MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Caldicellulosiruptor hydrothermalis 108 chromosome

Total Repeats: 138

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014652	AATTTT	2	12	1499	1510	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014652	TATTGA	2	12	6669	6680	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014652	GTAAAA	2	12	15338	15349	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014652	AAAGCA	2	12	22346	22357	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_014652	TGAAAA	2	12	22556	22567	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014652	TTTTTG	2	12	62887	62898	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014652	TAACTA	2	12	70287	70298	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_014652	AAATAA	2	12	84909	84920	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014652	ATTTTA	2	12	111055	111066	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014652	TAAAAT	2	12	115172	115183	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014652	TTGAAG	2	12	211112	211123	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014652	TAAAAT	2	12	211433	211444	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014652	AATAGA	2	12	211524	211535	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014652	CAAAAG	2	12	212033	212044	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_014652	AATTTT	2	12	220008	220019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014652	AAAGAA	2	12	233093	233104	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014652	AAGATT	2	12	253529	253540	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014652	TTAAAA	2	12	263447	263458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014652	AAAAAG	2	12	269394	269405	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014652	TGAAAA	2	12	279193	279204	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014652	TTGGAG	2	12	286862	286873	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014652	TGTTTT	2	12	311132	311143	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014652	AGGCAA	2	12	313169	313180	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_014652	GATTTT	2	12	360625	360636	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014652	AATTTC	2	12	365005	365016	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_014652	TAATTC	2	12	365608	365619	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_014652	ATCATA	2	12	366005	366016	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_014652	TTTTTG	2	12	395318	395329	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014652	TAAAAA	2	12	425428	425439	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014652	TAAAAA	2	12	426062	426073	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014652	AACAAT	2	12	462754	462765	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_014652	TAAAAA	2	12	475999	476010	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014652	AATTTA	2	12	479427	479438	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014652	CAAATC	2	12	483559	483570	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_014652	AAAATT	2	12	494815	494826	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014652	TATAAT	2	12	512419	512430	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014652	TTTGAA	2	12	514310	514321	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014652	TATAAT	2	12	515835	515846	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014652	AAAAAT	2	12	515864	515875	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014652	TTAAAA	2	12	533209	533220	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014652	ACAAAA	2	12	583350	583361	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_014652	ATTGAA	2	12	603846	603857	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014652	CAAAAA	2	12	614839	614850	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_014652	AGTTAA	2	12	710007	710018	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014652	AAAACA	2	12	710245	710256	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_014652	ACTTTC	2	12	727674	727685	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_014652	TCTAAC	2	12	729161	729172	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_014652	TAAAAA	2	12	729806	729817	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014652	ATTGAC	2	12	742497	742508	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_014652	ATATAA	2	12	767258	767269	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014652	TAAAAA	2	12	845869	845880	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014652	AACAAA	2	12	848714	848725	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_014652	TTGATA	2	12	874770	874781	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014652	GACAAA	2	12	888833	888844	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_014652	TTATTT	2	12	889421	889432	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014652	TCGTTT	2	12	890308	890319	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_014652	AAAATT	2	12	948333	948344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014652	TATAAT	2	12	1000069	1000080	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014652	TAAAAA	2	12	1023414	1023425	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014652	GAAAAA	2	12	1023969	1023980	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014652	AAGGCT	2	12	1062695	1062706	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_014652	ATTTTT	2	12	1067738	1067749	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014652	TTTTAT	2	12	1087766	1087777	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014652	GAGATT	2	12	1128995	1129006	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014652	AAAGTC	2	12	1142030	1142041	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_014652	TGTTAT	2	12	1153092	1153103	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014652	AAATAT	2	12	1182144	1182155	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014652	GGGTTT	2	12	1191775	1191786	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014652	ATTTTC	2	12	1191986	1191997	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_014652	