MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Tremblaya princeps PCIT chromosome

Total Repeats: 113

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015736	CACC	2	8	3941	3948	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
2	NC_015736	ATGC	2	8	4060	4067	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_015736	AGCA	2	8	4370	4377	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_015736	CTGG	2	8	4669	4676	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_015736	GCAA	2	8	8464	8471	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_015736	TTCG	2	8	10037	10044	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_015736	GCAC	2	8	10247	10254	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_015736	TGCA	2	8	10564	10571	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_015736	CTGG	2	8	10709	10716	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_015736	CAGC	2	8	10742	10749	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_015736	TCAG	2	8	10836	10843	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_015736	GGGC	2	8	11441	11448	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
13	NC_015736	GTGA	2	8	11495	11502	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015736	GCCT	2	8	11650	11657	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_015736	CTCC	2	8	15621	15628	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
16	NC_015736	CATG	2	8	15631	15638	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_015736	TCCT	2	8	15809	15816	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_015736	GGCA	2	8	17620	17627	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_015736	GAAA	2	8	20563	20570	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015736	TGCT	2	8	20866	20873	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_015736	GTCG	2	8	20995	21002	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_015736	AGGG	2	8	21288	21295	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015736	GGTG	2	8	22105	22112	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015736	GCCT	2	8	23477	23484	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
25	NC_015736	AACT	2	8	23508	23515	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_015736	CCTT	2	8	23530	23537	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_015736	GCTG	2	8	24195	24202	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_015736	GCTG	2	8	24242	24249	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
29	NC_015736	CTGG	2	8	24379	24386	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
30	NC_015736	GCTG	2	8	24620	24627	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_015736	TCTT	2	8	24957	24964	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_015736	GCAG	2	8	25142	25149	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
33	NC_015736	GCGA	2	8	25374	25381	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
34	NC_015736	AGGC	2	8	25426	25433	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_015736	ATGC	2	8	25494	25501	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_015736	GCAC	2	8	28630	28637	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_015736	TTCG	2	8	28784	28791	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_015736	TTGC	2	8	32393	32400	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_015736	GCTG	2	8	32429	32436	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_015736	GTAG	2	8	36023	36030	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015736	GCCT	2	8	36090	36097	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
42	NC_015736	GCAT	2	8	36122	36129	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_015736	GCAG	2	8	36210	36217	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_015736	AAGT	2	8	36503	36510	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015736	GATG	2	8	36811	36818	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015736	CAGA	2	8	47246	47253	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_015736	TACC	2	8	48241	48248	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_015736	TGGG	2	8	48469	48476	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015736	GCGA	2	8	49109	49116	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_015736	ACCG	2	8	49304	49311	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
51	NC_015736	GAGG	2	8	49481	49488	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015736	AAAG	2	8	49951	49958	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015736	CACT	2	8	51019	51026	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_015736	CGTC	2	8	52054	52061	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
55	NC_015736	GAGT	2	8	53501	53508	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015736	ATCT	2	8	55172	55179	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_015736	CTGC	2	8	55215	55222	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
58	NC_015736	TGCA	2	8	55732	55739	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_015736	TGCT	2	8	56398	56405	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_015736	CCAG	2	8	56434	56441	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
61	NC_015736	GCGA	2	8	57482	57489	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_015736	GGCT	2	8	58584	58591	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_015736	CGCA	2	8	64961	64968	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_015736	AGTA	2	8	65121	65128	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015736	CTAT	2	8	65324	65331	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_015736	CAGC	2	8	65789	65796	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_015736	CCTG	3	12	68126	68137	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_015736	TAAG	2	8	68669	68676	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015736	AAGC	2	8	68967	68974	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_015736	TGGC	2	8	71045	71052	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_015736	GGCA	2	8	71125	71132	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_015736	CTGG	2	8	71172	71179	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_015736	GCAG	2	8	72697	72704	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_015736	TAGC	2	8	73555	73562	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_015736	TGCA	2	8	74246	74253	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_015736	GCAC	2	8	74298	74305	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
77	NC_015736	AGCC	2	8	77962	77969	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_015736	AACA	2	8	78123	78130	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_015736	CATC	2	8	78475	78482	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_015736	TGGA	2	8	80837	80844	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015736	CTAC	2	8	82627	82634	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_015736	CTGC	2	8	82869	82876	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
83	NC_015736	GCAG	2	8	83068	83075	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_015736	GCAT	2	8	83828	83835	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_015736	AGTA	2	8	86241	86248	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015736	ATGC	2	8	86518	86525	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_015736	GCGG	2	8	86646	86653	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
88	NC_015736	TGCC	2	8	88298	88305	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_015736	GACA	2	8	88554	88561	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_015736	CGCA	2	8	88571	88578	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_015736	GCGA	2	8	88716	88723	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_015736	AAGG	2	8	88847	88854	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015736	AAGG	2	8	88899	88906	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015736	TCAC	2	8	93731	93738	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_015736	GCCA	2	8	105688	105695	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_015736	GAAG	2	8	124001	124008	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015736	GGAC	2	8	124093	124100	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_015736	GAGT	2	8	125128	125135	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015736	CTTT	2	8	126197	126204	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_015736	CCTC	2	8	126667	126674	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
101	NC_015736	TCGG	2	8	126843	126850	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
102	NC_015736	TCGC	2	8	127039	127046	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
103	NC_015736	CCCA	2	8	127679	127686	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
104	NC_015736	CTCC	2	8	127716	127723	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
105	NC_015736	TCTG	2	8	128902	128909	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_015736	CTGC	2	8	131171	131178	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_015736	AGCA	2	8	131467	131474	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_015736	CAGC	2	8	132509	132516	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
109	NC_015736	CCAT	2	8	134572	134579	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_015736	TGCA	2	8	134629	134636	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_015736	TAGA	2	8	135728	135735	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015736	CCAT	2	8	137447	137454	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_015736	TAGC	2	8	137649	137656	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.