MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Liberibacter solanacearum CLso-ZC1 chromosome

Total Repeats: 107

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014774	CTATCA	2	12	5413	5424	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_014774	TTACTA	2	12	25753	25764	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_014774	TCTAAA	2	12	65620	65631	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_014774	AAAATT	2	12	119641	119652	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014774	GTATAG	2	12	133747	133758	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014774	ATTCAC	2	12	147442	147453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_014774	AAATAA	2	12	148210	148221	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014774	GATTCC	2	12	175438	175449	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_014774	TTTTAA	2	12	196099	196110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014774	TTTTTC	2	12	244949	244960	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_014774	TTAATT	2	12	247653	247664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014774	ATCCTC	2	12	248188	248199	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_014774	TTTTAT	2	12	257457	257468	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014774	TCCTTA	2	12	273090	273101	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_014774	TAAAAA	3	18	274473	274490	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014774	ATTCAA	2	12	285467	285478	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_014774	TAAAAA	2	12	300057	300068	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014774	ATTTAT	2	12	325575	325586	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014774	CATTTT	2	12	326997	327008	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_014774	TTTATT	2	12	327155	327166	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014774	TAGAAT	2	12	332956	332967	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014774	TATAGT	2	12	361687	361698	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014774	AAAAGA	2	12	362711	362722	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014774	TAAAAA	5	30	370677	370706	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014774	ATTCTT	2	12	372467	372478	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_014774	TATATT	2	12	372591	372602	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014774	AATTTG	2	12	386060	386071	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014774	AGTTTT	2	12	386119	386130	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014774	ATATTT	2	12	387760	387771	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014774	TAGTTA	2	12	398275	398286	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014774	ATTAAA	2	12	405791	405802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014774	GTATTT	2	12	422036	422047	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014774	AAAATA	2	12	423674	423685	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014774	TATTTT	2	12	454472	454483	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014774	GTAAAA	2	12	454623	454634	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014774	TTTTAT	2	12	457020	457031	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014774	AATGAT	2	12	510224	510235	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014774	TTAAAA	2	12	548940	548951	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014774	TATTTT	2	12	573541	573552	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014774	CAAAAA	2	12	598790	598801	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_014774	AAATAT	2	12	606731	606742	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014774	AAAAAT	2	12	607747	607758	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014774	ATTTCT	2	12	608929	608940	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_014774	CCGGGG	2	12	618552	618563	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_014774	ATGTTA	2	12	632456	632467	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014774	ATTTTA	2	12	639035	639046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014774	CTTATA	2	12	640261	640272	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_014774	CTTATA	2	12	652536	652547	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_014774	ATTTTT	2	12	662201	662212	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014774	ATTATA	2	12	666231	666242	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014774	TAAATT	2	12	667712	667723	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014774	CAAATC	2	12	669460	669471	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_014774	TATTTT	2	12	681646	681657	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014774	AGACAA	2	12	686041	686052	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_014774	TGATGT	2	12	696155	696166	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014774	AAACCA	3	18	709062	709079	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_014774	AAAAGA	3	18	709250	709267	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014774	TTTTTA	3	18	709553	709570	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014774	TTTTAT	3	18	709571	709588	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014774	TTTATT	4	24	709589	709612	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014774	TTATTT	2	12	709613	709624	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014774	AAATAA	2	12	741807	741818	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014774	AAACTT	2	12	741914	741925	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_014774	TCAACA	2	12	752040	752051	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_014774	TTGAAA	2	12	752505	752516	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014774	AATATT	2	12	753547	753558	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014774	ATACGA	2	12	753618	753629	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_014774	CTTTTT	2	12	772441	772452	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_014774	TTCCAG	2	12	779006	779017	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_014774	AAGAAT	2	12	781566	781577	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014774	AAATAT	2	12	797424	797435	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014774	TAAAAA	2	12	807722	807733	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014774	AATTAC	2	12	828278	828289	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_014774	TAATAT	2	12	828439	828450	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014774	ATAAAA	2	12	853911	853922	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014774	AAAAAT	2	12	861294	861305	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014774	AAGTTG	2	12	869039	869050	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014774	ATTTTT	2	12	876199	876210	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014774	ATCATA	2	12	901790	901801	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_014774	ACCATG	2	12	911641	911652	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_014774	ATCAAA	2	12	933981	933992	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_014774	TACTGT	2	12	940022	940033	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_014774	ATACCC	2	12	940044	940055	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_014774	TAAAAA	2	12	963193	963204	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014774	ACACAG	2	12	964922	964933	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_014774	AATAAA	2	12	967253	967264	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014774	AATAAA	2	12	967330	967341	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014774	GTGGTT	2	12	981229	981240	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014774	AATAAA	2	12	983380	983391	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014774	AAAAGA	2	12	983557	983568	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014774	AAAATC	2	12	991149	991160	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_014774	GTCTCA	2	12	1006040	1006051	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_014774	ATTGAT	2	12	1050207	1050218	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014774	AATATT	2	12	1062329	1062340	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014774	CAACTT	2	12	1077080	1077091	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_014774	ACCAGC	2	12	1077794	1077805	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
97	NC_014774	ATCTCT	2	12	1081272	1081283	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_014774	CATTAT	2	12	1097957	1097968	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_014774	ATAAAA	2	12	1100157	1100168	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014774	ATCTAC	2	12	1108438	1108449	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_014774	CTTTTT	2	12	1114062	1114073	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_014774	CAAAAA	2	12	1127711	1127722	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_014774	ACTAAA	2	12	1135725	1135736	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_014774	CAAAAC	2	12	1158035	1158046	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_014774	ACAAAA	3	18	1158111	1158128	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_014774	TAATTA	2	12	1169882	1169893	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014774	ATGATT	2	12	1258222	1258233	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.