AGTTTT	2	12	1195648	1195659	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014652	AGAAAA	2	12	1197757	1197768	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014652	GTAAAT	2	12	1254446	1254457	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014652	TCAAAA	2	12	1256798	1256809	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_014652	TAAAAA	2	12	1256817	1256828	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014652	AATTAC	2	12	1278021	1278032	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_014652	AAAATT	2	12	1278076	1278087	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014652	TAAAAA	2	12	1362565	1362576	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014652	ATTATC	2	12	1408931	1408942	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_014652	TGAAAT	2	12	1523873	1523884	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014652	ACTTCT	2	12	1550842	1550853	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_014652	AATCTT	2	12	1551928	1551939	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_014652	CTTTAG	2	12	1552177	1552188	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_014652	AGAAGG	2	12	1746237	1746248	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014652	TCTTCA	2	12	1747567	1747578	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_014652	AAAAAC	2	12	1747596	1747607	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_014652	TAAATA	2	12	1809196	1809207	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014652	CTGTTA	2	12	1821760	1821771	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_014652	TTGTAA	2	12	1842294	1842305	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014652	CCCAGC	2	12	1856533	1856544	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_014652	CTAAAA	2	12	1870001	1870012	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_014652	TAATTC	2	12	1936330	1936341	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_014652	AAAATT	2	12	1964433	1964444	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014652	TAATTT	2	12	1964695	1964706	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014652	AAAAAC	2	12	1970778	1970789	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_014652	CAAAAA	2	12	1972349	1972360	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_014652	AAAAAG	2	12	1981808	1981819	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014652	GCAAAA	2	12	1990101	1990112	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_014652	GATAAT	2	12	2014286	2014297	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014652	ACACAA	2	12	2014349	2014360	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_014652	TTTGAT	2	12	2019077	2019088	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014652	TTAATT	2	12	2045837	2045848	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014652	ATTTTT	2	12	2048596	2048607	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014652	TAAAAC	2	12	2053173	2053184	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_014652	GAATTC	2	12	2089754	2089765	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_014652	ACTTTT	2	12	2118270	2118281	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_014652	CTTTTT	2	12	2137696	2137707	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_014652	GATTTT	2	12	2164115	2164126	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014652	TTTATT	2	12	2169451	2169462	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014652	TAATTT	2	12	2183003	2183014	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014652	TGATTG	2	12	2199435	2199446	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014652	ATGGCA	2	12	2214394	2214405	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_014652	GCCTTT	2	12	2216469	2216480	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_014652	TTTTTG	2	12	2261220	2261231	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014652	AGCCTT	2	12	2340156	2340167	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_014652	TTTATA	2	12	2417496	2417507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014652	AACTAA	2	12	2419839	2419850	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_014652	TATCAT	2	12	2420371	2420382	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_014652	AAATTA	2	12	2421991	2422002	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014652	ATGACA	2	12	2425988	2425999	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_014652	CAAAAT	2	12	2426660	2426671	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_014652	TATTCT	2	12	2428349	2428360	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_014652	TTTTAA	2	12	2472010	2472021	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014652	TCAATC	2	12	2526397	2526408	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_014652	TACTTG	2	12	2548206	2548217	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_014652	AATCTT	2	12	2592476	2592487	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_014652	CTTTAG	2	12	2592724	2592735	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_014652	ATGACA	2	12	2612369	2612380	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_014652	CAAAAT	2	12	2613046	2613057	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_014652	GTTTTT	2	12	2655042	2655053	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014652	AAAAAC	2	12	2656546	2656557	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_014652	ATTTTT	2	12	2656581	2656592	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014652	GTTTTT	2	12	2688580	2688591	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014652	AGAAAA	2	12	2696062	2696073	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_014652	GAGAGG	2	12	2710016	2710027	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014652	TAAAAC	2	12	2724119	2724130	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_014652	CATAAA	2	12	2725990	2726001	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_014652	CAAGAA	2	12	2734148	2734159	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_014652	TATTGA	2	12	2755212	2755223	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.