MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Cyanothece sp. PCC 8802 chromosome

Total Repeats: 229

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013161	TTCTAT	2	12	42891	42902	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_013161	GTTTAA	2	12	81987	81998	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013161	ATCTTA	2	12	91558	91569	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_013161	TAAATC	2	12	103657	103668	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_013161	GATTCT	2	12	122889	122900	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_013161	GATCGC	2	12	140805	140816	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_013161	GAATAG	2	12	170377	170388	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013161	GTGAGG	2	12	233083	233094	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013161	TATCCC	2	12	260457	260468	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_013161	CTATAT	2	12	268743	268754	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_013161	TATGGA	2	12	304394	304405	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013161	CAGCGA	2	12	314875	314886	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_013161	TACAGC	2	12	334854	334865	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_013161	CTCCCC	2	12	351318	351329	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
15	NC_013161	TTAGAG	2	12	361012	361023	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013161	TCCTAT	2	12	366176	366187	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_013161	GGGGAG	2	12	396464	396475	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013161	ACTTAG	2	12	398463	398474	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_013161	ATCTAT	2	12	446927	446938	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_013161	ATTAAA	2	12	493835	493846	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013161	TCTTTG	2	12	512972	512983	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_013161	CTTCCC	2	12	550933	550944	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_013161	AACCCC	2	12	579267	579278	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_013161	AAAGGA	2	12	605928	605939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013161	TAAAAT	2	12	657061	657072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013161	GTTAAA	2	12	696306	696317	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013161	AGATAA	2	12	710470	710481	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013161	TTAAAA	2	12	723975	723986	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013161	TTTGAC	2	12	769328	769339	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_013161	AGGGTG	2	12	784730	784741	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013161	ATGATA	2	12	810159	810170	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013161	TCTTTG	2	12	814811	814822	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_013161	TTGATT	2	12	875878	875889	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013161	TATTAA	2	12	875892	875903	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013161	CAATAA	2	12	877020	877031	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_013161	ATTCTT	2	12	901350	901361	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_013161	TCGATT	2	12	921045	921056	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_013161	TTAGGG	2	12	961632	961643	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013161	CAATGG	2	12	1007359	1007370	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_013161	ATCAAA	2	12	1038127	1038138	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_013161	TTGATG	2	12	1047241	1047252	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013161	GGGGGA	2	12	1055961	1055972	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013161	GTAACT	2	12	1079341	1079352	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_013161	CTTAAT	2	12	1114132	1114143	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_013161	AGGGAG	2	12	1196861	1196872	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013161	CCCTTG	2	12	1197265	1197276	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
47	NC_013161	ATTACT	2	12	1214180	1214191	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_013161	CATCTT	2	12	1216418	1216429	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_013161	TTAATA	2	12	1226791	1226802	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013161	AGCTAA	2	12	1232873	1232884	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_013161	ATTAAT	2	12	1233422	1233433	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013161	TCAATA	2	12	1269298	1269309	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_013161	GCTTGA	2	12	1276366	1276377	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_013161	TGAGTG	2	12	1280765	1280776	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013161	TATTCA	2	12	1289047	1289058	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_013161	GCAGAT	2	12	1291248	1291259	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_013161	GAACAG	2	12	1292403	1292414	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_013161	CAATTT	2	12	1299683	1299694	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_013161	CTCTCC	2	12	1299838	1299849	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_013161	ATGGGG	2	12	1334895	1334906	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013161	TGTTCG	2	12	1371900	1371911	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_013161	CTTTTT	2	12	1387995	1388006	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_013161	AGAGGG	2	12	1445058	1445069	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013161	GATTAA	2	12	1464971	1464982	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013161	GGGGAG	2	12	1484326	1484337	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013161	AGAGGG	2	12	1492603	1492614	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013161	ATCATT	2	12	1509135	1509146	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_013161	ACCCAA	3	18	1549472	1549489	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_013161	GTTACA	2	12	1592060	1592071	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_013161	TTTTGA	2	12	1598639	1598650	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013161	ATCAAT	2	12	1598695	1598706	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_013161	TTGGTA	2	12	1641085	1641096	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013161	TAATGT	2	12	1641140	1641151	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013161	CAATAA	2	12	1679392	1679403	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_013161	ATGATA	2	12	1686066	1686077	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013161	AGGGGT	2	12	1709737	1709748	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013161	ATACTT	2	12	1719600	1719611	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_013161	TTTTTG	2	12	1730118	1730129	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013161	CCTTGC	2	12	1747341	1747352	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
