	GTCGCC	2	12	367647	367658	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
16	NC_017079	GGCCTT	2	12	411733	411744	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017079	TCTCTT	2	12	498857	498868	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017079	GCCCGC	2	12	531250	531261	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_017079	ATTGGG	2	12	613561	613572	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017079	AAAGCC	2	12	628412	628423	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017079	TGAAGG	2	12	685570	685581	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017079	AACTAC	2	12	711320	711331	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017079	GGTAAA	2	12	738575	738586	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017079	AAAAAG	2	12	738715	738726	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017079	AATCAG	2	12	738945	738956	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017079	TCCCAT	2	12	743672	743683	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_017079	TTGTGT	2	12	755884	755895	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017079	CGGAAG	2	12	762568	762579	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017079	AATTTT	2	12	827346	827357	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017079	TTTTCA	2	12	865870	865881	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017079	TTTCAT	2	12	865887	865898	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017079	TCAGCA	2	12	900959	900970	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017079	AAACGG	2	12	919193	919204	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017079	GCCGCT	2	12	962812	962823	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
35	NC_017079	TTTCTT	2	12	1015045	1015056	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017079	TGCTTT	2	12	1023651	1023662	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017079	TCGCCA	2	12	1029651	1029662	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
38	NC_017079	CAACGG	2	12	1054327	1054338	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017079	AAAAAT	2	12	1089577	1089588	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017079	CGGCTC	2	12	1112647	1112658	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
41	NC_017079	CGCCTT	2	12	1163334	1163345	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
42	NC_017079	TAGGGT	2	12	1164084	1164095	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017079	CTGGCG	2	12	1213216	1213227	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017079	TATTAA	2	12	1217502	1217513	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017079	GTGCGA	2	12	1275617	1275628	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017079	TGGGTG	2	12	1276536	1276547	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017079	AAGCGA	2	12	1278685	1278696	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017079	ACTATA	2	12	1352521	1352532	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017079	CTTTTT	2	12	1435962	1435973	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017079	CTGTTC	2	12	1512533	1512544	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017079	CCAATC	2	12	1516226	1516237	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_017079	GACGGT	2	12	1518046	1518057	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017079	CTGCCG	2	12	1527679	1527690	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
54	NC_017079	TAGGGA	2	12	1610274	1610285	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017079	CTCGAT	2	12	1633050	1633061	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017079	CTCGAT	2	12	1633064	1633075	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_017079	CTCGAT	2	12	1633078	1633089	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_017079	ACGCAG	2	12	1633158	1633169	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017079	TTTTCG	2	12	1636115	1636126	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017079	TCGCTT	2	12	1660162	1660173	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017079	ACTCGC	2	12	1663268	1663279	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
62	NC_017079	CATTGT	2	12	1663857	1663868	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017079	TTGCCT	2	12	1682006	1682017	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017079	ACCAAA	2	12	1770632	1770643	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017079	CGTTGC	2	12	1831299	1831310	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017079	TTGAAT	2	12	1838639	1838650	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017079	CTTCTG	2	12	1856419	1856430	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_017079	ATTCGT	2	12	1857871	1857882	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017079	CCGCCC	2	12	1860286	1860297	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
70	NC_017079	AACTAC	2	12	1863039	1863050	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017079	TATCTC	2	12	1961143	1961154	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_017079	GATAAA	2	12	1961589	1961600	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017079	GTCAGC	2	12	1980622	1980633	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017079	GTCGCC	2	12	1983381	1983392	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
75	NC_017079	GCGGAA	2	12	1985726	1985737	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017079	GTCTTT	2	12	1990799	1990810	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017079	GCAAGC	2	12	1996705	1996716	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_017079	ATTTCT	2	12	2002486	2002497	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017079	GATAAC	2	12	2002622	2002633	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017079	GCCGGA	2	12	2008556	2008567	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_017079	GTCTTC	2	12	2008912	2008923	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017079	ATTTTA	2	12	2009208	2009219	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017079	ACCAAA	2	12	2011947	2011958	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017079	GTTACC	2	12	2013282	2013293	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017079	CTGGCG	2	12	2018779	2018790	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017079	TTTGGT	2	12	2061837	2061848	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017079	TTTATA	2	12	2085956	2085967	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017079	CTCTGT	2	12	2107377	2107388	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017079	AGAGGA	2	12	2136527	2136538	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017079	AGAAAG	2	12	2138626	2138637	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017079	AACTTA	2	12	2162941	2162952	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_017079	CGTGTT	2	12	2172781	2172792	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017079	TTGTTT	2	12	2176267	2176278	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017079	GCGGTG	2	12	2185014	2185025	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017079	TTTCTT	2	12	2253804	2253815	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_017079	AATTGT	2	12	2264618	2264629	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017079	TACACC	2	12	2287020	2287031	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_017079	GAAAAA	2	12	2288248	2288259	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017079	TTCACC	2	12	2288695	2288706	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_017079	TGCACT	2	12	2304888	2304899	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_017079	ATTCCA	2	12	2312121	2312132	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017079	GACAAG	2	12	2326818	2326829	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_017079	TCGCTA	2	12	2328586	2328597	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_017079	TAAGGA	2	12	2349004	2349015	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017079	GGAAGC	2	12	2359862	2359873	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_017079	CTCATC	2	12	2368090	2368101	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_017079	TGAGAC	2	12	2376375	2376386	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017079	TCTCCC	2	12	2380730	2380741	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_017079	TTTTTG	2	12	2450196	2450207	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017079	AATGCG	2	12	2489508	2489519	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_017079	CGAAAC	2	12	2499666	2499677	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017079	GACCAG	2	12	2535992	2536003	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_017079	GGCATT	2	12	2546385	2546396	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017079	GAAACC	2	12	2556321	2556332	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017079	TCCCTA	2	12	2656527	2656538	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_017079	GCAACT	2	12	2657423	2657434	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017079	GCGAAA	2	12	2679516	2679527	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_017079	AAGGCG	2	12	2731880	2731891	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017079	CTGTTG	2	12	2756203	2756214	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_017079	TGAGGG	2	12	2878533	2878544	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017079	AAAGCG	2	12	2884443	2884454	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_017079	GGGAAG	2	12	2893554	2893565	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017079	ACCAAA	2	12	2910837	2910848	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_017079	TCATCT	2	12	3033481	3033492	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_017079	GTTGTC	2	12	3052347	3052358	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_017079	CTGTTC	2	12	3109521	3109532	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017079	ATACTC	2	12	3118918	3118929	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_017079	ATTTTT	2	12	3124551	3124562	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017079	GCAGAG	2	12	3152963	3152974	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_017079	GGTCAG	2	12	3174016	3174027	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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133	NC_017079	CAGAGG	2	12	3214277	3214288	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_017079	TACTAT	2	12	3225714	3225725	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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138	NC_017079	TCAACC	2	12	3395781	3395792	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_017079	CTGCAT	2	12	3531868	3531879	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_017079	AAGTCG	2	12	3569439	3569450	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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154	NC_017079	TGCAGT	2	12	4076161	4076172	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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177	NC_017079	AGGCAA	2	12	5053889	5053900	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.