MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chloroherpeton thalassium ATCC 35110 chromosome

Total Repeats: 137

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011026	TGAAAC	2	12	52807	52818	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_011026	ATTGCA	2	12	59495	59506	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_011026	AAAATT	2	12	101023	101034	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011026	TTAGAA	2	12	119690	119701	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011026	CTTTTT	2	12	157217	157228	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_011026	AACTAA	2	12	164669	164680	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_011026	TAGTAA	2	12	166966	166977	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011026	ATTTTT	2	12	196541	196552	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011026	CTTTTC	2	12	223290	223301	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_011026	TAAATA	2	12	225932	225943	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011026	TTTTCA	2	12	273722	273733	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_011026	TAAAAA	2	12	276285	276296	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011026	AAAATA	2	12	325016	325027	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011026	GATTTT	2	12	326033	326044	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011026	TAGAAA	2	12	360947	360958	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011026	ATCTTC	2	12	472543	472554	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_011026	TATTCA	2	12	485882	485893	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_011026	ACGAAA	2	12	533291	533302	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_011026	GAGAAA	2	12	556552	556563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_011026	CATTTT	2	12	568798	568809	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_011026	AATTAA	2	12	626646	626657	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011026	AAAATA	2	12	626730	626741	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011026	ACATTA	2	12	646380	646391	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_011026	CTTTTC	2	12	714540	714551	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_011026	CGAAGA	2	12	721870	721881	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_011026	TTTTCT	2	12	764062	764073	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_011026	CTAAAT	2	12	778320	778331	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_011026	AGCTAA	2	12	797523	797534	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_011026	CAAAAC	2	12	802634	802645	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_011026	TTCCCT	2	12	875666	875677	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_011026	AAGAAC	2	12	875981	875992	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_011026	GGCTTT	2	12	881239	881250	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_011026	GCCCAA	2	12	904718	904729	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
34	NC_011026	TGCAAA	2	12	920913	920924	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_011026	TACCAC	2	12	936220	936231	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_011026	TTTTGA	2	12	946720	946731	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011026	GCTTTT	2	12	964607	964618	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_011026	ATCATA	2	12	978479	978490	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_011026	AGAAAA	2	12	989930	989941	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011026	TTTTTG	2	12	1001882	1001893	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011026	TAAACG	2	12	1032685	1032696	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_011026	TTTTGC	2	12	1037066	1037077	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_011026	GTTGAA	2	12	1041622	1041633	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011026	TAAATG	2	12	1049269	1049280	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011026	GCTTGC	2	12	1052872	1052883	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_011026	ACATCA	2	12	1071190	1071201	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_011026	CGGTAG	2	12	1072376	1072387	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_011026	CGAAGA	2	12	1096233	1096244	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_011026	AAGTAT	2	12	1096386	1096397	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011026	CAAAAA	2	12	1129961	1129972	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_011026	CCGATT	2	12	1152194	1152205	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_011026	ATTTTC	2	12	1238636	1238647	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_011026	AAACAA	2	12	1257900	1257911	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_011026	TGGCGA	2	12	1272994	1273005	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_011026	AAAAAG	2	12	1273245	1273256	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011026	TTTGTA	2	12	1351102	1351113	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011026	TGCGCG	2	12	1370785	1370796	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_011026	CTGTAA	2	12	1372631	1372642	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_011026	CTTTTT	2	12	1407300	1407311	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_011026	ATGGCG	2	12	1412779	1412790	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_011026	ATTCAA	2	12	1429776	1429787	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_011026	CTTTTC	2	12	1430932	1430943	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_011026	ATCCAT	2	12	1443167	1443178	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_011026	GCTTTT	2	12	1459832	1459843	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_011026	GACTCG	2	12	1469397	1469408	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_011026	GAAACA	2	12	1469482	1469493	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_011026	AATAGG	2	12	1475568	1475579	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011026	CGAAGA	2	12	1487665	1487676	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_011026	ATTTAT	2	12	1492036	1492047	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011026	CTGTTT	2	12	1500965	1500976	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_011026	AAGCGC	2	12	1506802	1506813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_011026	TCAAAA	2	12	1510829	1510840	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_011026	AACTCA	2	12	1554757	1554768	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_011026	AACAAA	2	12	1558606	1558617	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_011026	TGAAAA	2	12	1575775	1575786	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011026	CTTTTT	2	12	1585421	1585432	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_011026	AGAAAC	2	12	1626911	1626922	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_011026	CATGTT	2	12	1626954	1626965	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_011026	CAATTT	2	12	1688896	1688907	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_011026	ATTTCA	2	12	1708871	1708882	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_011026	ATTCTT	2	12	1765231	1765242	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_011026	AAAATG	2	12	1766866	1766877	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011026	TAAAAA	2	12	1836804	1836815	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_011026	GAAAAA	2	12	1850102	1850113	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011026	GAAAAA	2	12	1850256	1850267	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011026	TTCATT	2	12	1859698	1859709	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_011026	ACGCTT	2	12	1868056	1868067	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_011026	CACGAG	2	12	1931167	1931178	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_011026	ACAAAT	2	12	1948593	1948604	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_011026	TTTTTG	2	12	1955257	1955268	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011026	AGCTTT	2	12	1959593	1959604	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_011026	GCAGCC	2	12	1991211	1991222	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
93	NC_011026	ATCAAA	2	12	1993067	1993078	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_011026	TTCCTA	2	12	2005451	2005462	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_011026	GTAAAT	2	12	2018059	2018070	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011026	ATTTTT	2	12	2066555	2066566	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011026	CAGCTC	2	12	2074472	2074483	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
98	NC_011026	AAAAAC	2	12	2079240	2079251	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_011026	AGACTG	2	12	2162664	2162675	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_011026	GAAAAT	2	12	2193178	2193189	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011026	GCATAC	2	12	2248982	2248993	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_011026	TGCCTT	2	12	2249037	2249048	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_011026	GCGGAA	2	12	2251845	2251856	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_011026	TTCAAA	2	12	2254190	2254201	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_011026	ACATGA	2	12	2325871	2325882	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_011026	TTTCAA	2	12	2345495	2345506	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_011026	GAAGAC	2	12	2374696	2374707	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_011026	AGAACC	2	12	2396198	2396209	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_011026	CCAAAA	2	12	2447074	2447085	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_011026	ACTTCG	2	12	2493188	2493199	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_011026	AAAGAT	2	12	2515973	2515984	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011026	TTTAAT	2	12	2556139	2556150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011026	TTATAA	2	12	2639173	2639184	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011026	AGATGA	2	12	2691677	2691688	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011026	CTTTTT	2	12	2694883	2694894	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_011026	CGAAGA	2	12	2736528	2736539	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_011026	CAAAAT	2	12	2738027	2738038	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_011026	AAAGAA	2	12	2764840	2764851	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011026	ATTTTT	2	12	2770194	2770205	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011026	CTGATG	2	12	2818684	2818695	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_011026	TGCAAA	2	12	2862346	2862357	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_011026	ATTAAA	2	12	2868147	2868158	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011026	AAAATT	2	12	2874354	2874365	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011026	ATAAAA	2	12	2894367	2894378	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011026	AATTAA	2	12	2921219	2921230	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011026	GTTTTT	2	12	2969489	2969500	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011026	AAATGA	2	12	2973900	2973911	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011026	AACAAA	2	12	3005186	3005197	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_011026	ATTGAA	2	12	3033958	3033969	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011026	AAAAGC	2	12	3066668	3066679	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_011026	ATTTCC	2	12	3089716	3089727	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_011026	GCAATT	2	12	3143889	3143900	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.