MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Corynebacterium pseudotuberculosis 3/99-5 chromosome

Total Repeats: 248

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016781	TTATC	2	10	14084	14093	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_016781	ACGTA	2	10	14247	14256	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_016781	CAGTA	2	10	14630	14639	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_016781	TAGCG	2	10	18329	18338	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_016781	CACAT	2	10	39588	39597	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_016781	TTGGA	2	10	52672	52681	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016781	TTGAT	2	10	52707	52716	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016781	TCTGT	2	10	64665	64674	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_016781	CATGT	2	10	71818	71827	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_016781	TAATT	2	10	76515	76524	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016781	AACAA	2	10	93624	93633	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_016781	TGCAC	2	10	104224	104233	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_016781	TGTTT	2	10	120902	120911	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016781	CGGGA	2	10	125546	125555	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_016781	TTAAG	2	10	130900	130909	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016781	AAAAC	2	10	144893	144902	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_016781	TTGCC	2	10	153838	153847	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_016781	GTACC	2	10	155797	155806	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_016781	GGTTG	2	10	161124	161133	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016781	GCATA	2	10	163224	163233	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_016781	TGTGC	2	10	164447	164456	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_016781	GGGAC	2	10	171485	171494	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_016781	CACTT	2	10	171665	171674	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_016781	TTAAG	2	10	184489	184498	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016781	AGGTG	2	10	186360	186369	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016781	GAAAA	2	10	224804	224813	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016781	CGAGA	2	10	225444	225453	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_016781	CAAAA	2	10	229069	229078	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_016781	TGGGG	2	10	256345	256354	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016781	ATTAG	2	10	305513	305522	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016781	TGCGA	2	10	310702	310711	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_016781	TGTTC	2	10	312334	312343	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_016781	AGCGG	2	10	313534	313543	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_016781	TGGGG	2	10	321224	321233	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016781	TTGTG	2	10	322039	322048	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016781	ATGCC	2	10	325562	325571	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_016781	TGGCG	2	10	326103	326112	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
38	NC_016781	CTTGC	2	10	355613	355622	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_016781	AGGGG	2	10	364929	364938	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016781	TTTGG	2	10	379312	379321	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016781	CGAGC	2	10	399802	399811	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
42	NC_016781	GATGC	2	10	400003	400012	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_016781	GCGGA	2	10	403250	403259	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
44	NC_016781	GGGTG	2	10	404277	404286	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016781	AGGAA	2	10	405609	405618	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016781	GATGT	2	10	447550	447559	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016781	GGTGG	2	10	451436	451445	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016781	CGCAA	2	10	452899	452908	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_016781	TGCGC	2	10	453937	453946	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_016781	TGATG	2	10	460293	460302	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016781	TGCCT	2	10	468643	468652	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_016781	AGGGG	2	10	500870	500879	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016781	CTTCT	2	10	511930	511939	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_016781	TGTGT	2	10	522942	522951	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016781	TTCAA	2	10	533417	533426	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_016781	GCCAC	2	10	578784	578793	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
57	NC_016781	CGAGC	2	10	578803	578812	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
58	NC_016781	AAAAC	2	10	582869	582878	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_016781	AGCTC	2	10	583912	583921	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_016781	GACTG	2	10	584298	584307	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_016781	TTAGG	2	10	588626	588635	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016781	CGCTA	2	10	597420	597429	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_016781	TCGTG	2	10	620131	620140	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_016781	CGTCA	2	10	620467	620476	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_016781	GTGTT	2	10	620749	620758	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016781	TGTGT	2	10	620894	620903	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016781	GGGAG	2	10	621552	621561	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016781	TGACA	2	10	624138	624147	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_016781	TGTGT	2	10	624153	624162	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016781	CGTCT	2	10	641606	641615	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_016781	GTCCT	2	10	643090	643099	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_016781	TTTCA	2	10	666165	666174	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_016781	TGTTT	2	10	670269	670278	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016781	GTTTT	2	10	688902	688911	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016781	TGAAT	2	10	719919	719928	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016781	GGGAA	2	10	731641	731650	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016781	GCGAC	2	10	775653	775662	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
78	NC_016781	GAACA	2	10	791315	791324	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_016781	GCGAT	2	10	795527	795536	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_016781	TCTCC	2	10	808751	808760	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
81	NC_016781	GAATC	2	10	816274	816283	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_016781	CATTA	2	10	833168	833177	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_016781	GTTAA	2	10	853725	853734	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016781	TGGTT	2	10	863848	863857	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016781	ATTTT	2	10	873733	873742	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016781	GTAGG	2	10	875206	875215	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016781	GTGTG	2	10	879852	879861	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016781	CGCAC	2	10	897198	897207	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
89	NC_016781	CGAAA	2	10	898403	898412	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_016781	ATAAA	2	10	915500	915509	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016781	CCCTG	2	10	915547	915556	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
