MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Caldicellulosiruptor lactoaceticus 6A chromosome

Total Repeats: 190

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015949	TATTCC	2	12	9111	9122	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_015949	TTGCAA	2	12	12997	13008	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_015949	GACAAA	2	12	16592	16603	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_015949	AATACC	2	12	17204	17215	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_015949	ACAGAA	2	12	30116	30127	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_015949	TTTGTT	2	12	48823	48834	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015949	AAGATT	2	12	112529	112540	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015949	GACTTT	2	12	131403	131414	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_015949	GGCAGG	2	12	159085	159096	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_015949	AACGCA	2	12	160325	160336	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_015949	TTTGTA	2	12	160412	160423	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015949	TTTAAA	2	12	168872	168883	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015949	GACAAA	2	12	169017	169028	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_015949	TATAAT	2	12	182556	182567	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015949	ACAAAT	2	12	194906	194917	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_015949	ATATTA	2	12	195240	195251	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015949	TCGTTT	2	12	213052	213063	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_015949	ACAATA	2	12	217366	217377	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_015949	TAAATA	2	12	217422	217433	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015949	AAACAA	2	12	218969	218980	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_015949	AATAGA	2	12	220588	220599	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015949	AGATAG	2	12	225601	225612	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015949	TTAATT	2	12	281485	281496	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015949	GTTTTT	2	12	285280	285291	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015949	TTTTTA	2	12	286821	286832	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015949	TTTAAA	2	12	294415	294426	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015949	GGAGAG	2	12	299515	299526	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015949	GAAGAG	2	12	332466	332477	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015949	TGGAAT	2	12	344099	344110	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015949	TAAATT	2	12	351017	351028	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015949	AATAAA	2	12	351578	351589	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015949	GTGGAA	2	12	351983	351994	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015949	GATAAG	2	12	355219	355230	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015949	TTAATT	2	12	360889	360900	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015949	TCAAAG	2	12	370426	370437	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_015949	AAAAGG	2	12	399860	399871	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015949	CTTTTT	2	12	451346	451357	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_015949	TGTCAT	2	12	467697	467708	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_015949	GTTTTT	2	12	492916	492927	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015949	GTGATA	2	12	497986	497997	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015949	ACTCAA	2	12	501144	501155	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_015949	TGCTAA	2	12	501507	501518	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_015949	ACTCAA	2	12	504063	504074	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_015949	TGCTAA	2	12	504426	504437	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_015949	TTCTCA	2	12	543647	543658	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_015949	AAAATT	2	12	607519	607530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015949	ATAGAT	2	12	630792	630803	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015949	AGAAGT	2	12	653421	653432	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015949	TTTTAT	2	12	793203	793214	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015949	ATTTAT	2	12	798109	798120	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015949	AATTTT	2	12	807300	807311	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015949	TAATTA	2	12	827962	827973	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015949	AATTTT	2	12	924277	924288	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015949	GTAATT	2	12	924332	924343	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015949	TTTTGA	2	12	945559	945570	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015949	TATTTT	2	12	948076	948087	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015949	GTTCAA	2	12	954289	954300	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_015949	TTAATT	2	12	979415	979426	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015949	AAAACG	2	12	980123	980134	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_015949	ATTATC	2	12	980620	980631	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_015949	ATTTTA	3	18	994689	994706	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015949	GTTTTT	2	12	995704	995715	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015949	GAAAGA	2	12	1010759	1010770	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015949	CTAAAA	2	12	1011705	1011716	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_015949	ATTTTT	2	12	1059001	1059012	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015949	ATGACA	2	12	1061302	1061313	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_015949	TCACAA	2	12	1075797	1075808	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_015949	TTATAA	2	12	1075840	1075851	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015949	GACTTT	2	12	1114213	1114224	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_015949	AATCTC	2	12	1127236	1127247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_015949	TCGTTT	2	12	1144105	1144116	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_015949	AAATAT	2	12	1153069	1153080	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015949	AATCAA	2	12	1157351	1157362	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_015949	ATAAAA	2	12	1188095	1188106	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015949	AGCCTT	2	12	1193154	1193165	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_015949	TGATTG	2	12	1241767	1241778	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015949	ATGGCA	2	12	1252917	1252928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_015949	GCCTTT	2	12	1254997	1255008	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_015949	TTTTCA	2	12	1277045	1277056	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_015949	ATAATT	2	12	1290464	1290475	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015949	AAAACG	2	12	1314985	1314996	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_015949	AATATC	2	12	1318635	1318646	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_015949	CAACTC	2	12	1319153	1319164	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_015949	TTTTAA	2	12	1319496	1319507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015949	CCCAGC	2	12	1320451	1320462	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_015949	TAAAAT	2	12	1399591	1399602	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015949	AATTTA	2	12	1399615	1399626	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015949	ATTTTC	2	12	1444685	1444696	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_015949	TATGAA	2	12	1489957	1489968	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015949	ATCAAA	2	12	1500504	1500515	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_015949	TTTTTC	2	12	1508748	1508759	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_015949	CTTATC	2	12	1509132	1509143	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_015949	TTAATA	2	12	1542994	1543005	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015949	ACAATT	2	12	1559608	1559619	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_015949	AATTTT	2	12	1561836	1561847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015949	GGAAAT	2	12	1568109	1568120	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015949	GGAGCT	2	12	1568188	1568199	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_015949	CTTAAA	2	12	1577999	1578010	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_015949	ACCATC	2	12	1585324	1585335	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_015949	TATATT	2	12	1595274	1595285	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015949	GGTATT	2	12	1614942	1614953	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015949	AAAAAT	2	12	1615553	1615564	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015949	ATCTTA	2	12	1630364	1630375	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_015949	AAAATT	2	12	1643682	1643693	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015949	TATCAA	2	12	1654594	1654605	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_015949	TTTATT	2	12	1677680	1677691	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015949	TTTGTT	2	12	1680552	1680563	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015949	TTTTTA	2	12	1683395	1683406	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015949	ATTTCA	2	12	1684095	1684106	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_015949	TAAAAA	2	12	1692080	1692091	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015949	TTTCAT	2	12	1693869	1693880	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_015949	TTCGAA	2	12	1712909	1712920	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_015949	ATTGCT	2	12	1730050	1730061	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_015949	GTCCAT	2	12	1730181	1730192	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_015949	AGCTTT	2	12	1734901	1734912	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_015949	ATGACA	2	12	1737175	1737186	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_015949	TATTTT	2	12	1740570	1740581	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015949	AAAAAC	2	12	1743645	1743656	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_015949	GACATT	2	12	1746774	1746785	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_015949	CTTTTT	2	12	1747587	1747598	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_015949	CAAAAA	2	12	1747681	1747692	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_015949	TTTCAA	2	12	1753715	1753726	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_015949	ATTGTT	2	12	1757193	1757204	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015949	TTAAAT	2	12	1763403	1763414	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015949	TCTTGT	2	12	1785475	1785486	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_015949	ATGACA	2	12	1787617	1787628	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_015949	TTTTGC	2	12	1803424	1803435	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_015949	TGTAAT	2	12	1808762	1808773	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.