MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Corynebacterium diphtheriae HC04 chromosome

Total Repeats: 214

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016788	AGCGA	2	10	2150	2159	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_016788	TGTGA	2	10	19410	19419	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016788	AAAAG	2	10	58618	58627	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016788	TGGCT	2	10	73106	73115	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_016788	GCCTA	2	10	73446	73455	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_016788	TCCAC	2	10	92825	92834	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
7	NC_016788	TGCAC	2	10	100885	100894	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_016788	GAGGC	2	10	106411	106420	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_016788	CTGTT	2	10	106556	106565	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_016788	TAATT	2	10	124915	124924	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016788	TTAGC	2	10	125984	125993	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_016788	GCCAA	2	10	144016	144025	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_016788	AGGGG	2	10	158843	158852	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016788	ACCCC	2	10	163678	163687	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
15	NC_016788	TTGGG	2	10	189605	189614	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016788	AGCCA	2	10	189903	189912	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_016788	CACGA	2	10	229767	229776	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_016788	GAAAA	2	10	255212	255221	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016788	CCAGT	2	10	264082	264091	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_016788	GATTT	2	10	264220	264229	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016788	TTTGG	2	10	264538	264547	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016788	ATGTT	2	10	264622	264631	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016788	GTCTG	2	10	269002	269011	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_016788	TCGCT	2	10	271618	271627	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_016788	TCCTT	2	10	288829	288838	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_016788	TGATG	2	10	290414	290423	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016788	TTTTC	2	10	338220	338229	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_016788	GTGCT	2	10	350549	350558	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_016788	CACAC	2	10	353031	353040	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
30	NC_016788	TGCGG	2	10	372651	372660	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
31	NC_016788	TTCGA	2	10	373730	373739	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_016788	TCTGC	2	10	375561	375570	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_016788	TATAA	2	10	407087	407096	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016788	TGATG	2	10	425627	425636	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016788	TTTCC	2	10	433166	433175	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_016788	CCATT	2	10	433296	433305	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_016788	TTGCG	2	10	441171	441180	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_016788	CAGTG	2	10	449406	449415	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_016788	CGCTA	2	10	459975	459984	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_016788	AGGAA	2	10	464667	464676	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016788	ACGAT	2	10	509322	509331	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_016788	TGGGG	2	10	517988	517997	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016788	TATTT	2	10	518212	518221	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016788	TGATG	2	10	526268	526277	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016788	TTTTG	2	10	537890	537899	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016788	GTCTA	2	10	540464	540473	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_016788	GCCTT	2	10	546136	546145	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_016788	GTTTT	2	10	553875	553884	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016788	CTTTC	2	10	562694	562703	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_016788	TGAGC	2	10	574006	574015	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_016788	GCTGC	2	10	594482	594491	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_016788	GGGAA	2	10	625935	625944	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016788	GCACC	2	10	632642	632651	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
54	NC_016788	TTGCA	2	10	663206	663215	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_016788	CGTCG	2	10	667905	667914	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_016788	TCAGC	2	10	677557	677566	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_016788	CGAAA	2	10	677856	677865	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_016788	AGTGG	2	10	682492	682501	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016788	TGTGG	4	20	693067	693086	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016788	TTTTG	2	10	695996	696005	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016788	TTGGT	2	10	710433	710442	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016788	TCGTG	2	10	712849	712858	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_016788	CGTCA	2	10	713185	713194	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_016788	TGTTT	2	10	713362	713371	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016788	GGGAG	2	10	714257	714266	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016788	TGGCA	2	10	716878	716887	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_016788	TAGTT	2	10	725364	725373	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016788	ATGCG	2	10	726510	726519	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_016788	GTCCA	2	10	749093	749102	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_016788	GGCGG	2	10	755145	755154	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
71	NC_016788	CCCTT	2	10	758699	758708	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
72	NC_016788	TAGTG	2	10	773630	773639	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016788	CCTGT	2	10	783909	783918	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_016788	CTTTC	2	10	797196	797205	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_016788	TGGGG	2	10	799686	799695	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016788	TGCTG	2	10	821659	821668	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_016788	TTTCC	2	10	835421	835430	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_016788	GGAGG	2	10	837432	837441	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016788	ATTCG	2	10	868515	868524	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_016788	GAAAG	2	10	869768	869777	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016788	GGAGT	2	10	876216	876225	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016788	TGGCG	2	10	878014	878023	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
