MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Caldicellulosiruptor obsidiansis OB47 chromosome

Total Repeats: 462

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014392	TTTAA	2	10	11468	11477	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014392	ATTAC	2	10	15340	15349	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_014392	AATTA	2	10	15401	15410	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014392	GAGAA	2	10	20661	20670	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014392	ACAAA	2	10	22903	22912	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_014392	AAAGA	2	10	25081	25090	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014392	TGCTC	2	10	25744	25753	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_014392	TTGGT	2	10	30668	30677	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014392	AGAGG	2	10	57474	57483	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014392	AGAGA	2	10	65681	65690	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014392	CGACA	2	10	66118	66127	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_014392	GAAAA	2	10	75377	75386	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014392	GCAGG	2	10	80506	80515	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_014392	AAAAT	2	10	82648	82657	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014392	GTAGT	2	10	96616	96625	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014392	AAATT	2	10	99199	99208	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014392	AAAAC	2	10	105347	105356	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_014392	AAAGA	2	10	109580	109589	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014392	GGGGA	2	10	116920	116929	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014392	AATTT	2	10	116950	116959	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014392	GACTG	2	10	120708	120717	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_014392	TCTTT	2	10	133174	133183	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_014392	CTTTA	2	10	146049	146058	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_014392	AAAAC	2	10	149219	149228	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_014392	GTTTT	2	10	150406	150415	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014392	CCCAT	2	10	154673	154682	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
27	NC_014392	TTAAT	2	10	155005	155014	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014392	CTTTT	2	10	157531	157540	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_014392	TGAGA	2	10	158623	158632	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014392	CAAGA	2	10	158936	158945	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_014392	ACTTT	2	10	161021	161030	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_014392	ATTTT	2	10	161601	161610	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014392	GTAGA	2	10	163137	163146	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014392	ACAAA	2	10	163231	163240	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_014392	GCAAG	2	10	163466	163475	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_014392	TAAAA	2	10	163580	163589	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014392	GCTTT	2	10	177946	177955	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_014392	TTTTC	2	10	184013	184022	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_014392	GAAAA	2	10	185464	185473	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014392	AAAGA	2	10	193989	193998	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014392	AACAT	2	10	194059	194068	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_014392	AAAAG	2	10	194073	194082	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014392	TCCTT	2	10	194115	194124	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_014392	AATAA	2	10	198752	198761	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014392	TATCA	3	15	204990	205004	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_014392	GGATT	2	10	205149	205158	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014392	TTGAA	2	10	209859	209868	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014392	ATTTT	2	10	211994	212003	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014392	ATTTA	2	10	220672	220681	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014392	CTTTT	2	10	222241	222250	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_014392	AAAGA	2	10	228091	228100	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014392	CGGTG	2	10	231066	231075	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_014392	TAAAA	2	10	233981	233990	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014392	ATAAA	2	10	238993	239002	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014392	ACAAT	2	10	240415	240424	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_014392	AAAAT	2	10	251243	251252	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014392	CTTTT	2	10	272076	272085	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_014392	GTTTT	2	10	277733	277742	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014392	CATTA	2	10	282506	282515	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_014392	GAAAG	2	10	287111	287120	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014392	TTTTA	2	10	287142	287151	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014392	GAAGA	2	10	288086	288095	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014392	TATAA	2	10	288306	288315	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014392	CAAAA	2	10	308345	308354	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_014392	TAATC	2	10	311805	311814	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_014392	TTGGT	2	10	311924	311933	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014392	TAATT	2	10	313716	313725	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014392	AATTT	2	10	313882	313891	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014392	CAAGA	2	10	314290	314299	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_014392	ATGAT	2	10	315156	315165	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014392	ACCAA	2	10	315363	315372	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_014392	GATTA	2	10	315482	315491	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014392	TTAAT	2	10	317063	317072	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_014392	ATTTT	2	10	319118	319127	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014392	TGGAA	2	10	320743	320752	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014392	TAAAA	2	10	333759	333768	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014392	TTTTA	2	10	338339	338348	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014392	TAATA	2	10	341196	341205	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014392	TAAAA	2	10	354601	354610	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014392	TAAAA	2	10	356745	356754	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014392	AACAA	2	10	360099	360108	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_014392	TAAAA	2	10	360681	360690	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014392	AACAA	2	10	363814	363823	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_014392	AAGAA	2	10	364635	364644	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014392	ATTTT	2	10	366231	366240	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014392	ATATT	2	10	367156	367165	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014392	ATTTT	2	10	372317	372326	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014392	ATAAA	2	10	373197	373206	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014392	TGATA	2	10	373250	373259	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014392	AAAAT	2	10	377763	377772	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014392	ACCAA	2	10	380481	380490	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_014392	GTTTA	2	10	380657	380666	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014392	ACTTT	2	10	381814	381823	