MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Riesia pediculicola USDA chromosome

Total Repeats: 163

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014109	TTATT	2	10	308	317	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014109	AAATT	2	10	571	580	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014109	AAAAT	2	10	1915	1924	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014109	TTAAA	2	10	8594	8603	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014109	ATTTT	2	10	15719	15728	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014109	AATTT	2	10	17066	17075	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014109	AAATA	2	10	17328	17337	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014109	CAAAT	2	10	20993	21002	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_014109	AAATG	2	10	22275	22284	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014109	TGATT	2	10	25310	25319	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014109	AAAAT	2	10	27231	27240	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014109	TCTAG	2	10	35494	35503	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_014109	TCGGT	2	10	37577	37586	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_014109	TTCGC	2	10	38135	38144	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_014109	AACTT	2	10	39620	39629	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_014109	TTTGA	2	10	40610	40619	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014109	AAATT	2	10	45089	45098	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014109	AGCTA	2	10	46850	46859	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_014109	AAAAT	2	10	47379	47388	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014109	GAAAT	2	10	53815	53824	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014109	CAATC	2	10	56157	56166	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_014109	TTTTC	2	10	57067	57076	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_014109	GAAAA	2	10	57081	57090	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014109	TTTCG	2	10	57863	57872	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_014109	TTTCT	2	10	58569	58578	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_014109	AAAAG	2	10	59105	59114	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014109	ATAAA	2	10	63987	63996	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014109	TTTTA	2	10	71704	71713	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014109	TCTGT	2	10	71947	71956	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_014109	AATTT	2	10	72717	72726	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014109	TATAT	2	10	73242	73251	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014109	TAATA	2	10	84607	84616	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014109	TAAAA	2	10	84648	84657	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014109	AACTA	2	10	87279	87288	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_014109	ACAAT	2	10	95263	95272	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_014109	AAATT	2	10	95820	95829	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014109	AAAAT	2	10	98711	98720	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014109	ATTTT	2	10	112531	112540	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014109	ATTTT	2	10	120906	120915	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014109	CTGAG	2	10	124204	124213	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_014109	TTTAA	2	10	127377	127386	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014109	ATGAT	2	10	136161	136170	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014109	TCAAT	2	10	140318	140327	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_014109	TCTTT	2	10	151885	151894	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_014109	AAAAT	2	10	153539	153548	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014109	ATGTA	2	10	153845	153854	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014109	AAATA	2	10	165776	165785	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014109	AAACA	2	10	165927	165936	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_014109	TCTTT	2	10	179378	179387	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_014109	TGATT	2	10	180933	180942	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014109	TAATC	2	10	187260	187269	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_014109	TTTGG	2	10	187621	187630	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014109	AATTG	2	10	188024	188033	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014109	TTTGA	2	10	188608	188617	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014109	ATTTT	2	10	190810	190819	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014109	TTTTA	2	10	193633	193642	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014109	GAATA	2	10	194078	194087	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014109	TAATT	2	10	194757	194766	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014109	TCGAA	2	10	202583	202592	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_014109	TTTAA	2	10	204051	204060	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014109	AAGAT	2	10	205530	205539	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014109	TTTAT	2	10	205709	205718	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014109	ATTTT	2	10	207211	207220	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014109	GGAAA	2	10	207311	207320	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014109	GATTA	2	10	207417	207426	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014109	AATAA	2	10	213966	213975	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014109	AAAAT	2	10	217952	217961	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014109	AAATT	2	10	224629	224638	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014109	GATAA	2	10	227911	227920	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014109	ATCTT	2	10	231302	231311	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_014109	AGTAA	2	10	239114	239123	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014109	TTTCA	2	10	240202	240211	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_014109	ATGAG	2	10	241726	241735	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_014109	TTCTT	2	10	247633	247642	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_014109	TAAAG	2	10	253893	253902	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014109	TAAGT	2	10	256244	256253	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014109	GAAAA	2	10	258594	258603	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014109	ATGAT	2	10	266055	266064	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014109	CTATT	2	10	269002	269011	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_014109	TTTAA	2	10	270421	270430	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014109	ATTTA	2	10	270565	270574	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014109	ATTTT	