83	NC_016788	CGGAA	2	10	934856	934865	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_016788	GTGTC	2	10	980143	980152	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_016788	GAGAA	2	10	998134	998143	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016788	GCACT	2	10	1034243	1034252	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_016788	GCCTC	2	10	1058388	1058397	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
88	NC_016788	GATCG	2	10	1076952	1076961	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_016788	AACCT	2	10	1077693	1077702	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_016788	GATTC	2	10	1083402	1083411	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_016788	CACTA	2	10	1091590	1091599	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_016788	ACACT	2	10	1113551	1113560	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_016788	CATTT	2	10	1136180	1136189	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_016788	TCGTG	2	10	1142785	1142794	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_016788	CGTCA	2	10	1143121	1143130	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_016788	TGTTT	2	10	1143298	1143307	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016788	GGGAG	2	10	1144193	1144202	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016788	TGGCA	2	10	1146814	1146823	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_016788	TTTTC	2	10	1147017	1147026	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_016788	TTCGT	2	10	1198118	1198127	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_016788	CCTAC	2	10	1201796	1201805	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
102	NC_016788	CCTTA	2	10	1225721	1225730	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_016788	GCAAC	2	10	1248758	1248767	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_016788	TCAAG	2	10	1263227	1263236	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_016788	AAAAG	2	10	1271829	1271838	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016788	GCCAT	2	10	1284435	1284444	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
107	NC_016788	ACCGT	2	10	1284536	1284545	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_016788	CGACG	2	10	1305626	1305635	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_016788	CAAAT	2	10	1308621	1308630	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_016788	AAAAT	2	10	1333206	1333215	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016788	TCATT	2	10	1346589	1346598	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_016788	TTTAT	2	10	1367272	1367281	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016788	AATGT	2	10	1378798	1378807	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016788	AGCAA	2	10	1393198	1393207	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_016788	GAACG	2	10	1393307	1393316	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_016788	TGTTT	2	10	1406119	1406128	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016788	GCATT	2	10	1408840	1408849	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_016788	AGAAT	2	10	1437816	1437825	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016788	AGTGG	2	10	1447436	1447445	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016788	AATTG	2	10	1447500	1447509	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016788	GCGCC	2	10	1447523	1447532	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
122	NC_016788	CAGTA	2	10	1454768	1454777	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_016788	AAGTT	2	10	1516175	1516184	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016788	AAACC	2	10	1524933	1524942	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_016788	TAACC	2	10	1527496	1527505	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_016788	GCAGC	2	10	1536072	1536081	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
127	NC_016788	AGACA	2	10	1544646	1544655	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_016788	CCCCA	2	10	1554788	1554797	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
129	NC_016788	AGCAC	2	10	1580507	1580516	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_016788	TTCGT	2	10	1583958	1583967	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_016788	CTTTA	2	10	1605617	1605626	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_016788	ACCAA	2	10	1621104	1621113	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
133	NC_016788	TTTAT	2	10	1652840	1652849	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016788	CGTTT	2	10	1655057	1655066	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_016788	CATCT	2	10	1667486	1667495	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_016788	TTAGG	2	10	1669409	1669418	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016788	ATCAC	2	10	1678622	1678631	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_016788	AGAAA	2	10	1687301	1687310	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016788	CAATC	2	10	1696162	1696171	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_016788	TTCAA	2	10	1712331	1712340	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_016788	TTTCG	2	10	1732706	1732715	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_016788	GTGTG	2	10	1770018	1770027	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016788	ACCAA	2	10	1797096	1797105	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_016788	TGCAC	2	10	1814322	1814331	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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192	NC_016788	AATCG	2	10	2262014	2262023	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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194	NC_016788	CCGCA	2	10	2274076	2274085	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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196	NC_016788	AGCCA	2	10	2274820	2274829	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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198	NC_016788	GCACA	2	10	2326085	2326094	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
199	NC_016788	AAACC	2	10	2351634	2351643	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
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203	NC_016788	TGACG	2	10	2376452	2376461	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
204	NC_016788	CACGA	2	10	2376788	2376797	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
205	NC_016788	AAAAG	2	10	2380750	2380759	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
206	NC_016788	TGGGT	2	10	2383111	2383120	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
207	NC_016788	GTACA	2	10	2383218	2383227	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
208	NC_016788	GCAGC	2	10	2408547	2408556	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
209	NC_016788	TCTAA	2	10	2410595	2410604	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.