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_014392	ATTTT	2	10	382393	382402	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014392	TATAT	2	10	384464	384473	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014392	ACTTT	2	10	387274	387283	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_014392	ATTTT	2	10	387853	387862	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014392	TAAAT	2	10	388057	388066	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014392	AATCT	2	10	388304	388313	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_014392	AAAAG	2	10	388946	388955	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014392	TTATA	2	10	402476	402485	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014392	ATAAA	2	10	415409	415418	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014392	TAATT	2	10	415490	415499	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_014392	TTTAA	2	10	415515	415524	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014392	TATAA	2	10	420286	420295	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014392	TCGTG	2	10	426445	426454	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_014392	TAGGT	2	10	426933	426942	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014392	GGGAG	2	10	427742	427751	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014392	AGGGG	2	10	429108	429117	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014392	CCGAA	2	10	429127	429136	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_014392	AGTTT	2	10	433747	433756	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_014392	ATTAA	2	10	433838	433847	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014392	ATATG	2	10	441049	441058	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014392	AAAAG	2	10	443053	443062	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014392	ATTTT	2	10	446306	446315	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014392	AGTAG	2	10	449039	449048	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014392	AAGGA	2	10	458630	458639	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_014392	ATTTT	2	10	492494	492503	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014392	ATAAA	2	10	492649	492658	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_014392	AACTT	2	10	500856	500865	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_014392	TAAGC	2	10	503462	503471	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_014392	TTGTT	2	10	503483	503492	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014392	GTTTT	2	10	504570	504579	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014392	CAAAA	2	10	509831	509840	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_014392	AAGAG	2	10	509862	509871	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_014392	ATGAT	2	10	513599	513608	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014392	AGTAA	2	10	516818	516827	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014392	TTTAA	2	10	522202	522211	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014392	TTTAC	2	10	530161	530170	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_014392	TTTGA	2	10	531421	531430	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014392	TAATT	2	10	531779	531788	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014392	AATTT	2	10	531944	531953	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014392	CAAGA	2	10	532352	532361	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_014392	ATATC	2	10	533110	533119	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_014392	CTTTT	2	10	533251	533260	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_014392	TATAT	2	10	533839	533848	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_014392	TTTGA	2	10	534947	534956	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014392	AGAAA	2	10	535318	535327	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_014392	AATAT	2	10	552096	552105	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014392	TATAA	2	10	553847	553856	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_014392	AAAAT	2	10	557703	557712	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_014392	ATTTT	2	10	560653	560662	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_014392	AATAT	2	10	560734	560743	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_014392	ATTAT	2	10	565634	565643	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014392	AAGAA	2	10	569530	569539	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_014392	TTAAA	2	10	569575	569584	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_014392	AAACT	2	10	579848	579857	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_014392	AATAT	2	10	580768	580777	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_014392	ACTTT	2	10	582992	583001	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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193	NC_014392	TAAAA	2	10	867210	867219	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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431	NC_014392	GAGTA	2	10	2413688	2413697	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
432	NC_014392	AATTT	2	10	2414887	2414896	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
433	NC_014392	TTTTC	2	10	2419934	2419943	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
434	NC_014392	TGCAA	2	10	2425348	2425357	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
435	NC_014392	AAGGA	2	10	2425435	2425444	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
436	NC_014392	AGGAA	2	10	2432783	2432792	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
437	NC_014392	ATTTT	2	10	2442920	2442929	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
438	NC_014392	TATGT	2	10	2443165	2443174	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
439	NC_014392	TTTTG	2	10	2444696	2444705	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
440	NC_014392	TAAAT	2	10	2445160	2445169	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
441	NC_014392	GGAGT	2	10	2450678	2450687	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
442	NC_014392	ATTAT	2	10	2453239	2453248	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
443	NC_014392	TATTT	2	10	2460491	2460500	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
444	NC_014392	TTTCC	2	10	2462366	2462375	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
445	NC_014392	TCAAA	2	10	2464404	2464413	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
446	NC_014392	ATGCA	2	10	2466760	2466769	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
447	NC_014392	GTGAT	2	10	2471894	2471903	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
448	NC_014392	TTGAT	2	10	2475325	2475334	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
449	NC_014392	TTTTA	2	10	2476915	2476924	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
450	NC_014392	AATTC	3	15	2477211	2477225	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
451	NC_014392	GAAGT	2	10	2480423	2480432	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
452	NC_014392	TGCCA	2	10	2482146	2482155	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
453	NC_014392	AACTT	2	10	2483264	2483273	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
454	NC_014392	TTTTC	2	10	2485903	2485912	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
455	NC_014392	CTATT	2	10	2490867	2490876	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
456	NC_014392	AGGTC	2	10	2494511	2494520	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
457	NC_014392	CTTTA	2	10	2497697	2497706	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
458	NC_014392	ATTTT	2	10	2501082	2501091	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
459	NC_014392	ATTAT	2	10	2507625	2507634	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
460	NC_014392	AATTA	2	10	2516975	2516984	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
461	NC_014392	ATTTT	2	10	2517022	2517031	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
462	NC_014392	TTTTC	2	10	2527910	2527919	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.