MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila pecorum E58 chromosome

Total Repeats: 268

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015408	CAAA	2	8	1171	1178	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_015408	TATT	2	8	6629	6636	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015408	AATT	2	8	11874	11881	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015408	TAAA	2	8	18421	18428	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015408	TTTA	2	8	20839	20846	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015408	ATTA	2	8	24530	24537	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015408	TTTA	2	8	24573	24580	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015408	ATAA	2	8	24617	24624	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015408	AGTT	2	8	27669	27676	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015408	TTTA	2	8	27768	27775	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015408	ATCA	2	8	28165	28172	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_015408	AAAG	2	8	38681	38688	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015408	GAAA	2	8	38762	38769	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015408	ATAC	2	8	41250	41257	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_015408	TTCC	2	8	44135	44142	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_015408	CTTT	2	8	44250	44257	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_015408	CCCT	2	8	60738	60745	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
18	NC_015408	AAGG	2	8	65413	65420	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015408	TCAA	2	8	75647	75654	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_015408	AAAG	2	8	75724	75731	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015408	ACTT	2	8	77585	77592	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_015408	AGAA	2	8	77641	77648	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015408	GACA	2	8	77668	77675	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_015408	AAGG	2	8	77677	77684	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015408	AAAT	2	8	84431	84438	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015408	TAAG	2	8	84556	84563	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015408	GAAG	2	8	84565	84572	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015408	GAAA	2	8	88286	88293	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015408	TTGT	2	8	90708	90715	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015408	TTTA	2	8	94621	94628	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015408	ATTA	2	8	95065	95072	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015408	AGGA	2	8	96963	96970	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015408	CTTT	2	8	103075	103082	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_015408	CTAT	2	8	103262	103269	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_015408	AAGG	2	8	103297	103304	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015408	AAAG	2	8	103334	103341	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015408	AATA	2	8	105210	105217	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015408	ATTA	2	8	108909	108916	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015408	TACG	2	8	108986	108993	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_015408	TAAA	2	8	113014	113021	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015408	AGTA	2	8	117550	117557	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015408	ATTA	2	8	117567	117574	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015408	CAAG	2	8	117585	117592	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_015408	GAAG	2	8	134529	134536	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015408	ATAA	2	8	135985	135992	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015408	AGCA	2	8	142651	142658	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_015408	CTTT	2	8	145432	145439	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_015408	AACA	2	8	155031	155038	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_015408	TCGC	2	8	161798	161805	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_015408	TACT	2	8	161841	161848	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_015408	CCTC	2	8	162363	162370	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
52	NC_015408	CCCA	2	8	162685	162692	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
53	NC_015408	TCCA	2	8	163162	163169	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_015408	TCAC	2	8	163964	163971	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_015408	CATA	2	8	164547	164554	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_015408	CTTT	2	8	164593	164600	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_015408	CTAT	2	8	164651	164658	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_015408	CTTT	2	8	164709	164716	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_015408	ATCT	2	8	176833	176840	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_015408	ATCA	2	8	202273	202280	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_015408	CTAT	2	8	203815	203822	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_015408	GGCA	2	8	203893	203900	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_015408	TAAA	2	8	208737	208744	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015408	ATTA	2	8	208748	208755	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015408	TTTG	2	8	216867	216874	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015408	AAGT	2	8	218288	218295	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015408	AATG	2	8	218302	218309	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015408	GTCT	2	8	224834	224841	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_015408	ACAA	2	8	239018	239025	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_015408	GCTT	2	8	242015	242022	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_015408	GAAA	2	8	247048	247055	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015408	ACAA	2	8	247134	247141	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_015408	AATC	2	8	266413	266420	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_015408	CCTC	2	8	269587	269594	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
75	NC_015408	AAAT	2	8	273967	273974	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015408	TTTG	2	8	284245	284252	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015408	ATTT	2	8	288227	288234	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015408	CCTA	2	8	292185	292192	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_015408	TCTA	2	8	302399	302406	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_015408	AATC	2	8	311391	311398	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_015408	TAAA	2	8	322585	322592	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015408	ATAC	2	8	329356	329363	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_015408	GTAT	2	8	329372	329379	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015408	TCTT	2	8	332154	332161	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_015408	TAGG	2	8	337337	337344	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015408	GTTT	2	8	339655	339662	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015408	GAGT	2	8	342902	342909	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015408	TTGT	2	8	343111	343118	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015408	TATT	2	8	344338	344345	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015408	CTTT	2	8	373797	373804	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_015408	AGCA	2	8	374555	374562	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_015408	TAGA	2	8	375543	375550	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015408	CTTC	2	8	381812	381819	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_015408	ATTT	2	8	381940	381947	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015408	CTCA	2	8	388957	388964	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_015408	TTTA	2	8	396810	396817	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015408	CGTG	2	8	397064	397071	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_015408	ATAC	2	8	400242	400249	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_015408	AAGA	2	8	409457	409464	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015408	TTCG	2	8	425917	425924	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_015408	AGGA	2	8	426009	426016	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015408	TTCT	2	8	430486	430493	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_015408	TTGT	2	8	432494	432501	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015408	GTTA	2	8	432561	432568	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015408	TGCA	2	8	433208	433215	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_015408	AGGA	2	8	444603	444610	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015408	TTTC	2	8	448303	448310	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_015408	AACA	2	8	457697	457704	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_015408	TTCG	2	8	460548	460555	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_015408	CCTT	2	8	463958	463965	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_015408	CTTT	2	8	463970	463977	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_015408	CTAC	2	8	474599	474606	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_015408	TAAA	2	8	484995	485002	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015408	GAAG	2	8	486131	486138	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015408	GAGG	2	8	493503	493510	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015408	GGGA	2	8	493631	493638	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015408	ACTT	2	8	495015	495022	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_015408	TCTT	2	8	495648	495655	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_015408	TCTA	3	12	495684	495695	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_015408	ACTA	2	8	498354	498361	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_015408	GATA	2	8	498365	498372	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015408	TGAA	2	8	502872	502879	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015408	ATGT	2	8	512341	512348	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015408	AAAT	2	8	513986	513993	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015408	TTTG	2	8	514230	514237	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015408	GCTT	2	8	519682	519689	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_015408	TTTC	2	8	519706	519713	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_015408	TGCT	2	8	521098	521105	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_015408	GAAA	2	8	521481	521488	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015408	ATTG	2	8	521591	521598	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015408	GTAG	2	8	522134	522141	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015408	AGAA	2	8	522375	522382	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015408	GGGA	2	8	522411	522418	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015408	TAAG	2	8	526108	526115	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015408	TCTG	2	8	533219	533226	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_015408	ATCT	2	8	533272	533279	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_015408	TTTA	2	8	535684	535691	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015408	AGGA	2	8	539764	539771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015408	CTTT	2	8	540891	540898	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_015408	ATTT	2	8	540908	540915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015408	CCTT	2	8	549849	549856	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_015408	ATAA	2	8	550026	550033	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015408	TAAT	2	8	559294	559301	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015408	TTGG	2	8	559354	559361	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015408	GATT	2	8	560605	560612	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015408	CAAG	2	8	569213	569220	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_015408	TCCA	2	8	571203	571210	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_015408	AAAG	2	8	576836	576843	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_015408	TTTA	2	8	576899	576906	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_015408	GTTT	2	8	585242	585249	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_015408	TTTA	2	8	587144	587151	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_015408	GCAA	2	8	604517	604524	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.