MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis B/TZ1A828/OT chromosome

Total Repeats: 42

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012687	CAAAAA	2	12	6840	6851	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_012687	AAAAAT	2	12	61430	61441	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012687	ATCTAG	2	12	77152	77163	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_012687	TTTTAG	2	12	116416	116427	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012687	TAAAAA	2	12	121013	121024	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012687	TTGGTA	2	12	121061	121072	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012687	AGGATC	2	12	121440	121451	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_012687	AGAAAA	2	12	183208	183219	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012687	AGCAAC	2	12	195363	195374	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_012687	TATGAA	2	12	196954	196965	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012687	TTTTAC	2	12	222964	222975	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_012687	AACCCT	2	12	256678	256689	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_012687	TTTTTA	2	12	257474	257485	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012687	AGGAGA	2	12	272573	272584	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012687	ATATTA	2	12	281471	281482	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012687	AAAAAG	2	12	325621	325632	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012687	AGAATA	2	12	363095	363106	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012687	TTTTAA	2	12	411253	411264	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012687	CGGAAT	2	12	428815	428826	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_012687	TAACTA	2	12	504820	504831	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_012687	AAGAAA	2	12	504833	504844	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012687	AGAATA	2	12	510808	510819	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012687	AACTAA	2	12	516545	516556	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_012687	TCCCTC	2	12	550861	550872	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_012687	AAAAAT	2	12	568834	568845	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012687	TAGGGG	2	12	607996	608007	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012687	TCTTTT	2	12	619990	620001	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_012687	TTATTT	2	12	651201	651212	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012687	TCTGCA	2	12	747663	747674	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_012687	TATTTT	2	12	757141	757152	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012687	GAGAAA	2	12	804595	804606	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012687	TTTTCT	2	12	807053	807064	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_012687	ATTTTT	2	12	810832	810843	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012687	TTTTTA	2	12	837270	837281	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012687	TAAGGA	2	12	858232	858243	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012687	CCGGAG	2	12	859150	859161	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_012687	CCTCTA	2	12	872296	872307	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_012687	TAAGGA	2	12	880279	880290	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012687	CCGGAG	2	12	881197	881208	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_012687	AAACAA	2	12	925314	925325	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_012687	ATTTTT	2	12	1040684	1040695	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012687	TAAAAT	2	12	1044239	1044250	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.