MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlorobium phaeobacteroides BS1 chromosome

Total Repeats: 358

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010831	ACTCT	2	10	11466	11475	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
2	NC_010831	ACTAT	2	10	24284	24293	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_010831	TTTTC	2	10	31469	31478	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_010831	ACTGA	2	10	33181	33190	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_010831	ATACG	2	10	33800	33809	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_010831	ATTGT	2	10	36850	36859	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010831	TTAAT	2	10	42253	42262	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010831	TCTTT	2	10	51586	51595	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_010831	TGTAT	2	10	63652	63661	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010831	ACTGC	2	10	63986	63995	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_010831	ATCTC	2	10	64439	64448	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_010831	AAATC	2	10	64615	64624	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_010831	AAAGG	2	10	64721	64730	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010831	GTAAA	2	10	95112	95121	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010831	GGAGG	2	10	108888	108897	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010831	ACAGG	2	10	121581	121590	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_010831	TCGTG	2	10	122502	122511	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_010831	ACCGT	2	10	125100	125109	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_010831	GGTGA	2	10	128897	128906	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010831	TAGTT	2	10	135118	135127	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_010831	CAAAG	2	10	144101	144110	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_010831	ACAGG	2	10	149230	149239	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_010831	TCGTG	2	10	150151	150160	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_010831	ACCGT	2	10	152749	152758	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_010831	ATCGT	2	10	164730	164739	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_010831	GACCG	2	10	172385	172394	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_010831	ATCGT	2	10	172689	172698	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_010831	CACTT	2	10	173081	173090	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_010831	CTCCG	2	10	180940	180949	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_010831	CAAAA	2	10	180956	180965	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_010831	TTTTA	2	10	181233	181242	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010831	CTTTT	2	10	185827	185836	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_010831	CCTTT	2	10	187558	187567	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_010831	TTCCT	2	10	209376	209385	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_010831	CTGCC	2	10	211469	211478	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
36	NC_010831	CATTT	2	10	213721	213730	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_010831	AAGGA	2	10	214099	214108	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010831	GTTTC	2	10	214110	214119	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_010831	GTCGT	2	10	214639	214648	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_010831	AAATC	2	10	214941	214950	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_010831	GCTTT	2	10	221805	221814	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_010831	TGCAA	2	10	241359	241368	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_010831	ATAGT	2	10	260551	260560	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010831	AAAAG	2	10	262922	262931	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010831	CTTTT	2	10	262960	262969	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_010831	CACAA	2	10	270063	270072	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_010831	TGCAG	2	10	279598	279607	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_010831	TTTTG	2	10	280665	280674	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_010831	TTTTC	2	10	284061	284070	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_010831	CCGAT	2	10	284088	284097	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_010831	GTCAA	2	10	308611	308620	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_010831	ATTAC	2	10	332686	332695	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_010831	CAAGT	2	10	335977	335986	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_010831	AGCGG	2	10	349660	349669	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_010831	GCACG	2	10	360797	360806	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_010831	TCAAT	2	10	363047	363056	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_010831	TGCTT	2	10	363094	363103	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_010831	AGTCA	2	10	388241	388250	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_010831	CTTTT	2	10	418702	418711	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_010831	CCGGT	2	10	429520	429529	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
61	NC_010831	ATGTG	2	10	449880	449889	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010831	GGAAG	2	10	453679	453688	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010831	AGATA	2	10	458633	458642	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010831	TGTTC	2	10	481923	481932	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_010831	GTAAC	2	10	483212	483221	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_010831	CTTTT	2	10	493048	493057	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_010831	GTGGA	2	10	505528	505537	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010831	ATTGT	2	10	506846	506855	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010831	CTGAT	2	10	509884	509893	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_010831	CGGCC	2	10	521965	521974	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
71	NC_010831	TAAAA	2	10	525743	525752	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010831	AGTAG	2	10	549970	549979	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010831	GTATT	2	10	579862	579871	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_010831	TTATA	2	10	590589	590598	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010831	GGGAA	2	10	591482	591491	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010831	CTGTA	2	10	603273	603282	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_010831	GTGTT	2	10	609087	609096	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010831	TTCTT	2	10	611828	611837	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_010831	GAGAA	2	10	619551	619560	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010831	CGGGT	2	10	627203	627212	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
81	NC_010831	TTCTC	2	10	631186	631195	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_010831	TTCAA	2	10	639478	639487	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_010831	GTCAT	2	10	651588	651597	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_010831	GTTCA	2	10	652533	652542	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_010831	CTCAT	2	10	665608	665617	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_010831	ATATC	2	10	692265	692274	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_010831	GTTAG	2	10	692391	692400	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010831	CGGAG	2	10	699520	699529	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
89	NC_010831	GATAT	2	10	703389	703398	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010831	CAGGT	2	10	726956	726965	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_010831	GACGC	2	10	728408	728417	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
