MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Chloracidobacterium thermophilum B chromosome chromosome 2

Total Repeats: 400

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016025	CCGT	2	8	6315	6322	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_016025	GCCG	2	8	15074	15081	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_016025	CAAA	2	8	15176	15183	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_016025	CTTT	2	8	18790	18797	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_016025	TGGG	2	8	23080	23087	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016025	GCGG	2	8	23107	23114	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
7	NC_016025	GGCG	2	8	25299	25306	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
8	NC_016025	CCGG	2	8	28458	28465	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
9	NC_016025	GTTC	2	8	34130	34137	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_016025	GGCA	2	8	34889	34896	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_016025	AAGC	2	8	36377	36384	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_016025	TCAG	2	8	37963	37970	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_016025	AGCC	2	8	38096	38103	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_016025	ACTC	2	8	41593	41600	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_016025	TGCC	2	8	45693	45700	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
16	NC_016025	CTCC	2	8	46513	46520	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
17	NC_016025	CAGC	2	8	48710	48717	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_016025	CTGG	2	8	48783	48790	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_016025	TGGC	2	8	53738	53745	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_016025	CTGC	2	8	53985	53992	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
21	NC_016025	GCCC	2	8	54076	54083	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
22	NC_016025	ACCA	2	8	54131	54138	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_016025	TCTG	2	8	54162	54169	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_016025	CGTG	2	8	58981	58988	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_016025	TGCC	2	8	60379	60386	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_016025	GCAA	2	8	69961	69968	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_016025	TTGT	2	8	71758	71765	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016025	GTTC	2	8	76764	76771	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_016025	ACGC	2	8	77464	77471	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_016025	TTAC	2	8	77710	77717	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_016025	TTCT	2	8	77721	77728	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_016025	CTGC	2	8	77785	77792	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_016025	CAGG	2	8	78264	78271	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
34	NC_016025	GAAA	2	8	78348	78355	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016025	ACTA	2	8	78381	78388	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_016025	ATTG	2	8	78456	78463	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016025	TATC	2	8	78886	78893	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_016025	AAAG	2	8	83723	83730	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016025	TCGT	2	8	87964	87971	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_016025	CACC	2	8	94159	94166	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
41	NC_016025	GCTG	3	12	95423	95434	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_016025	CCTG	2	8	97198	97205	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_016025	GCTT	2	8	97277	97284	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_016025	GGAC	2	8	103557	103564	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_016025	AATC	2	8	106249	106256	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_016025	TGGC	2	8	109172	109179	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_016025	GGTG	2	8	113219	113226	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016025	TGCG	2	8	115325	115332	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_016025	CTTT	2	8	121294	121301	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_016025	TGAC	2	8	127666	127673	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_016025	AATC	2	8	128688	128695	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_016025	CTGT	2	8	135100	135107	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_016025	CCGG	2	8	135361	135368	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
54	NC_016025	TGGA	2	8	135934	135941	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016025	AGGC	2	8	136033	136040	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_016025	CTGG	2	8	136160	136167	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_016025	CAAC	2	8	137208	137215	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_016025	TAAA	2	8	137519	137526	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016025	CAGG	2	8	140606	140613	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_016025	CCGG	2	8	150468	150475	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_016025	CTGT	2	8	158147	158154	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_016025	CCCG	2	8	158268	158275	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
63	NC_016025	TGAA	2	8	160827	160834	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016025	AGGC	2	8	164091	164098	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_016025	AGGC	2	8	166089	166096	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_016025	TGAA	2	8	167023	167030	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016025	TAGA	2	8	170495	170502	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016025	CGGG	2	8	170648	170655	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
69	NC_016025	CCCG	2	8	170663	170670	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
70	NC_016025	ACTG	2	8	170780	170787	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_016025	CAGG	2	8	192883	192890	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_016025	TTCA	2	8	193901	193908	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_016025	ACCG	2	8	198189	198196	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
74	NC_016025	CGGT	2	8	200731	200738	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_016025	TTGG	2	8	200796	200803	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016025	CGGC	2	8	211653	211660	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
77	NC_016025	TCGG	2	8	211706	211713	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_016025	GACC	2	8	215110	215117	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
79	NC_016025	CTGC	2	8	216393	216400	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
80	NC_016025	GTCC	2	8	217888	217895	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
81	NC_016025	ACCC	2	8	219222	219229	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
82	NC_016025	CCCA	2	8	229306	229313	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
83	NC_016025	GCAC	2	8	229484	229491	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_016025	TAGG	2	8	231146	231153	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016025	GTTC	2	8	231875	231882	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_016025	GGTT	2	8	231901	231908	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016025	CATG	2	8	234518	234525	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_016025	GCCG	2	8	237228	237235	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
89	NC_016025	CCGG	2	8	241099	241106	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
90	NC_016025	TTTG	2	8	245973	245980	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016025	CAGC	2	8	248857	248864	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_016025	AGGG	2	8	255581	255588	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016025	CCGG	2	8	258624	258631	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
