MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Chlamydophila pecorum E58 chromosome

Total Repeats: 2302

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015408	A	7	7	1	7	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015408	ACA	2	6	27	32	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_015408	A	6	6	41	46	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015408	TTA	2	6	64	69	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015408	CTC	2	6	1135	1140	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_015408	A	7	7	1145	1151	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015408	CAAA	2	8	1171	1178	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_015408	CTA	2	6	1205	1210	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_015408	TCA	2	6	1219	1224	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_015408	TTC	2	6	1226	1231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_015408	A	7	7	1278	1284	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015408	CTA	2	6	1356	1361	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_015408	GAA	2	6	1405	1410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015408	AAT	2	6	1416	1421	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015408	TAG	2	6	1457	1462	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015408	CAA	2	6	1487	1492	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_015408	CAA	3	9	1496	1504	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_015408	A	6	6	1654	1659	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015408	TAACTT	2	12	1684	1695	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_015408	A	8	8	1702	1709	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015408	ACTAA	2	10	1727	1736	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_015408	T	6	6	1873	1878	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015408	CT	3	6	1940	1945	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_015408	A	7	7	4824	4830	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015408	ATTTT	2	10	4844	4853	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015408	CAC	2	6	4970	4975	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_015408	TATT	2	8	6629	6636	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015408	A	6	6	6639	6644	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015408	TCT	2	6	8698	8703	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_015408	AATT	2	8	11874	11881	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015408	T	8	8	11895	11902	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015408	A	8	8	13773	13780	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015408	A	7	7	15142	15148	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015408	A	8	8	15192	15199	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015408	AAG	2	6	15238	15243	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015408	CTT	2	6	15268	15273	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_015408	TAT	2	6	18378	18383	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015408	TCATT	2	10	18399	18408	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_015408	TAAA	2	8	18421	18428	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015408	TC	3	6	20824	20829	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_015408	TTTA	2	8	20839	20846	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015408	AACTT	2	10	20851	20860	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015408	ATA	2	6	20879	20884	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015408	T	6	6	21521	21526	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015408	ATTA	2	8	24530	24537	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015408	TAA	2	6	24547	24552	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015408	A	6	6	24563	24568	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015408	TTTA	2	8	24573	24580	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015408	A	7	7	24585	24591	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015408	TAAAA	2	10	24607	24616	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015408	ATAA	2	8	24617	24624	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015408	A	6	6	24623	24628	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015408	AGTT	2	8	27669	27676	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015408	TAAAA	2	10	27689	27698	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015408	AAT	2	6	27735	27740	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015408	CTA	2	6	27751	27756	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_015408	TAAGA	2	10	27757	27766	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015408	TTTA	2	8	27768	27775	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015408	A	6	6	27781	27786	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015408	CT	3	6	27794	27799	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_015408	TCT	2	6	27823	27828	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_015408	TTTTA	2	10	27855	27864	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015408	ATCA	2	8	28165	28172	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_015408	TAG	2	6	28175	28180	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015408	TAAAA	2	10	30287	30296	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015408	A	8	8	30293	30300	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015408	T	9	9	30319	30327	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015408	ATT	2	6	33111	33116	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015408	TAT	2	6	33133	33138	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015408	T	8	8	33138	33145	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015408	A	6	6	33146	33151	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015408	T	6	6	33229	33234	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015408	ACT	2	6	34227	34232	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_015408	TGA	2	6	34249	34254	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015408	TTG	2	6	34273	34278	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015408	TCT	2	6	34307	34312	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_015408	CCT	2	6	38515	38520	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_015408	A	6	6	38538	38543	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015408	TAA	2	6	38556	38561	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015408	A	7	7	38581	38587	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015408	ATTTT	2	10	38602	38611	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015408	ATA	2	6	38648	38653	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015408	AAAG	2	8	38681	38688	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015408	GAA	2	6	38704	38709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015408	A	6	6	38708	38713	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015408	AAGAA	2	10	38720	38729	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015408	GAAA	2	8	38762	38769	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015408	GAA	2	6	38773	38778	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015408	TTC	2	6	38849	38854	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_015408	TC	3	6	40280	40285	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_015408	CTT	2	6	41035	41040	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_015408	TCTAA	2	10	41101	41110	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_015408	ATAC	2	8	41250	41257	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_015408	A	6	6	43534	43539	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015408	AAT	2	6	43606	43611	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015408	TCT	2	6	43743	43748	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_015408	CTT	2	6	43775	43780	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_015408	ACA	3	9	43803	43811	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_015408	TGG	2	6	43826	43831	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015408	ATA	2	6	43835	43840	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015408	A	6	6	43845	43850	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015408	GCT	2	6	43936	43941	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_015408	CAATC	2	10	43987	43996	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_015408	GCT	2	6	44029	44034	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_015408	TTCC	2	8	44135	44142	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_015408	TAAAAA	2	12	44190	44201	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015408	A	12	12	44197	44208	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015408	CTTT	2	8	44250	44257	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_015408	T	6	6	44255	44260	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015408	A	6	6	44270	44275	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015408	TC	3	6	44302	44307	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_015408	CAA	2	6	53947	53952	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_015408	TAT	2	6	53974	53979	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015408	CTC	2	6	56902	56907	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_015408	TAC	2	6	56969	56974	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_015408	T	7	7	57000	57006	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015408	CCCT	2	8	60738	60745	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
