MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A2497

Total Repeats: 381

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016798	AAGG	2	8	1903	1910	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016798	GGAG	2	8	6900	6907	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016798	TATG	2	8	7549	7556	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016798	ATTT	2	8	7690	7697	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016798	TTTG	2	8	7782	7789	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016798	TATT	2	8	9904	9911	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016798	AGAA	2	8	11796	11803	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016798	AAGG	2	8	14031	14038	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016798	CAAA	2	8	16665	16672	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_016798	TGCG	2	8	19119	19126	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_016798	CGCT	2	8	21861	21868	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_016798	TTAA	2	8	21882	21889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016798	GTTA	2	8	21919	21926	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016798	GATC	2	8	21974	21981	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_016798	ATTG	2	8	28531	28538	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016798	TGTT	2	8	44408	44415	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016798	AATA	2	8	44647	44654	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016798	AAGT	2	8	48569	48576	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016798	TATT	2	8	52661	52668	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016798	GTTT	2	8	54521	54528	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016798	TGTT	2	8	54529	54536	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016798	TAAT	2	8	54573	54580	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016798	CAGA	2	8	61256	61263	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_016798	ACAA	2	8	67900	67907	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_016798	AAGG	2	8	67998	68005	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016798	GGAA	2	8	68641	68648	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016798	TCCA	2	8	68748	68755	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_016798	GATA	2	8	72479	72486	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016798	TCTA	2	8	77138	77145	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_016798	ATTC	2	8	80110	80117	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_016798	GGTT	2	8	80260	80267	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016798	GTTT	2	8	88566	88573	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016798	TTTA	2	8	88589	88596	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016798	GTTT	2	8	88601	88608	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016798	GTTT	2	8	88652	88659	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016798	AACA	2	8	88665	88672	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_016798	AAAT	2	8	94196	94203	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016798	TATT	2	8	98226	98233	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016798	AAGA	2	8	107212	107219	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016798	CTGG	2	8	120913	120920	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_016798	CTTC	2	8	121412	121419	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_016798	TTTC	2	8	122220	122227	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_016798	AACA	2	8	122848	122855	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_016798	AAAG	2	8	122951	122958	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016798	TCTA	2	8	123020	123027	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_016798	TTCC	2	8	123036	123043	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_016798	GTTT	2	8	135412	135419	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016798	ATGT	2	8	138589	138596	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016798	ATCT	2	8	152116	152123	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_016798	GCTG	2	8	152155	152162	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_016798	AACG	2	8	152978	152985	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_016798	TGTT	2	8	153147	153154	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016798	CTTT	2	8	153783	153790	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_016798	TGTT	2	8	157736	157743	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016798	AAAG	2	8	158579	158586	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016798	TTTA	2	8	158588	158595	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016798	TAAT	2	8	158705	158712	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016798	TAAT	2	8	159541	159548	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016798	GCTT	2	8	162177	162184	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_016798	CTTC	2	8	166248	166255	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_016798	TTAG	2	8	170657	170664	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016798	AAAC	2	8	172404	172411	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_016798	GTAT	2	8	173586	173593	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016798	GGAA	2	8	178772	178779	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016798	TTCC	2	8	181607	181614	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_016798	TCTA	2	8	181675	181682	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_016798	AATT	2	8	181809	181816	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016798	TTTG	2	8	181977	181984	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016798	TGCA	2	8	182095	182102	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_016798	AAAG	2	8	182464	182471	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016798	GTTT	2	8	182767	182774	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016798	AGGG	2	8	182974	182981	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016798	AAGA	2	8	183172	183179	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016798	CCAG	2	8	183781	183788	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_016798	TCGC	2	8	184043	184050	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
76	NC_016798	GTTG	2	8	184690	184697	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016798	GGAC	2	8	188962	188969	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_016798	TAAA	2	8	189981	189988	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016798	ATGC	2	8	194742	194749	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_016798	CTTT	2	8	194883	194890	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_016798	AAAC	2	8	196245	196252	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_016798	TAGA	2	8	196827	196834	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016798	TTGC	2	8	197444	197451	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_016798	ATTT	2	8	198330	198337	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016798	ACGA	2	8	204447	204454	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_016798	CCTT	2	8	217867	217874	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_016798	AATA	2	8	218093	218100	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016798	CAAA	2	8	218501	218508	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_016798	CTAT	2	8	221591	221598	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_016798	GCAA	2	8	221834	221841	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_016798	AATT	2	8	223170	223177	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016798	CTTG	2	8	223519	223526	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_016798	AAAC	2	8	227249	227256	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_016798	TCCT	2	8	229874	229881	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_016798	AAAT	2	8	245491	245498	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016798	AAGA	2	8	245510	245517	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016798	TTTC	2	8	248111	248118	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_016798	TAAA	2	8	248945	248952	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016798	AATA	2	8	252604	252611	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016798	CCAA	2	8	256182	256189	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_016798	AAAC	2	8	256780	256787	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_016798	TAAA	2	8	266188	266195	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016798	CAAA	2	8	269123	269130	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_016798	ATTT	2	8	275636	275643	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016798	GTTT	2	8	281478	281485	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016798	AAAG	2	8	281513	281520	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016798	TGCC	2	8	282001	282008	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
108	NC_016798	GGGA	2	8	285849	285856	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016798	TAAA	2	8	286991	286998	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016798	GATA	2	8	288652	288659	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016798	AATC	2	8	293777	293784	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_016798	ACAA	2	8	299545	299552	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_016798	GCTT	2	8	300875	300882	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_016798	CCCT	2	8	301442	301449	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
115	NC_016798	ACTA	2	8	303691	303698	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_016798	TAAA	2	8	303914	303921	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016798	TCCA	2	8	307073	307080	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_016798	TCCC	2	8	307275	307282	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
119	NC_016798	ATTG	2	8	308460	308467	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016798	AATA	2	8	319836	319843	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016798	TAAA	2	8	319857	319864	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016798	CAGA	2	8	319865	319872	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_016798	AATA	2	8	319932	319939	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016798	CAAT	2	8	329537	329544	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_016798	GCTA	2	8	330227	330234	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_016798	TTAA	2	8	335570	335577	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016798	CAGT	2	8	335916	335923	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_016798	CAAG	2	8	342102	342109	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_016798	TTTA	2	8	365609	365616	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016798	CAAA	2	8	365903	365910	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_016798	TAGT	2	8	366213	366220	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016798	AGGC	2	8	368202	368209	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
133	NC_016798	TCCA	2	8	368258	368265	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_016798	ACCA	2	8	368360	368367	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_016798	GCAT	2	8	368824	368831	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_016798	TGAG	2	8	368857	368864	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016798	TATG	2	8	369599	369606	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016798	GCTT	2	8	370271	370278	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_016798	TAAA	2	8	370549	370556	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016798	AAAT	2	8	371469	371476	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016798	CCTT	2	8	371491	371498	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_016798	ATCT	2	8	371524	371531	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_016798	TAAA	2	8	383303	383310	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016798	TTTA	2	8	393270	393277	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_016798	GATT	2	8	394029	394036	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016798	AATT	2	8	394078	394085	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_016798	ATAA	2	8	394138	394145	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_016798	TTAT	2	8	397471	397478	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_016798	GCAA	2	8	397524	397531	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_016798	TCAT	2	8	406810	406817	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_016798	CAAA	2	8	408946	408953	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_016798	ATGC	2	8	413484	413491	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.