92	NC_016781	AAGAA	2	10	915561	915570	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016781	TATGT	2	10	925387	925396	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016781	TTTCC	2	10	933465	933474	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_016781	ACTAA	2	10	933629	933638	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_016781	AATAA	2	10	942161	942170	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016781	CTCAT	2	10	944259	944268	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_016781	CGTAA	2	10	946766	946775	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_016781	ACGGT	2	10	947855	947864	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_016781	CGCTG	2	10	948345	948354	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_016781	CTGCA	2	10	957100	957109	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_016781	TAAAA	2	10	960881	960890	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016781	TACCG	2	10	962196	962205	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_016781	TGATG	2	10	966779	966788	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016781	AGGGG	2	10	969051	969060	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016781	TCTAG	2	10	974978	974987	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_016781	AGAGA	2	10	990024	990033	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016781	GAACA	2	10	996952	996961	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_016781	AGCAC	2	10	1003459	1003468	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_016781	GGGGA	2	10	1008450	1008459	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016781	ATTCA	2	10	1024934	1024943	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_016781	TCGTG	2	10	1031160	1031169	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_016781	CGTCA	2	10	1031496	1031505	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_016781	GTGTT	2	10	1031778	1031787	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016781	TGTGT	2	10	1031923	1031932	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016781	GGGAG	2	10	1032581	1032590	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016781	TGACA	2	10	1035168	1035177	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_016781	TGTGT	2	10	1035183	1035192	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016781	TTTTG	2	10	1049630	1049639	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016781	AAAGC	2	10	1057762	1057771	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_016781	GCAAA	2	10	1062984	1062993	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_016781	TGTTC	2	10	1063023	1063032	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_016781	AGCCA	3	15	1071984	1071998	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_016781	TTGAG	2	10	1072457	1072466	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016781	TTTGC	2	10	1080777	1080786	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_016781	CGTAA	2	10	1083896	1083905	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_016781	CTTTA	2	10	1106243	1106252	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_016781	TAACG	2	10	1126426	1126435	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_016781	CTTAC	2	10	1129581	1129590	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_016781	CGGGG	2	10	1135282	1135291	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
131	NC_016781	ACAAT	2	10	1136924	1136933	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_016781	CAAAA	2	10	1154496	1154505	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_016781	CCCGG	2	10	1154744	1154753	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
134	NC_016781	TAAAG	2	10	1163589	1163598	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016781	GCCCC	2	10	1172488	1172497	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
136	NC_016781	CTGAA	2	10	1252049	1252058	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_016781	TGCGC	2	10	1252338	1252347	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
138	NC_016781	ATTCC	2	10	1255198	1255207	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_016781	TCAGG	2	10	1273784	1273793	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_016781	TGCCA	2	10	1276337	1276346	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_016781	CTTAA	2	10	1277699	1277708	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_016781	GCTTA	2	10	1286394	1286403	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_016781	ATCGT	2	10	1288655	1288664	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_016781	CTTAC	2	10	1299145	1299154	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_016781	TCCTA	2	10	1301501	1301510	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_016781	CATTC	2	10	1304835	1304844	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
147	NC_016781	TTTCA	2	10	1372697	1372706	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_016781	GTTTG	2	10	1383857	1383866	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
149	NC_016781	CTTTT	2	10	1384774	1384783	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
150	NC_016781	AAGAA	2	10	1384963	1384972	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
151	NC_016781	GAACA	2	10	1387860	1387869	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
152	NC_016781	ACGGT	2	10	1405107	1405116	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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154	NC_016781	CTGGC	2	10	1424189	1424198	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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159	NC_016781	GAAAT	2	10	1473207	1473216	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
160	NC_016781	AAAAT	2	10	1478170	1478179	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_016781	TCCCT	2	10	1481908	1481917	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
162	NC_016781	TATTG	2	10	1492333	1492342	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
163	NC_016781	TTCCT	2	10	1538295	1538304	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
164	NC_016781	CGACG	2	10	1540953	1540962	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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166	NC_016781	AATGC	2	10	1558399	1558408	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
167	NC_016781	AGTTC	2	10	1564763	1564772	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
168	NC_016781	ACATC	2	10	1577706	1577715	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
169	NC_016781	CGCTG	2	10	1588633	1588642	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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173	NC_016781	AAGGC	2	10	1611886	1611895	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
174	NC_016781	ATATA	2	10	1689998	1690007	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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176	NC_016781	CATCA	2	10	1691030	1691039	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
177	NC_016781	GCAGT	2	10	1708584	1708593	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
178	NC_016781	AACGA	2	10	1709260	1709269	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
179	NC_016781	TTAGC	2	10	1715435	1715444	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
180	NC_016781	ACACA	2	10	1718145	1718154	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
181	NC_016781	GTCTG	2	10	1758701	1758710	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
182	NC_016781	GTAAA	2	10	1760229	1760238	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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189	NC_016781	AAACC	2	10	1844845	1844854	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
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191	NC_016781	CTCCC	2	10	1857946	1857955	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
192	NC_016781	CAACA	2	10	1858720	1858729	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
193	NC_016781	CAACA	2	10	1858748	1858757	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
194	NC_016781	TGACG	2	10	1859031	1859040	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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197	NC_016781	ACCCC	2	10	1864315	1864324	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
198	NC_016781	ACAAA	2	10	1868747	1868756	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
199	NC_016781	CTAAC	2	10	1879338	1879347	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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236	NC_016781	TGACG	2	10	2232110	2232119	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
237	NC_016781	CACGA	2	10	2232446	2232455	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
238	NC_016781	CAACA	2	10	2234176	2234185	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
239	NC_016781	GACGC	2	10	2246064	2246073	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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244	NC_016781	GACTG	2	10	2295701	2295710	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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246	NC_016781	CCAGC	2	10	2301361	2301370	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
247	NC_016781	CTTTT	2	10	2319898	2319907	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
248	NC_016781	AGAAA	2	10	2324042	2324051	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.