118	NC_015408	T	6	6	60762	60767	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015408	T	6	6	61990	61995	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015408	T	6	6	62002	62007	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015408	A	6	6	65320	65325	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015408	TAA	2	6	65342	65347	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015408	AGA	2	6	65359	65364	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015408	AAGG	2	8	65413	65420	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015408	T	7	7	65440	65446	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015408	TAA	2	6	65467	65472	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015408	TAA	2	6	65476	65481	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015408	GTG	2	6	66865	66870	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015408	TCC	2	6	66923	66928	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_015408	A	6	6	68625	68630	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015408	TTTAA	2	10	68633	68642	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015408	TAT	2	6	68665	68670	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015408	TAA	2	6	68672	68677	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015408	ATT	2	6	70174	70179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015408	TAT	2	6	70192	70197	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015408	A	6	6	70198	70203	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015408	T	6	6	70222	70227	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015408	TAATT	2	10	70244	70253	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_015408	TAG	2	6	70339	70344	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015408	TCC	2	6	75561	75566	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
141	NC_015408	TGC	2	6	75567	75572	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_015408	AAT	2	6	75601	75606	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015408	TCAA	2	8	75647	75654	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_015408	CTT	2	6	75674	75679	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_015408	T	9	9	75678	75686	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015408	CAA	2	6	75706	75711	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_015408	AAAG	2	8	75724	75731	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_015408	TACTA	2	10	75740	75749	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_015408	ATT	2	6	76723	76728	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_015408	T	6	6	76727	76732	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_015408	AG	3	6	76739	76744	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
152	NC_015408	CAT	2	6	76756	76761	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_015408	T	6	6	76838	76843	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_015408	CTT	2	6	76854	76859	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_015408	T	6	6	76866	76871	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_015408	GTTAG	2	10	77414	77423	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
157	NC_015408	T	7	7	77550	77556	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_015408	ACTT	2	8	77585	77592	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
159	NC_015408	CTT	3	9	77616	77624	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_015408	ACC	2	6	77629	77634	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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162	NC_015408	GACA	2	8	77668	77675	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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176	NC_015408	GAAA	2	8	88286	88293	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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179	NC_015408	T	10	10	88444	88453	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_015408	AAT	2	6	90614	90619	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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188	NC_015408	A	6	6	93981	93986	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_015408	AGA	2	6	94034	94039	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
190	NC_015408	A	6	6	94583	94588	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_015408	TTTA	2	8	94621	94628	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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242	NC_015408	A	7	7	108314	108320	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_015408	A	6	6	154909	154914	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_015408	AACA	2	8	155031	155038	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
292	NC_015408	A	6	6	155047	155052	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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297	NC_015408	T	10	10	158643	158652	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_015408	A	9	9	158808	158816	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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422	NC_015408	A	6	6	195731	195736	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
423	NC_015408	A	7	7	195743	195749	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
424	NC_015408	A	6	6	195752	195757	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
425	NC_015408	TGA	2	6	195758	195763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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427	NC_015408	ATCA	2	8	202273	202280	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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429	NC_015408	T	6	6	202374	202379	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
430	NC_015408	TCA	2	6	202444	202449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
431	NC_015408	CTAT	2	8	203815	203822	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
432	NC_015408	TTA	2	6	203883	203888	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
433	NC_015408	GGCA	2	8	203893	203900	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
434	NC_015408	TAA	2	6	203901	203906	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
435	NC_015408	ACTATA	2	12	203918	203929	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
436	NC_015408	GCTTA	2	10	203942	203951	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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440	NC_015408	T	6	6	207191	207196	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
441	NC_015408	TAT	2	6	207203	207208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
442	NC_015408	ATT	2	6	207218	207223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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450	NC_015408	TAA	2	6	212328	212333	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
451	NC_015408	A	7	7	212377	212383	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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453	NC_015408	T	6	6	213751	213756	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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457	NC_015408	A	6	6	214739	214744	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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494	NC_015408	A	8	8	241897	241904	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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500	NC_015408	GCTT	2	8	242015	242022	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding

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