2	10	271256	271265	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014109	AAAAC	2	10	276198	276207	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_014109	GATAA	2	10	277089	277098	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014109	ACTTA	2	10	280131	280140	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_014109	ATTGA	2	10	280515	280524	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014109	AAAGT	2	10	281624	281633	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014109	AATTA	2	10	291090	291099	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014109	TGAAA	2	10	291817	291826	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014109	TTCTT	2	10	294657	294666	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_014109	AAAGA	2	10	295037	295046	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_014109	GTTTT	2	10	299765	299774	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014109	ATTCC	2	10	301203	301212	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_014109	AATTT	2	10	301423	301432	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014109	AATTT	2	10	301442	301451	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014109	GATTT	2	10	308596	308605	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014109	CTAAT	2	10	308673	308682	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_014109	ATGAA	2	10	331673	331682	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014109	TCTAG	2	10	334188	334197	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_014109	TCGGT	2	10	336271	336280	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_014109	TTCGC	2	10	336829	336838	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_014109	AACTT	2	10	338237	338246	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_014109	TCAAT	2	10	339118	339127	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_014109	TAAAA	2	10	342582	342591	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014109	CTTTT	2	10	347203	347212	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_014109	CGATT	2	10	348731	348740	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_014109	TTGAT	2	10	356665	356674	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014109	TAAAA	2	10	362197	362206	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014109	TTTTC	2	10	364496	364505	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_014109	AGTTG	2	10	370169	370178	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014109	ACAAA	2	10	370279	370288	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_014109	AGAAA	2	10	373800	373809	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014109	ATGAT	2	10	381756	381765	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014109	CATCT	2	10	381807	381816	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_014109	ATTTA	2	10	384763	384772	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014109	ATTTT	2	10	385026	385035	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014109	ATTTT	2	10	387193	387202	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_014109	TAATT	2	10	388293	388302	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014109	TTTTC	2	10	389210	389219	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_014109	ATAAA	2	10	407450	407459	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014109	AATTT	2	10	417984	417993	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014109	ATTTA	2	10	436747	436756	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014109	TTTTA	2	10	440114	440123	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014109	AGAAT	2	10	440368	440377	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_014109	GAATT	2	10	442723	442732	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_014109	AATAG	2	10	448533	448542	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014109	AAAAT	2	10	449620	449629	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014109	ATTTT	2	10	453125	453134	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014109	AATTT	2	10	466787	466796	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014109	TTTCT	2	10	470271	470280	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_014109	ATTTA	2	10	470411	470420	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014109	AATTT	2	10	470574	470583	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014109	TTTTC	2	10	474817	474826	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_014109	AAATT	2	10	474999	475008	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014109	TTTGT	2	10	477606	477615	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_014109	AAATT	2	10	477798	477807	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_014109	TTTTA	2	10	479144	479153	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014109	CTTAG	2	10	481324	481333	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_014109	AATTT	2	10	481369	481378	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014109	AAAAC	2	10	481463	481472	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_014109	AAAAT	2	10	487800	487809	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_014109	ATATT	2	10	487927	487936	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_014109	TTATG	2	10	487957	487966	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_014109	TTCTT	2	10	488785	488794	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_014109	AAAAG	2	10	488796	488805	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_014109	AAATT	2	10	489023	489032	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_014109	AAAAT	2	10	504807	504816	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_014109	CATTT	2	10	506735	506744	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_014109	AATTA	2	10	507087	507096	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_014109	TTAAT	2	10	507378	507387	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_014109	AAATT	2	10	513916	513925	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_014109	TATTT	2	10	518908	518917	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_014109	TAAAT	2	10	525118	525127	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_014109	ATTAA	2	10	525199	525208	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_014109	GAAAA	2	10	531350	531359	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
156	NC_014109	ATTTA	2	10	536776	536785	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_014109	ATTTT	2	10	536964	536973	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_014109	TAGAT	2	10	544086	544095	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
159	NC_014109	TTATT	2	10	546092	546101	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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161	NC_014109	AATTT	2	10	551399	551408	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_014109	TAATC	2	10	551517	551526	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
163	NC_014109	TATAA	2	10	551634	551643	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.