80	NC_013161	TTAATC	2	12	1750910	1750921	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_013161	ATAATT	2	12	1793920	1793931	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013161	GTCAGG	2	12	1839911	1839922	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_013161	CCCCCT	2	12	1848095	1848106	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
84	NC_013161	TCCCCC	2	12	1849864	1849875	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
85	NC_013161	TTTTAC	2	12	1855851	1855862	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_013161	TTAACC	2	12	1864408	1864419	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_013161	TCCCCC	2	12	1865853	1865864	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
88	NC_013161	GACTTT	2	12	1875119	1875130	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_013161	TTTTAA	2	12	1917927	1917938	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013161	TCACCA	2	12	1929691	1929702	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_013161	CATTTT	2	12	1931098	1931109	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_013161	AAAACC	2	12	1932274	1932285	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_013161	AAATAG	2	12	1932608	1932619	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013161	TAACCA	2	12	1932948	1932959	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_013161	AATACT	2	12	1933991	1934002	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_013161	CTCGAT	2	12	1954953	1954964	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_013161	TATAAA	2	12	1975554	1975565	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013161	AATACG	2	12	2017860	2017871	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_013161	TCATTT	2	12	2031658	2031669	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_013161	TTATCT	2	12	2044563	2044574	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_013161	TAGCTT	2	12	2063907	2063918	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_013161	GATCGC	2	12	2117685	2117696	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_013161	AGGCTT	2	12	2122139	2122150	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_013161	GTAGCT	2	12	2122154	2122165	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_013161	AGATTT	2	12	2127525	2127536	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013161	ATTAAG	2	12	2181670	2181681	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013161	ATGTTG	2	12	2194661	2194672	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013161	CGGTTA	2	12	2210023	2210034	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_013161	ACTCCC	2	12	2262541	2262552	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_013161	AATTAA	2	12	2276469	2276480	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013161	GGAATG	2	12	2309837	2309848	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013161	GTTGTC	2	12	2335388	2335399	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_013161	TTATTT	2	12	2355176	2355187	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013161	TAGGAA	2	12	2359287	2359298	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013161	AGGGTA	2	12	2360631	2360642	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013161	GCGATC	2	12	2360810	2360821	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_013161	GATTTA	2	12	2377663	2377674	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013161	CAATGA	2	12	2398778	2398789	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_013161	AGATAT	2	12	2430530	2430541	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013161	CTCCCT	2	12	2440839	2440850	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_013161	CAAACT	2	12	2469039	2469050	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_013161	TTTAGG	2	12	2486173	2486184	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013161	AGTTGT	2	12	2489409	2489420	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013161	TCTGCT	3	18	2492601	2492618	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_013161	ATAGAA	2	12	2515312	2515323	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013161	AACTTC	2	12	2529801	2529812	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_013161	TCCCCC	2	12	2535325	2535336	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
128	NC_013161	TAAGAT	2	12	2543246	2543257	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013161	ATAATT	2	12	2543341	2543352	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013161	CTTAAC	2	12	2552901	2552912	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_013161	TGAAAA	2	12	2561543	2561554	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013161	CCCCAA	2	12	2565213	2565224	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_013161	TCATGA	2	12	2567747	2567758	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_013161	AAATAA	2	12	2593996	2594007	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013161	GGGGGA	2	12	2617436	2617447	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
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139	NC_013161	ATCTAA	2	12	2678930	2678941	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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157	NC_013161	CTATTC	2	12	3102383	3102394	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_013161	TGATAA	2	12	3178634	3178645	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_013161	TCCCCC	2	12	3188949	3188960	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
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167	NC_013161	GAGTGG	2	12	3245296	3245307	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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226	NC_013161	CCTTCC	2	12	4489905	4489916	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
227	NC_013161	CCTTGA	2	12	4511311	4511322	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
228	NC_013161	TAAAAA	2	12	4558981	4558992	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
229	NC_013161	ATATGG	2	12	4613041	4613052	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.