MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila psittaci RD1

Total Repeats: 444

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014796	AATC	2	8	5414	5421	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_014796	TAAT	2	8	6732	6739	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014796	GAAT	2	8	6852	6859	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014796	TAAA	2	8	17025	17032	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014796	TTTC	2	8	17682	17689	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_014796	ATTT	2	8	26656	26663	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014796	ATTA	2	8	26667	26674	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014796	TTTC	2	8	31652	31659	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_014796	TCTA	2	8	32056	32063	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_014796	AATT	2	8	32380	32387	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014796	TTAA	2	8	32420	32427	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014796	TTAA	2	8	33516	33523	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014796	AGAT	2	8	33559	33566	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014796	TCAA	2	8	37781	37788	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_014796	AAAG	2	8	52614	52621	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014796	TTTA	2	8	52624	52631	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014796	GAAG	2	8	52727	52734	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014796	AAAG	2	8	54792	54799	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014796	GTTT	2	8	59898	59905	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014796	TATG	2	8	59913	59920	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014796	CTTT	2	8	64573	64580	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_014796	GATA	2	8	70221	70228	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014796	TAAT	2	8	77666	77673	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014796	TATT	2	8	77683	77690	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014796	TTAA	2	8	77692	77699	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014796	TAAA	2	8	77723	77730	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014796	ATTA	2	8	77740	77747	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014796	TAAA	2	8	80504	80511	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014796	AAAG	2	8	83484	83491	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014796	CAAG	2	8	84841	84848	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_014796	TTTA	2	8	87397	87404	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014796	ATAA	2	8	87452	87459	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014796	ATGT	2	8	93634	93641	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014796	ATAC	2	8	99192	99199	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_014796	AACA	2	8	99363	99370	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_014796	TGAT	2	8	99631	99638	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014796	TTAA	2	8	107112	107119	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014796	ATTT	2	8	122760	122767	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014796	AAAG	2	8	122935	122942	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014796	TAAT	2	8	123104	123111	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014796	TTAA	2	8	128519	128526	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014796	CTGG	2	8	128670	128677	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_014796	TTTA	2	8	128696	128703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014796	TGAT	2	8	139127	139134	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014796	TAGT	2	8	140255	140262	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014796	TTAT	2	8	146096	146103	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014796	TTTA	2	8	147426	147433	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014796	AATA	2	8	147481	147488	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014796	ATTT	3	12	147539	147550	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014796	TAAG	2	8	148606	148613	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014796	AAAG	2	8	148636	148643	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014796	TTTG	2	8	162388	162395	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014796	AGAA	2	8	162485	162492	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014796	GATT	2	8	162499	162506	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014796	TTCT	2	8	162507	162514	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_014796	GGAG	2	8	162869	162876	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014796	AAAT	2	8	164575	164582	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014796	ACTT	2	8	164628	164635	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_014796	TAGT	2	8	170087	170094	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014796	AAGA	2	8	173684	173691	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014796	TAAA	2	8	179360	179367	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014796	TTTA	2	8	179421	179428	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014796	AACT	2	8	179437	179444	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_014796	AGGG	2	8	185866	185873	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014796	AACA	2	8	185979	185986	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_014796	GATT	2	8	187305	187312	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014796	AGAT	2	8	191792	191799	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014796	GTTT	2	8	193725	193732	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014796	TATT	2	8	195451	195458	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014796	TAAA	3	12	195482	195493	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014796	GTTT	2	8	196532	196539	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014796	CACT	2	8	198180	198187	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_014796	GCTT	2	8	198274	198281	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_014796	CTTT	2	8	198434	198441	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_014796	ATTA	2	8	198451	198458	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014796	CTTT	2	8	198609	198616	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_014796	AATC	2	8	198617	198624	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_014796	ATTA	2	8	198754	198761	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014796	TAAT	2	8	201082	201089	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014796	TAAA	2	8	204095	204102	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014796	CAAA	2	8	205218	205225	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_014796	TTTA	2	8	205664	205671	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014796	GATT	2	8	210704	210711	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014796	AAAG	2	8	210756	210763	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014796	CTAA	2	8	210914	210921	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_014796	GTTT	2	8	211876	211883	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014796	AAGA	2	8	222931	222938	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014796	AACA	2	8	226749	226756	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_014796	ATTA	2	8	232253	232260	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014796	CTTG	2	8	238179	238186	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_014796	GAAT	2	8	238230	238237	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_014796	AATT	2	8	238369	238376	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014796	TTTC	2	8	238469	238476	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_014796	GTTT	2	8	240900	240907	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014796	TCAT	2	8	241130	241137	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_014796	AGGA	2	8	244060	244067	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014796	GTTT	2	8	247703	247710	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014796	TAAA	2	8	263030	263037	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014796	GTTC	2	8	266717	266724	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_014796	TAAT	2	8	266820	266827	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014796	AATT	2	8	266835	266842	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014796	TAAT	2	8	267912	267919	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014796	TAAA	2	8	268026	268033	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_014796	TTGT	2	8	274654	274661	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014796	AAAT	2	8	276699	276706	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014796	CTAT	2	8	276826	276833	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_014796	TTTC	2	8	277410	277417	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_014796	TACT	2	8	281228	281235	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_014796	AATT	2	8	281249	281256	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014796	TGTA	2	8	281292	281299	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014796	GTTT	2	8	282201	282208	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_014796	ATTT	2	8	289854	289861	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014796	TAAT	3	12	289901	289912	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014796	TAGA	2	8	291738	291745	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014796	TCTA	2	8	291770	291777	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_014796	TATT	2	8	291821	291828	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014796	AATG	2	8	299918	299925	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_014796	GTTT	2	8	300067	300074	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014796	TGTT	2	8	301384	301391	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_014796	ATTG	2	8	301471	301478	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014796	TTGA	2	8	301542	301549	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014796	GATT	2	8	307822	307829	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014796	GAAA	2	8	307954	307961	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014796	CTAC	2	8	308022	308029	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_014796	AAAG	2	8	308334	308341	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_014796	GTTT	2	8	308817	308824	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014796	TGAT	2	8	309705	309712	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014796	ATAG	2	8	310022	310029	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014796	TTAT	2	8	310516	310523	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014796	GGGA	2	8	310683	310690	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014796	ATGC	2	8	319223	319230	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_014796	TTCG	2	8	319344	319351	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_014796	AGGA	2	8	319361	319368	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_014796	AAAG	2	8	327561	327568	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014796	TTGT	2	8	327907	327914	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_014796	TAAC	2	8	328280	328287	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_014796	CCAT	2	8	329185	329192	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_014796	GGGC	2	8	329468	329475	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
139	NC_014796	CTTG	2	8	329764	329771	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_014796	TTTC	2	8	329834	329841	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_014796	GTTT	2	8	330178	330185	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_014796	TTTG	2	8	330796	330803	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_014796	CTGC	2	8	331183	331190	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
144	NC_014796	TTGT	2	8	331212	331219	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014796	AGTT	2	8	336857	336864	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_014796	CAGA	2	8	337701	337708	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_014796	TGAT	2	8	337727	337734	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_014796	TATT	2	8	339913	339920	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_014796	ATAA	2	8	343723	343730	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_014796	TCTT	2	8	344488	344495	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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152	NC_014796	AACG	2	8	345776	345783	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.