MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Clostridium difficile CD196 chromosome

Total Repeats: 24179

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1001	NC_013315	TGT	2	6	148830	148835	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1002	NC_013315	CCA	2	6	148881	148886	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1003	NC_013315	CGG	2	6	149046	149051	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1004	NC_013315	CAA	2	6	149140	149145	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1005	NC_013315	TAC	2	6	149246	149251	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1006	NC_013315	ACC	2	6	149317	149322	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1007	NC_013315	GTA	2	6	149326	149331	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1008	NC_013315	TC	3	6	149437	149442	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1009	NC_013315	CGTA	2	8	149458	149465	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1010	NC_013315	AG	3	6	149481	149486	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1011	NC_013315	GGT	2	6	149541	149546	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1012	NC_013315	TCA	2	6	149656	149661	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1013	NC_013315	GTA	2	6	149674	149679	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1014	NC_013315	CGT	2	6	149736	149741	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1015	NC_013315	AAGAT	2	10	149920	149929	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
1016	NC_013315	GCA	2	6	149991	149996	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1017	NC_013315	ATTT	2	8	150042	150049	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1018	NC_013315	AT	3	6	150067	150072	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1019	NC_013315	TTA	2	6	150129	150134	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1020	NC_013315	AG	3	6	150183	150188	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1021	NC_013315	CT	3	6	150225	150230	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1022	NC_013315	TGG	2	6	150246	150251	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1023	NC_013315	A	6	6	150366	150371	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1024	NC_013315	TCG	2	6	150496	150501	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1025	NC_013315	CGG	2	6	150593	150598	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1026	NC_013315	CAATT	2	10	150629	150638	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
1027	NC_013315	CCA	2	6	150794	150799	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1028	NC_013315	ATA	2	6	150966	150971	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1029	NC_013315	GT	3	6	151018	151023	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1030	NC_013315	TTTA	2	8	151132	151139	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1031	NC_013315	TA	3	6	151287	151292	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1032	NC_013315	TA	3	6	151319	151324	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1033	NC_013315	ATT	2	6	151342	151347	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1034	NC_013315	A	6	6	151402	151407	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1035	NC_013315	ATT	2	6	151465	151470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1036	NC_013315	AT	3	6	151485	151490	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1037	NC_013315	TAT	2	6	151507	151512	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1038	NC_013315	ATA	2	6	151544	151549	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1039	NC_013315	ATCTA	2	10	151591	151600	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
1040	NC_013315	TTA	2	6	151614	151619	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1041	NC_013315	AAT	2	6	151646	151651	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1042	NC_013315	TGA	2	6	151654	151659	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1043	NC_013315	TAA	2	6	151694	151699	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1044	NC_013315	TAA	2	6	151717	151722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1045	NC_013315	AT	4	8	151726	151733	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1046	NC_013315	AT	3	6	151743	151748	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1047	NC_013315	TAA	2	6	151843	151848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1048	NC_013315	TATT	2	8	151857	151864	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1049	NC_013315	ATT	2	6	151892	151897	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1050	NC_013315	ATT	2	6	151924	151929	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1051	NC_013315	TA	3	6	151966	151971	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1052	NC_013315	AAG	2	6	151996	152001	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1053	NC_013315	AGG	2	6	152011	152016	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1054	NC_013315	A	6	6	152875	152880	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1055	NC_013315	AAAATA	2	12	152888	152899	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1056	NC_013315	AT	3	6	154196	154201	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1057	NC_013315	A	6	6	154203	154208	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1058	NC_013315	TAAA	2	8	154225	154232	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
1059	NC_013315	TAATT	2	10	154287	154296	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
1060	NC_013315	A	6	6	154319	154324	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1061	NC_013315	AAGAAT	2	12	156356	156367	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
1062	NC_013315	AT	3	6	157028	157033	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1063	NC_013315	AGG	2	6	157044	157049	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1064	NC_013315	A	8	8	159709	159716	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1065	NC_013315	ATT	2	6	159726	159731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1066	NC_013315	T	6	6	159741	159746	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1067	NC_013315	ATT	2	6	161279	161284	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1068	NC_013315	CGG	2	6	161332	161337	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1069	NC_013315	GT	3	6	161348	161353	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1070	NC_013315	CTT	2	6	161368	161373	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1071	NC_013315	ATA	2	6	161377	161382	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1072	NC_013315	AT	3	6	161441	161446	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1073	NC_013315	ATA	2	6	161449	161454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1074	NC_013315	AGG	2	6	161460	161465	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1075	NC_013315	ATA	2	6	163330	163335	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1076	NC_013315	A	7	7	163343	163349	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1077	NC_013315	T	6	6	163382	163387	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1078	NC_013315	TTTGT	2	10	163402	163411	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