94	NC_016025	GTTT	2	8	281725	281732	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016025	CAAT	2	8	281809	281816	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_016025	CCCG	2	8	297145	297152	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
97	NC_016025	AAGC	2	8	303806	303813	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_016025	GGTT	2	8	308340	308347	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016025	ACAG	2	8	310283	310290	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_016025	TTCC	2	8	315235	315242	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_016025	TGCC	2	8	316860	316867	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
102	NC_016025	TTTC	2	8	329772	329779	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_016025	GGGA	2	8	340086	340093	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016025	GCCC	2	8	340857	340864	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
105	NC_016025	ACGG	2	8	344855	344862	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
106	NC_016025	GCAG	2	8	349318	349325	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
107	NC_016025	ACTT	2	8	353536	353543	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_016025	CCAG	2	8	353921	353928	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
109	NC_016025	TCCC	2	8	355698	355705	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
110	NC_016025	GCCG	2	8	355791	355798	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
111	NC_016025	ACCA	2	8	355993	356000	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_016025	GATT	2	8	356044	356051	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016025	GATC	2	8	356221	356228	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_016025	AGTG	2	8	359502	359509	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016025	TGGC	2	8	364123	364130	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_016025	CTGC	2	8	365377	365384	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
117	NC_016025	CTTC	2	8	365421	365428	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_016025	GGCC	2	8	366814	366821	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
119	NC_016025	CCAC	2	8	370299	370306	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
120	NC_016025	CATC	2	8	370330	370337	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_016025	TAAC	2	8	373255	373262	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_016025	CAGC	2	8	373375	373382	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_016025	GGTT	2	8	379189	379196	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016025	AAAG	2	8	391854	391861	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016025	ACCC	2	8	393640	393647	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
126	NC_016025	GCCG	2	8	395758	395765	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
127	NC_016025	CCGG	2	8	395789	395796	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
128	NC_016025	CGGC	2	8	399535	399542	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
129	NC_016025	CCGG	2	8	401477	401484	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
130	NC_016025	CAGA	2	8	402065	402072	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_016025	ACGG	2	8	403397	403404	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_016025	TGCC	2	8	403566	403573	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_016025	GCCA	2	8	408374	408381	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
134	NC_016025	GACG	2	8	410093	410100	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_016025	CCTG	2	8	420769	420776	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
136	NC_016025	CTTG	2	8	420790	420797	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_016025	GCTG	2	8	423993	424000	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
138	NC_016025	TCAA	2	8	424517	424524	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_016025	GTGC	2	8	425169	425176	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
140	NC_016025	TCAC	2	8	425706	425713	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_016025	CTCG	2	8	425948	425955	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
142	NC_016025	AACC	2	8	426384	426391	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_016025	TCCA	2	8	426669	426676	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_016025	GACT	2	8	427371	427378	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_016025	CGGG	2	8	427653	427660	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
146	NC_016025	CAAA	2	8	428208	428215	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_016025	GACC	2	8	428218	428225	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
148	NC_016025	ACGA	2	8	434460	434467	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_016025	CCAG	2	8	434469	434476	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
150	NC_016025	CACT	2	8	434566	434573	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
151	NC_016025	TTCA	2	8	435980	435987	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_016025	TGTT	2	8	441523	441530	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
153	NC_016025	GCAC	2	8	447773	447780	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
154	NC_016025	CCTG	2	8	457633	457640	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
155	NC_016025	CCGG	2	8	459227	459234	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
156	NC_016025	CGGC	2	8	459336	459343	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
157	NC_016025	GTTG	2	8	464012	464019	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
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160	NC_016025	TCTG	2	8	465050	465057	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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162	NC_016025	TCCT	3	12	466350	466361	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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165	NC_016025	CTGG	2	8	472811	472818	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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171	NC_016025	CCGA	2	8	499644	499651	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
172	NC_016025	AGGA	2	8	500231	500238	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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180	NC_016025	CCTG	2	8	514625	514632	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
181	NC_016025	CTTC	2	8	517409	517416	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
182	NC_016025	AACC	2	8	517589	517596	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
183	NC_016025	CCTG	2	8	517637	517644	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
184	NC_016025	CCGG	2	8	519185	519192	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
185	NC_016025	CTGG	2	8	519939	519946	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
186	NC_016025	AGTG	2	8	521807	521814	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
187	NC_016025	AGGT	2	8	524889	524896	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
188	NC_016025	GGCT	2	8	525867	525874	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
189	NC_016025	GATG	2	8	525885	525892	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_016025	AGGG	2	8	528184	528191	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
192	NC_016025	GTCG	2	8	528541	528548	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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195	NC_016025	TCAC	2	8	530785	530792	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
196	NC_016025	ATCT	2	8	530905	530912	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
197	NC_016025	GCTT	2	8	531124	531131	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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231	NC_016025	TGCA	2	8	604541	604548	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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234	NC_016025	TTCG	2	8	611949	611956	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.