MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Hodgkinia cicadicola Dsem chromosome

Total Repeats: 144

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012960	AAG	2	6	6896	6901	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012960	GCT	2	6	6922	6927	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_012960	GCA	2	6	6951	6956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_012960	CCT	2	6	10851	10856	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_012960	CTC	2	6	10892	10897	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_012960	TCC	2	6	10900	10905	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_012960	TCC	2	6	10910	10915	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_012960	TCC	2	6	10920	10925	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_012960	TCC	2	6	10929	10934	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_012960	TCC	2	6	10938	10943	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_012960	TTC	3	9	11061	11069	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_012960	CCT	2	6	11102	11107	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13	NC_012960	TGT	2	6	11126	11131	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012960	GCT	2	6	11147	11152	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_012960	TGC	2	6	11409	11414	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_012960	CGG	2	6	11502	11507	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_012960	AGA	2	6	13243	13248	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012960	CAG	2	6	13275	13280	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_012960	CTG	2	6	13343	13348	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_012960	TTG	2	6	13397	13402	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012960	CGT	3	9	13413	13421	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_012960	TCA	2	6	13449	13454	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_012960	GTT	2	6	13529	13534	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012960	CGC	2	6	13655	13660	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_012960	GCT	2	6	13685	13690	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_012960	GCC	2	6	13748	13753	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_012960	TGG	2	6	13781	13786	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012960	ACG	2	6	13957	13962	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_012960	GCT	2	6	14089	14094	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_012960	TGC	2	6	26393	26398	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_012960	TGC	2	6	26408	26413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_012960	GCC	2	6	26437	26442	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_012960	TCA	2	6	29134	29139	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_012960	TGA	2	6	29140	29145	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012960	ACG	3	9	29151	29159	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_012960	GGC	2	6	29183	29188	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_012960	TTA	2	6	31653	31658	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012960	TGG	2	6	35370	35375	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012960	TGG	2	6	35386	35391	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012960	GCT	2	6	35413	35418	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_012960	TGC	2	6	35806	35811	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_012960	GCT	2	6	36763	36768	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_012960	GCT	2	6	39233	39238	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_012960	CAG	2	6	41564	41569	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_012960	CGT	2	6	41577	41582	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_012960	TTC	2	6	41589	41594	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_012960	TGC	2	6	41991	41996	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_012960	TCC	2	6	42017	42022	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_012960	TTC	2	6	42038	42043	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_012960	GCT	2	6	42046	42051	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_012960	CTT	2	6	43025	43030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_012960	CTC	8	24	43031	43054	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_012960	TTC	9	27	43059	43085	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_012960	CTC	2	6	43086	43091	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_012960	TGT	2	6	46477	46482	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012960	GCG	2	6	47906	47911	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_012960	CAT	2	6	71737	71742	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_012960	GCG	2	6	71770	71775	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_012960	TGC	3	9	72514	72522	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_012960	TGC	2	6	72564	72569	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_012960	AGC	2	6	72626	72631	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_012960	CTG	2	6	78980	78985	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_012960	GTG	2	6	79548	79553	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012960	AAC	2	6	81044	81049	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_012960	GCC	2	6	81266	81271	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_012960	ACC	2	6	85389	85394	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_012960	CAG	2	6	85698	85703	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_012960	AAG	2	6	88635	88640	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012960	GCT	2	6	88646	88651	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_012960	GCT	2	6	88654	88659	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_012960	TAC	2	6	90904	90909	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_012960	AGC	2	6	90924	90929	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_012960	TGT	2	6	92726	92731	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012960	TGC	2	6	92795	92800	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_012960	TGC	2	6	93106	93111	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_012960	GGC	2	6	93386	93391	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_012960	CCA	2	6	93425	93430	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_012960	GTG	2	6	93431	93436	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012960	GCG	2	6	93444	93449	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_012960	TGG	2	6	93583	93588	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012960	CGA	2	6	93607	93612	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_012960	GGA	2	6	93628	93633	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012960	GCA	2	6	93681	93686	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_012960	TAA	2	6	93750	93755	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012960	CAG	2	6	93829	93834	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_012960	GTT	2	6	93860	93865	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012960	GGC	2	6	93894	93899	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_012960	ACC	2	6	94024	94029	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_012960	GGC	2	6	94039	94044	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_012960	GCT	2	6	94146	94151	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_012960	TGC	2	6	94401	94406	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_012960	GTC	2	6	94413	94418	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_012960	TGG	2	6	94591	94596	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012960	TTG	2	6	95055	95060	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012960	ACG	2	6	95170	95175	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_012960	TGG	2	6	95206	95211	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012960	TAG	2	6	95409	95414	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012960	ACC	2	6	95575	95580	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_012960	GAC	2	6	95717	95722	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_012960	CAA	2	6	96142	96147	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_012960	CTG	2	6	96481	96486	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_012960	GCT	2	6	96595	96600	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_012960	GCG	2	6	96602	96607	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_012960	GCG	2	6	96633	96638	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_012960	TGG	2	6	96691	96696	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012960	TAG	2	6	96699	96704	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012960	CGG	2	6	96950	96955	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_012960	GGT	2	6	97168	97173	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012960	ACC	2	6	97221	97226	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_012960	TGG	2	6	97283	97288	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012960	GGT	2	6	97446	97451	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012960	TAA	2	6	97507	97512	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012960	GTT	2	6	97537	97542	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012960	TGT	2	6	97743	97748	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012960	CTG	2	6	97792	97797	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_012960	GTT	2	6	97970	97975	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012960	GCT	2	6	98076	98081	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_012960	CTC	2	6	98268	98273	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_012960	CAT	2	6	98287	98292	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_012960	TCG	2	6	98294	98299	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_012960	CCA	2	6	98363	98368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_012960	CAC	2	6	98426	98431	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_012960	TCG	3	9	98780	98788	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_012960	TCT	2	6	98789	98794	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_012960	GTC	2	6	101896	101901	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_012960	TGT	2	6	105256	105261	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012960	CTT	2	6	115708	115713	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_012960	TCT	2	6	115731	115736	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_012960	GTC	2	6	115942	115947	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_012960	CGC	2	6	116010	116015	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_012960	CAC	2	6	116096	116101	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_012960	GCT	2	6	118667	118672	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_012960	TTC	2	6	118705	118710	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_012960	CGC	2	6	121482	121487	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_012960	CGC	2	6	123429	123434	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
136	NC_012960	CTG	2	6	123462	123467	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_012960	TCA	2	6	123477	123482	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_012960	CGC	2	6	123521	123526	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
139	NC_012960	GCC	3	9	123564	123572	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_012960	GGC	2	6	128460	128465	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_012960	CGT	2	6	139913	139918	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_012960	TTG	2	6	139937	139942	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_012960	GCC	2	6	142974	142979	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
144	NC_012960	GCA	2	6	143733	143738	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.