MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chloroherpeton thalassium ATCC 35110 chromosome

Total Repeats: 462

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011026	ATTGA	2	10	4245	4254	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011026	TGACT	2	10	10799	10808	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_011026	GTATT	2	10	39090	39099	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011026	TTCGT	2	10	39994	40003	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_011026	TTTGT	2	10	42545	42554	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011026	CGATG	2	10	46055	46064	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_011026	GCTTT	2	10	47987	47996	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_011026	CGGTT	2	10	50686	50695	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_011026	AAAAC	2	10	52572	52581	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_011026	GTAAT	3	15	56991	57005	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011026	TCTTT	2	10	64334	64343	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_011026	GAAAA	2	10	65973	65982	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011026	CAATC	2	10	77063	77072	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_011026	AGAAA	2	10	90111	90120	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011026	TTGGC	2	10	94973	94982	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_011026	TTATC	2	10	95737	95746	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_011026	ATTTT	2	10	95753	95762	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_011026	TTTTG	2	10	99691	99700	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011026	AACGC	2	10	106415	106424	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_011026	ATGTT	2	10	114350	114359	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011026	CAACC	2	10	118530	118539	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
22	NC_011026	TTCAA	2	10	119807	119816	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_011026	ACCAA	2	10	119818	119827	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_011026	TTAAA	2	10	122418	122427	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011026	TTTGT	2	10	152513	152522	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011026	CAAAA	2	10	152977	152986	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_011026	ACACG	2	10	156192	156201	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_011026	ACACG	2	10	156223	156232	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_011026	ATTTG	2	10	157425	157434	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011026	ATTTA	2	10	177785	177794	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011026	AAAAT	2	10	193644	193653	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011026	TATAA	2	10	196451	196460	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011026	CTCGC	2	10	200654	200663	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
34	NC_011026	TCAGT	2	10	215536	215545	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_011026	ATTTG	2	10	218482	218491	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011026	GAAAC	2	10	234397	234406	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_011026	GATGT	2	10	241166	241175	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011026	CGATG	2	10	241181	241190	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_011026	TCACC	2	10	243473	243482	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
40	NC_011026	TCTAA	2	10	258824	258833	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_011026	TGTTA	2	10	276045	276054	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011026	AAGGA	2	10	276075	276084	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011026	ATTAA	2	10	276226	276235	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011026	GTAAC	2	10	278019	278028	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_011026	AAAGC	2	10	293985	293994	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_011026	GGTGC	2	10	301940	301949	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
47	NC_011026	TCAGT	2	10	313421	313430	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_011026	TTGTT	3	15	315794	315808	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011026	GCCCC	2	10	318174	318183	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
50	NC_011026	ATTTT	2	10	320773	320782	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011026	CAAAA	2	10	326083	326092	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_011026	TTATT	2	10	330047	330056	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011026	TTCCC	2	10	331661	331670	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
54	NC_011026	TTTTC	2	10	344134	344143	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_011026	GCATT	2	10	351064	351073	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_011026	TGTTT	2	10	351443	351452	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_011026	AAAAC	2	10	352568	352577	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_011026	CTTGG	2	10	358674	358683	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_011026	TAAAA	2	10	372791	372800	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011026	GAAAA	2	10	382726	382735	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011026	CAAAA	2	10	386312	386321	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_011026	GTTAA	2	10	386379	386388	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011026	AGAAA	2	10	399555	399564	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011026	TTAAA	2	10	402391	402400	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011026	GAAAA	2	10	415765	415774	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_011026	TTTTC	2	10	415830	415839	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_011026	ATAGG	2	10	420155	420164	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011026	AAGAA	2	10	432847	432856	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011026	GCTCA	2	10	438308	438317	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_011026	TTTTA	2	10	438416	438425	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011026	TTTAT	2	10	447298	447307	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011026	AACAA	2	10	458578	458587	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_011026	TGTTT	2	10	473712	473721	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011026	CTTAA	2	10	478118	478127	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_011026	TTGCT	2	10	496578	496587	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_011026	AACAT	2	10	502969	502978	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_011026	ATTCT	2	10	508129	508138	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_011026	GATGA	2	10	512897	512906	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011026	CAAAA	2	10	512978	512987	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_011026	CCTTG	2	10	518325	518334	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_011026	TCTTG	2	10	518456	518465	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_011026	CTTGT	2	10	518588	518597	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_011026	GCTGA	2	10	518601	518610	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_011026	GACAA	2	10	520896	520905	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_011026	TTTCC	2	10	537848	537857	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_011026	AGCGA	2	10	558899	558908	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_011026	TTTTG	2	10	572244	572253	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011026	CGCTG	2	10	578502	578511	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
