MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A2497

Total Repeats: 115

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016798	TATTT	2	10	7628	7637	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016798	AAAGA	2	10	33685	33694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016798	GAAGA	2	10	48602	48611	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016798	CTATT	2	10	50181	50190	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_016798	AATTT	2	10	54537	54546	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016798	AAAAG	2	10	69512	69521	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016798	CTTGC	2	10	72455	72464	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_016798	AAAAG	2	10	77205	77214	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016798	ATCAA	2	10	78897	78906	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_016798	CTTTC	2	10	80086	80095	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_016798	TTTGT	2	10	85634	85643	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016798	AATAA	2	10	88633	88642	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016798	TTTAA	2	10	94169	94178	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016798	ACAAA	2	10	98249	98258	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_016798	GCTCT	2	10	114521	114530	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_016798	GCTTC	2	10	122979	122988	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_016798	TTGCA	2	10	137487	137496	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_016798	AAAAG	2	10	141957	141966	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016798	ATTCT	2	10	152962	152971	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_016798	CTGTG	2	10	153166	153175	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_016798	TCCGG	2	10	153533	153542	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_016798	TTCTA	2	10	157749	157758	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_016798	CAAAA	2	10	162207	162216	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_016798	TTGAA	2	10	181963	181972	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016798	TTTGC	2	10	182839	182848	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_016798	AGAAA	2	10	183151	183160	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016798	TTGAG	2	10	183534	183543	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016798	GAATG	2	10	183559	183568	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016798	CGATA	2	10	188521	188530	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_016798	CTAAG	2	10	204613	204622	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_016798	ATTTC	2	10	223137	223146	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_016798	CAATA	2	10	226260	226269	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_016798	TACAA	2	10	249974	249983	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_016798	TTTCA	2	10	266078	266087	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_016798	AAAGC	2	10	300908	300917	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_016798	TGTTT	2	10	303787	303796	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016798	TCAAT	2	10	323850	323859	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_016798	GCAAC	2	10	335794	335803	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_016798	CTTGT	2	10	335854	335863	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_016798	CCTTT	2	10	336310	336319	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_016798	AAGGC	2	10	364065	364074	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_016798	GCTTC	2	10	366175	366184	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_016798	AGTAG	2	10	366252	366261	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016798	AGGGA	2	10	368614	368623	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016798	TCTCT	2	10	369829	369838	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_016798	AACAA	2	10	370212	370221	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_016798	AAAAC	2	10	370534	370543	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_016798	AAGCG	2	10	406045	406054	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_016798	TATCT	2	10	411573	411582	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_016798	GTATA	2	10	418288	418297	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016798	AGCAA	2	10	418324	418333	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_016798	AAAAT	2	10	420173	420182	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016798	CTCTT	2	10	430234	430243	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_016798	TAAAA	2	10	432777	432786	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016798	AGAAA	2	10	438451	438460	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016798	CTCTT	2	10	438490	438499	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_016798	GAAGA	2	10	438500	438509	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016798	AAATT	2	10	438779	438788	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016798	AATTT	2	10	438800	438809	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016798	TAAAA	2	10	467011	467020	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016798	CAAAA	2	10	487454	487463	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_016798	AATCT	2	10	504796	504805	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_016798	CTTCT	2	10	505009	505018	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_016798	TTTCT	2	10	510396	510405	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_016798	CCTTT	2	10	511404	511413	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_016798	TAAAA	2	10	516425	516434	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016798	AGGAA	2	10	518409	518418	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016798	ATGAA	2	10	518433	518442	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016798	TTGGA	2	10	525873	525882	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016798	CAAAA	2	10	526639	526648	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_016798	AAAAG	2	10	560223	560232	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016798	GAAAA	2	10	567407	567416	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016798	ATTTT	2	10	568845	568854	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016798	ATACT	2	10	574917	574926	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_016798	AAAGG	2	10	583873	583882	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016798	TTTCC	2	10	631489	631498	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_016798	ATTAA	2	10	639441	639450	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016798	TCGTC	2	10	652339	652348	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_016798	GCAAA	2	10	673906	673915	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_016798	TATCG	2	10	675128	675137	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_016798	TAAAA	2	10	687970	687979	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016798	TTTAT	2	10	699923	699932	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016798	TCATG	2	10	700118	700127	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_016798	AAAAC	2	10	704235	704244	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_016798	GAAAA	2	10	709584	709593	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016798	TTATT	2	10	716643	716652	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016798	GAAGA	2	10	739543	739552	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016798	AGAAT	2	10	762351	762360	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016798	AGGGG	2	10	762582	762591	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016798	ATTTT	2	10	781335	781344	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016798	AAAAG	2	10	783165	783174	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016798	AGGTA	2	10	786564	786573	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016798	TCCTT	2	10	787747	787756	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_016798	CTCCA	2	10	787902	787911	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
95	NC_016798	TTTCT	2	10	807142	807151	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_016798	AGAAA	2	10	815674	815683	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016798	CTTTT	2	10	861764	861773	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_016798	AGAAA	2	10	866116	866125	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016798	GAAGA	2	10	878290	878299	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016798	CTTTT	2	10	883811	883820	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_016798	TAGAA	2	10	892281	892290	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016798	CTTTT	2	10	908321	908330	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_016798	TTTTA	2	10	909066	909075	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016798	AGAGC	2	10	911354	911363	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_016798	TCGTT	2	10	939446	939455	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_016798	TTCTT	2	10	942403	942412	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_016798	CTTCA	2	10	964292	964301	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_016798	ATGAA	2	10	969580	969589	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016798	CTAGT	2	10	971149	971158	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_016798	TAAAA	2	10	987144	987153	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016798	ATAAA	2	10	987175	987184	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016798	CGGGG	2	10	1008580	1008589	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
113	NC_016798	TAGAA	2	10	1022041	1022050	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016798	TTTTC	2	10	1040418	1040427	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_016798	TTTTA	2	10	1044298	1044307	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.