MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Coxiella burnetii CbuK_Q154 chromosome

Total Repeats: 157

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011528	CCTGTA	2	12	78165	78176	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_011528	AATTTG	2	12	80784	80795	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011528	GAAGAG	2	12	81435	81446	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011528	TTTTGG	2	12	95782	95793	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011528	TACTCG	2	12	112267	112278	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_011528	AAAATT	2	12	151805	151816	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011528	AGACAT	2	12	161659	161670	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_011528	ATTTTT	2	12	161773	161784	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011528	ACCATT	3	18	161815	161832	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_011528	GCTTGC	2	12	177605	177616	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_011528	ACGCCT	2	12	181873	181884	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
12	NC_011528	AAGCCA	2	12	182623	182634	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_011528	GCGCTT	2	12	191533	191544	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_011528	GGTCTC	2	12	227213	227224	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_011528	GATCGA	2	12	245011	245022	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_011528	CATTTC	2	12	246823	246834	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_011528	TAAAAT	2	12	260921	260932	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011528	GATGGT	2	12	261458	261469	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011528	ATCAAA	2	12	262202	262213	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_011528	TTTTCT	2	12	294168	294179	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_011528	TGAAAA	2	12	297830	297841	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011528	ATTAAA	2	12	297861	297872	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011528	TCAGAA	2	12	299861	299872	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_011528	TAAAAT	2	12	305452	305463	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011528	TTGATA	2	12	305808	305819	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011528	TTTTGC	2	12	313572	313583	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_011528	GTTTCT	2	12	315337	315348	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_011528	TGAAAT	2	12	342754	342765	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011528	TAAATT	2	12	344426	344437	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011528	TAAAAA	2	12	346912	346923	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011528	TCCTGA	2	12	347660	347671	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_011528	TAAGGA	2	12	377248	377259	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011528	TTGAAT	2	12	377494	377505	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011528	GGAAGG	2	12	417238	417249	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011528	GAAAGC	2	12	454368	454379	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_011528	ATTTTG	2	12	457930	457941	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011528	CGGGGC	2	12	460344	460355	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_011528	AACTGA	2	12	475259	475270	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_011528	CCGATA	2	12	477471	477482	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_011528	AAAATG	2	12	505493	505504	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011528	AACATC	2	12	506031	506042	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_011528	AAATTG	2	12	506099	506110	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011528	ATTGAT	2	12	507681	507692	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011528	TTTCCT	2	12	508257	508268	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_011528	GCCGTA	2	12	569398	569409	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_011528	GCTTTT	2	12	570562	570573	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_011528	TTGCTT	2	12	572034	572045	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_011528	TTGCCT	2	12	572374	572385	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_011528	ATTAAA	2	12	578594	578605	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011528	TTGGGA	2	12	622454	622465	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011528	ATGCTT	2	12	630864	630875	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_011528	AGTTTG	2	12	709751	709762	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011528	ATTTTT	2	12	725240	725251	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011528	AAAAAT	2	12	743501	743512	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011528	TTCTTT	2	12	749280	749291	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_011528	TTCATT	2	12	749719	749730	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_011528	TGTAAT	2	12	756886	756897	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011528	GAATGA	2	12	766429	766440	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011528	ATAGAA	2	12	766736	766747	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011528	ATCTTT	2	12	774465	774476	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_011528	CTTACT	2	12	779558	779569	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_011528	TAATAT	2	12	801112	801123	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011528	AATCAT	2	12	818594	818605	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_011528	CCTTAT	2	12	828041	828052	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_011528	TGAAAT	2	12	828902	828913	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011528	ATTGTT	2	12	833900	833911	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011528	GTTATC	2	12	834813	834824	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_011528	ATTGTT	2	12	838699	838710	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011528	TTTAAT	2	12	840370	840381	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011528	GTTTGA	2	12	892116	892127	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011528	AATGAA	2	12	921492	921503	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011528	CCCAAA	2	12	922623	922634	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_011528	TCATAT	2	12	923523	923534	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_011528	TTATAT	2	12	925291	925302	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011528	CATTTT	2	12	925334	925345	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_011528	CACAGC	2	12	926014	926025	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
77	NC_011528	ACCATC	2	12	942075	942086	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_011528	TTCCTG	2	12	944682	944693	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_011528	AACACC	2	12	945076	945087	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_011528	CGTGAA	2	12	945237	945248	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_011528	CCCGGT	2	12	971018	971029	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
82	NC_011528	AGCAAA	2	12	993862	993873	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_011528	GTTATA	2	12	1023988	1023999	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011528	AATTTG	2	12	1028152	1028163	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011528	ACGCGA	2	12	1054769	1054780	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_011528	AAGTGT	2	12	1107874	1107885	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011528	AGCGTA	2	12	1108799	1108810	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_011528	CCAATC	2	12	1116177	1116188	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_011528	TAGAAG	2	12	1121916	1121927	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011528	TTCAGT	2	12	1145294	1145305	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_011528	TGAATA	2	12	1148732	1148743	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011528	AATTCT	2	12	1155678	1155689	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_011528	ATAGAA	2	12	1187524	1187535	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011528	TTATCT	2	12	1254754	1254765	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_011528	CTTTTT	2	12	1254995	1255006	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_011528	GCCCAT	2	12	1255196	1255207	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
97	NC_011528	CTGGCG	2	12	1268691	1268702	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_011528	ACCGGA	2	12	1289413	1289424	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_011528	CCCCAA	2	12	1305200	1305211	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_011528	CGGAAT	2	12	1330644	1330655	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_011528	CATTTT	2	12	1350526	1350537	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_011528	TTTTTC	2	12	1370718	1370729	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_011528	ATCCCA	2	12	1377743	1377754	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_011528	ACGTAA	2	12	1378287	1378298	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_011528	CGGTTT	2	12	1396262	1396273	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_011528	GTTTTA	2	12	1397663	1397674	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_011528	GGTTAA	2	12	1432863	1432874	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011528	AGAGTC	2	12	1448127	1448138	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_011528	TCATTT	2	12	1448536	1448547	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_011528	AAAATC	2	12	1448952	1448963	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_011528	TCGTTA	2	12	1449544	1449555	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_011528	ATGGAA	2	12	1480504	1480515	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011528	CAAGGA	2	12	1543080	1543091	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_011528	GTTGGG	2	12	1586108	1586119	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011528	TCATCG	2	12	1586722	1586733	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_011528	TGGCTG	2	12	1594283	1594294	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_011528	ATCAAA	2	12	1596448	1596459	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_011528	TTAATT	2	12	1596470	1596481	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011528	TTATAT	2	12	1596563	1596574	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011528	GCTTTT	2	12	1600732	1600743	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_011528	CTATTT	2	12	1602214	1602225	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_011528	ATCCTG	2	12	1604746	1604757	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_011528	TTGCAA	2	12	1624428	1624439	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_011528	CTTTCA	2	12	1625361	1625372	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_011528	ACGAGA	2	12	1627286	1627297	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_011528	CTTGCC	2	12	1628844	1628855	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
127	NC_011528	AAAGAA	2	12	1629070	1629081	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.