89	NC_011026	GCTTT	2	10	589974	589983	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_011026	GCTTC	2	10	596717	596726	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
91	NC_011026	GAAAT	2	10	609138	609147	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011026	GCGGT	2	10	609239	609248	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
93	NC_011026	GAAAC	2	10	610679	610688	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_011026	TTTTG	2	10	622231	622240	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011026	CTTAA	2	10	646013	646022	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_011026	GCTTT	2	10	649825	649834	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_011026	GAAAG	2	10	649841	649850	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011026	AAATG	2	10	662471	662480	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011026	CACGG	2	10	666850	666859	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
100	NC_011026	TGAAG	2	10	668057	668066	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011026	AAATT	2	10	669616	669625	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011026	CAAAC	2	10	671745	671754	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_011026	ATTTG	2	10	693119	693128	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011026	CAGCA	2	10	719979	719988	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_011026	TTGCT	2	10	720054	720063	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_011026	AGATA	2	10	721822	721831	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_011026	TAAAA	2	10	744771	744780	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011026	ATTTC	2	10	767718	767727	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_011026	TAAAC	2	10	773031	773040	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_011026	TTCAT	2	10	778788	778797	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_011026	CGGCT	2	10	781861	781870	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
112	NC_011026	TAAAA	2	10	790216	790225	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011026	TCTTT	2	10	790457	790466	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_011026	ATTAG	2	10	817337	817346	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011026	TATCT	2	10	820182	820191	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_011026	TTCCC	2	10	820227	820236	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
117	NC_011026	GGTTT	2	10	823274	823283	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011026	ATATT	2	10	823437	823446	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011026	TTAAA	2	10	831459	831468	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011026	TTCAC	2	10	845996	846005	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_011026	CATCG	2	10	852357	852366	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_011026	TTAAA	2	10	854272	854281	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011026	TCGTT	2	10	857148	857157	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_011026	TGAGA	2	10	862299	862308	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011026	GAAAC	2	10	867251	867260	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_011026	CGCCC	2	10	881329	881338	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
127	NC_011026	GCTCC	2	10	882691	882700	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
128	NC_011026	CATGC	2	10	893935	893944	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
129	NC_011026	TAACT	2	10	897134	897143	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_011026	AAATT	2	10	898841	898850	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011026	GAACG	2	10	901993	902002	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_011026	GCCGG	2	10	902850	902859	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
133	NC_011026	AAAAC	2	10	906909	906918	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_011026	CACGA	2	10	907737	907746	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
135	NC_011026	AAAAT	2	10	918263	918272	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_011026	ATTTT	2	10	919517	919526	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011026	CCAAA	2	10	929935	929944	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_011026	GTTTT	2	10	930103	930112	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_011026	TTTTG	2	10	935403	935412	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_011026	AGAAC	2	10	950650	950659	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_011026	GAGCA	2	10	950767	950776	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_011026	GATAG	2	10	959114	959123	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_011026	TGCGA	2	10	966353	966362	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_011026	CTTAC	2	10	976510	976519	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_011026	GGCGT	2	10	978910	978919	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
146	NC_011026	CGTTA	2	10	1004776	1004785	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_011026	CTTCG	2	10	1005979	1005988	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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287	NC_011026	GTTTT	2	10	1827714	1827723	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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423	NC_011026	TGAAA	2	10	2888225	2888234	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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426	NC_011026	GATTC	2	10	2915086	2915095	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
427	NC_011026	CCAAG	2	10	2920194	2920203	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
428	NC_011026	CAGCG	2	10	2924489	2924498	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
429	NC_011026	CAAAA	2	10	2924914	2924923	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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434	NC_011026	TCTTG	2	10	3054214	3054223	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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441	NC_011026	GTTAG	2	10	3127801	3127810	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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459	NC_011026	TTCAC	2	10	3261517	3261526	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
460	NC_011026	CGGAG	2	10	3276612	3276621	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
461	NC_011026	TTTGA	2	10	3283747	3283756	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
462	NC_011026	AATTT	2	10	3292824	3292833	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.