1079	NC_013315	TAA	2	6	163420	163425	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1080	NC_013315	ATC	2	6	163450	163455	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1081	NC_013315	AT	3	6	163469	163474	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1082	NC_013315	TAA	2	6	163533	163538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1083	NC_013315	A	7	7	163561	163567	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1084	NC_013315	GATAA	2	10	163615	163624	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
1085	NC_013315	AGT	2	6	163629	163634	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1086	NC_013315	AAT	2	6	163717	163722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1087	NC_013315	T	7	7	163735	163741	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1088	NC_013315	GTT	2	6	165077	165082	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1089	NC_013315	TTA	2	6	165104	165109	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1090	NC_013315	GT	3	6	165116	165121	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1091	NC_013315	A	6	6	165179	165184	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1092	NC_013315	TAT	2	6	165186	165191	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1093	NC_013315	AGA	2	6	165309	165314	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1094	NC_013315	AT	3	6	165317	165322	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1095	NC_013315	ATT	2	6	165415	165420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1096	NC_013315	TC	3	6	165468	165473	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1097	NC_013315	TAA	2	6	165484	165489	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1098	NC_013315	TAT	2	6	165493	165498	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1099	NC_013315	T	6	6	165523	165528	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1100	NC_013315	AGA	2	6	167556	167561	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1101	NC_013315	GTT	2	6	167580	167585	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1102	NC_013315	AGG	2	6	167617	167622	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1103	NC_013315	AAT	2	6	168723	168728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1104	NC_013315	AT	3	6	168741	168746	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1105	NC_013315	T	6	6	169470	169475	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1106	NC_013315	AT	4	8	169487	169494	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1107	NC_013315	TAT	2	6	169504	169509	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1108	NC_013315	G	6	6	169514	169519	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1109	NC_013315	T	7	7	169800	169806	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1110	NC_013315	AATTA	2	10	169811	169820	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
1111	NC_013315	AT	3	6	169830	169835	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1112	NC_013315	ATA	3	9	169857	169865	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1113	NC_013315	ATTT	2	8	169876	169883	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1114	NC_013315	TAT	2	6	169918	169923	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1115	NC_013315	TATAA	2	10	169943	169952	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
1116	NC_013315	TAAA	2	8	169963	169970	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
1117	NC_013315	TA	3	6	171521	171526	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1118	NC_013315	A	7	7	172083	172089	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1119	NC_013315	AGAT	2	8	172132	172139	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
1120	NC_013315	A	7	7	172161	172167	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1121	NC_013315	A	6	6	172175	172180	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1122	NC_013315	A	7	7	172208	172214	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1123	NC_013315	AGTAA	2	10	172224	172233	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
1124	NC_013315	AG	3	6	172264	172269	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1125	NC_013315	ACC	2	6	172300	172305	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1126	NC_013315	ATT	2	6	172382	172387	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1127	NC_013315	CTT	2	6	172393	172398	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1128	NC_013315	T	7	7	172411	172417	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1129	NC_013315	TAA	2	6	172460	172465	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1130	NC_013315	AATA	2	8	172474	172481	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
1131	NC_013315	T	7	7	173740	173746	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
1132	NC_013315	TAA	2	6	173766	173771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1133	NC_013315	ATC	2	6	173782	173787	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1134	NC_013315	TA	3	6	173828	173833	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1135	NC_013315	CTA	2	6	173839	173844	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1136	NC_013315	AT	3	6	173864	173869	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1137	NC_013315	AAT	2	6	173906	173911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1139	NC_013315	AAT	2	6	173934	173939	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1421	NC_013315	TGTA	2	8	221100	221107	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
1422	NC_013315	A	7	7	221148	221154	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1428	NC_013315	TTA	2	6	221302	221307	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1454	NC_013315	TATT	2	8	227415	227422	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1455	NC_013315	AAG	2	6	227426	227431	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1456	NC_013315	AAAAT	2	10	227441	227450	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1461	NC_013315	AT	5	10	228633	228642	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1463	NC_013315	TAA	2	6	228730	228735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1482	NC_013315	TAA	2	6	233914	233919	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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1485	NC_013315	ATA	2	6	236187	236192	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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