MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Clostridium difficile CD196 chromosome

Total Repeats: 24179

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4001	NC_013315	AT	3	6	647365	647370	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4002	NC_013315	A	6	6	647402	647407	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4003	NC_013315	ATT	2	6	648679	648684	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4004	NC_013315	AAG	2	6	648771	648776	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4005	NC_013315	GAA	2	6	648882	648887	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4006	NC_013315	AT	3	6	648902	648907	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4007	NC_013315	GTT	2	6	648918	648923	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4008	NC_013315	T	6	6	648990	648995	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4009	NC_013315	TGGTA	2	10	649034	649043	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
4010	NC_013315	GAAT	2	8	649060	649067	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4011	NC_013315	AT	3	6	649217	649222	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4012	NC_013315	TCT	2	6	649262	649267	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4013	NC_013315	A	7	7	649282	649288	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4014	NC_013315	AG	3	6	649307	649312	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4015	NC_013315	GAA	2	6	649431	649436	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4016	NC_013315	ATT	2	6	649437	649442	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4017	NC_013315	GA	4	8	649497	649504	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4018	NC_013315	GTG	2	6	649507	649512	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4019	NC_013315	T	6	6	649561	649566	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4020	NC_013315	ATG	2	6	649574	649579	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4021	NC_013315	TAA	2	6	649586	649591	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4022	NC_013315	A	6	6	649620	649625	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4023	NC_013315	AG	3	6	649639	649644	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4024	NC_013315	GAAAAT	2	12	649659	649670	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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4026	NC_013315	AAT	2	6	649703	649708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4027	NC_013315	TA	3	6	649711	649716	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4028	NC_013315	A	6	6	649805	649810	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4029	NC_013315	AGA	2	6	649816	649821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4030	NC_013315	TAAT	2	8	649850	649857	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4031	NC_013315	AT	3	6	649856	649861	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4032	NC_013315	GAA	2	6	649881	649886	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4033	NC_013315	ATTT	2	8	649891	649898	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
4034	NC_013315	AAT	2	6	649908	649913	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4035	NC_013315	GTT	2	6	649980	649985	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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4041	NC_013315	TA	3	6	650141	650146	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4042	NC_013315	ATAA	2	8	651219	651226	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4043	NC_013315	TAA	2	6	651230	651235	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4044	NC_013315	ATT	2	6	651285	651290	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4045	NC_013315	TAC	2	6	651337	651342	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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4050	NC_013315	AGG	2	6	651534	651539	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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4052	NC_013315	TAT	2	6	652151	652156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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4059	NC_013315	A	6	6	652259	652264	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4060	NC_013315	TCA	2	6	652272	652277	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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4063	NC_013315	TAAA	2	8	652319	652326	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4064	NC_013315	AT	3	6	652360	652365	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4065	NC_013315	TTA	2	6	652387	652392	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4066	NC_013315	TAT	2	6	652425	652430	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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4069	NC_013315	AAAATT	2	12	653850	653861	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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4073	NC_013315	A	6	6	654007	654012	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4074	NC_013315	A	6	6	654052	654057	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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4082	NC_013315	TA	3	6	654980	654985	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4083	NC_013315	AT	3	6	654986	654991	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4084	NC_013315	AT	3	6	655004	655009	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4085	NC_013315	AAAAT	2	10	655040	655049	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4086	NC_013315	T	6	6	655049	655054	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4087	NC_013315	CTATT	2	10	655079	655088	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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4089	NC_013315	A	6	6	655123	655128	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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4091	NC_013315	TTA	2	6	655143	655148	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4092	NC_013315	TAT	3	9	655166	655174	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4093	NC_013315	AAT	2	6	655260	655265	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4094	NC_013315	AAT	2	6	655311	655316	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4095	NC_013315	AAT	2	6	655362	655367	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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4100	NC_013315	TTA	2	6	655500	655505	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4101	NC_013315	TTA	2	6	655521	655526	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4102	NC_013315	AAC	2	6	655539	655544	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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4104	NC_013315	T	7	7	658498	658504	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4105	NC_013315	AT	3	6	658518	658523	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4106	NC_013315	TTA	3	9	658544	658552	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4107	NC_013315	ATTAT	2	10	658564	658573	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4108	NC_013315	GGA	2	6	658575	658580	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4109	NC_013315	TTG	2	6	658607	658612	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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4111	NC_013315	A	6	6	658654	658659	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4112	NC_013315	TA	3	6	658662	658667	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4113	NC_013315	GTAAAA	2	12	658668	658679	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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4115	NC_013315	A	7	7	658708	658714	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4116	NC_013315	AAT	2	6	658722	658727	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4117	NC_013315	TAG	2	6	658731	658736	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4118	NC_013315	A	7	7	658747	658753	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4119	NC_013315	ATT	2	6	658772	658777	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4120	NC_013315	AAT	2	6	658795	658800	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4121	NC_013315	TTA	2	6	658818	658823	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4122	NC_013315	AT	3	6	658843	658848	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4123	NC_013315	AAAT	2	8	658860	658867	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4124	NC_013315	TAA	2	6	658894	658899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4125	NC_013315	TAT	2	6	658913	658918	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4126	NC_013315	GATA	2	8	658931	658938	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4127	NC_013315	TGAT	2	8	658978	658985	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4128	NC_013315	TAT	2	6	659014	659019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4129	NC_013315	ATA	2	6	659035	659040	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4130	NC_013315	TGT	2	6	659044	659049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4131	NC_013315	AAT	2	6	659050	659055	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4132	NC_013315	GTA	2	6	659064	659069	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4133	NC_013315	TAA	2	6	659070	659075	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4134	NC_013315	TAA	2	6	659083	659088	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4135	NC_013315	TAA	3	9	659119	659127	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4136	NC_013315	GTA	2	6	659134	659139	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4137	NC_013315	TAA	2	6	659140	659145	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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4139	NC_013315	TAATA	2	10	659170	659179	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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