MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila psittaci 6BC chromosome

Total Repeats: 131

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015470	TGTTT	2	10	6761	6770	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015470	ATAAA	2	10	34286	34295	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015470	TTTTG	2	10	52488	52497	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015470	TTAAT	2	10	57968	57977	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015470	CACTT	2	10	71133	71142	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_015470	AATTT	2	10	77746	77755	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015470	AGGAA	2	10	84758	84767	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015470	AGAAA	2	10	87355	87364	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015470	AATTA	2	10	93964	93973	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015470	ATTTG	2	10	98961	98970	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015470	AAAAT	2	10	99682	99691	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015470	CTTTT	2	10	108364	108373	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_015470	CTTTT	2	10	122880	122889	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_015470	TTCTT	2	10	131363	131372	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_015470	TTTTA	2	10	148191	148200	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015470	TAAAT	2	10	164510	164519	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015470	TTTTC	2	10	169262	169271	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_015470	CAAAA	2	10	173582	173591	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_015470	CGCAT	2	10	173952	173961	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_015470	AATGT	2	10	187384	187393	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015470	TTTTA	2	10	193925	193934	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015470	CCCTA	2	10	195288	195297	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
23	NC_015470	GTTTT	2	10	198640	198649	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015470	ATTAA	2	10	201064	201073	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015470	ATAAA	2	10	225898	225907	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015470	ATTTT	2	10	226755	226764	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015470	TAAAA	2	10	240126	240135	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015470	TTTAA	2	10	255888	255897	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015470	AAGAT	2	10	255962	255971	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015470	GAAGA	2	10	267656	267665	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015470	TAAAA	2	10	274671	274680	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015470	ATTTT	2	10	289916	289925	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015470	AAAGG	2	10	301632	301641	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015470	ATAGG	2	10	307859	307868	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015470	CATAG	2	10	310593	310602	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015470	TAAGA	2	10	319140	319149	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015470	TGAAA	2	10	332927	332936	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015470	ATTAT	2	10	342427	342436	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015470	CTTTT	2	10	343309	343318	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_015470	TTTCT	2	10	347747	347756	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015470	AATAA	2	10	351112	351121	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015470	TGAAA	2	10	352340	352349	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015470	GTATT	2	10	363471	363480	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015470	GCATA	2	10	369568	369577	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015470	GAATA	2	10	371549	371558	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015470	CACTA	2	10	390199	390208	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_015470	GTTTC	2	10	391299	391308	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_015470	TTTAA	2	10	397446	397455	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015470	ATTTT	2	10	446737	446746	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015470	GCTTC	2	10	455651	455660	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_015470	ATAGA	2	10	463647	463656	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015470	ATGTA	2	10	470535	470544	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015470	TAAAT	2	10	477177	477186	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015470	AACTT	2	10	477190	477199	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_015470	TGAGA	2	10	477298	477307	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015470	TAAAT	2	10	478463	478472	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015470	AAATA	2	10	483892	483901	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015470	TTAAA	2	10	485052	485061	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015470	TTTAC	2	10	493876	493885	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_015470	AAAAT	2	10	493933	493942	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015470	AATCT	2	10	504726	504735	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015470	TAGGG	2	10	504851	504860	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015470	TAAAA	2	10	549223	549232	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015470	TTTCT	2	10	559813	559822	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_015470	AAATA	3	15	559826	559840	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015470	TTATT	2	10	571118	571127	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015470	ATTAA	2	10	571156	571165	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015470	ATATA	2	10	585583	585592	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015470	ACAAA	2	10	586841	586850	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_015470	CAATA	2	10	592441	592450	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_015470	AATTA	2	10	593311	593320	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015470	ATTTA	2	10	597562	597571	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015470	ATTTT	2	10	601432	601441	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015470	TATCC	2	10	622930	622939	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_015470	AGGGG	2	10	630753	630762	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015470	ATCAA	2	10	653662	653671	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015470	TTTTA	2	10	656653	656662	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015470	ATTCT	2	10	660482	660491	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_015470	AAGAG	2	10	662871	662880	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015470	TCTTA	2	10	664019	664028	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_015470	AAATA	2	10	664050	664059	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015470	CTAAG	2	10	667025	667034	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_015470	AAAAT	2	10	668894	668903	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015470	TTAAT	2	10	668911	668920	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015470	CACAA	2	10	673453	673462	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_015470	TAAAA	2	10	675306	675315	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015470	TAAAA	2	10	691619	691628	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015470	CAGAG	2	10	725882	725891	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_015470	GGCCT	2	10	757807	757816	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_015470	AATCA	2	10	759789	759798	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_015470	GAAAA	2	10	801432	801441	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015470	AGCTA	2	10	804573	804582	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_015470	TTTAC	2	10	806496	806505	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_015470	AAGAA	2	10	809190	809199	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015470	GTTTT	2	10	818441	818450	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015470	TCTTT	2	10	834229	834238	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_015470	ATTTT	2	10	844189	844198	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015470	AGAAC	2	10	854666	854675	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_015470	TAAAA	2	10	864101	864110	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015470	AAAAG	2	10	865815	865824	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015470	TCAAA	2	10	867381	867390	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_015470	TAAAA	2	10	872815	872824	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015470	AAAAG	2	10	880767	880776	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015470	TTTTC	2	10	883904	883913	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_015470	AAGTT	2	10	893664	893673	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015470	TCTAT	2	10	920137	920146	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_015470	AAAAG	2	10	920217	920226	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015470	TTAAA	2	10	933162	933171	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015470	TTCTT	2	10	946384	946393	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_015470	ACTAG	2	10	953976	953985	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_015470	AATTA	2	10	958672	958681	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015470	TTTTG	2	10	960352	960361	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015470	CCCTT	2	10	971743	971752	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
114	NC_015470	AATTT	2	10	983751	983760	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015470	TCTTT	2	10	995219	995228	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_015470	TATTG	2	10	995414	995423	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015470	TAAAT	2	10	1012772	1012781	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015470	TAGAT	2	10	1018860	1018869	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015470	GTAAC	2	10	1019197	1019206	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_015470	AACCT	2	10	1020675	1020684	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_015470	TAACT	2	10	1021602	1021611	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_015470	ACATA	2	10	1022341	1022350	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_015470	CTTTC	2	10	1023421	1023430	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_015470	CTTCT	2	10	1024528	1024537	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_015470	TTCTT	2	10	1025175	1025184	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_015470	TTAAA	2	10	1031482	1031491	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015470	AACAA	2	10	1031695	1031704	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_015470	TAAAA	2	10	1056298	1056307	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015470	AGCCC	2	10	1069921	1069930	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NC_015470	TTAAT	2	10	1072859	1072868	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015470	AAAAG	2	10	1154208	1154217	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.