92	NC_010831	CCGAC	2	10	742157	742166	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
93	NC_010831	TAATT	2	10	752714	752723	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010831	CTCTT	2	10	759527	759536	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_010831	ACGTG	2	10	766444	766453	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_010831	ACGCG	2	10	767702	767711	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_010831	TGTGA	2	10	768065	768074	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010831	CATAC	2	10	768198	768207	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_010831	CAATG	2	10	768522	768531	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_010831	TTATT	2	10	770206	770215	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010831	AATAA	2	10	770229	770238	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010831	AGGCA	2	10	783037	783046	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_010831	TTTCG	2	10	783644	783653	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_010831	TTTTC	2	10	785493	785502	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_010831	AGCAA	2	10	785557	785566	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_010831	GTTTT	2	10	805465	805474	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_010831	ATTAC	2	10	805603	805612	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_010831	TGATC	2	10	821338	821347	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_010831	GCCTG	2	10	821366	821375	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
110	NC_010831	CATTG	2	10	822562	822571	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_010831	GAAAA	2	10	824688	824697	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_010831	TAAAC	2	10	838098	838107	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_010831	ATACA	2	10	848344	848353	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_010831	AATGA	2	10	848813	848822	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010831	GCGTC	2	10	863465	863474	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_010831	GTTTG	2	10	868637	868646	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010831	GCCGG	2	10	884021	884030	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
118	NC_010831	ATGTA	2	10	904202	904211	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010831	GTCCA	2	10	938896	938905	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
120	NC_010831	AGAAA	2	10	938982	938991	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010831	TTGGG	2	10	959272	959281	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
122	NC_010831	TAAAA	2	10	968974	968983	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010831	CGCAG	2	10	972899	972908	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
124	NC_010831	TTTCA	2	10	988648	988657	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_010831	CGGGG	2	10	990364	990373	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
126	NC_010831	TCCGG	2	10	1011824	1011833	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
127	NC_010831	AATAA	2	10	1032087	1032096	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010831	ATAAA	2	10	1044978	1044987	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_010831	CCTGT	2	10	1048391	1048400	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_010831	ACAAA	2	10	1052407	1052416	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_010831	TATGG	2	10	1068222	1068231	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_010831	TCTTT	2	10	1076636	1076645	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_010831	ATATA	2	10	1077476	1077485	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_010831	AGGAA	2	10	1083471	1083480	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_010831	TCCCG	2	10	1095264	1095273	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_010831	TTATT	2	10	1096951	1096960	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_010831	TGAGT	2	10	1101819	1101828	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010831	TTTTG	2	10	1104256	1104265	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010831	CGGAG	2	10	1112930	1112939	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
140	NC_010831	AAGCG	2	10	1113116	1113125	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_010831	CGGAG	2	10	1113148	1113157	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
142	NC_010831	TTTTC	2	10	1114036	1114045	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_010831	GAAAA	2	10	1127050	1127059	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_010831	TAATG	2	10	1129815	1129824	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010831	AGCGA	2	10	1139342	1139351	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_010831	CTTTT	2	10	1168029	1168038	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_010831	TTATT	2	10	1170647	1170656	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_010831	CTGTA	2	10	1178045	1178054	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_010831	ACAAA	2	10	1180339	1180348	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
150	NC_010831	TCCCG	2	10	1189007	1189016	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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152	NC_010831	TCGCT	2	10	1238711	1238720	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
153	NC_010831	TTTCG	2	10	1243594	1243603	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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155	NC_010831	ACGAA	2	10	1252289	1252298	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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157	NC_010831	CAATG	2	10	1257207	1257216	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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159	NC_010831	ATAGC	2	10	1268481	1268490	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
160	NC_010831	AAATA	2	10	1289691	1289700	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_010831	AGAGA	2	10	1298412	1298421	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
162	NC_010831	TCATC	2	10	1306940	1306949	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
163	NC_010831	TTTGA	2	10	1307819	1307828	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
164	NC_010831	ACTGC	2	10	1311426	1311435	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
165	NC_010831	AATGA	2	10	1311634	1311643	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_010831	GTGTT	2	10	1355383	1355392	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
169	NC_010831	CGTGA	2	10	1359312	1359321	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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180	NC_010831	TTTTC	2	10	1403522	1403531	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
181	NC_010831	TCTGC	2	10	1407274	1407283	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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184	NC_010831	ATTGA	2	10	1456589	1456598	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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189	NC_010831	TTTCT	2	10	1496470	1496479	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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192	NC_010831	AAAAC	2	10	1507077	1507086	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
193	NC_010831	CTCCA	2	10	1507653	1507662	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
194	NC_010831	TGACC	2	10	1512997	1513006	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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197	NC_010831	TGTTC	2	10	1557915	1557924	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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199	NC_010831	TCTCG	2	10	1561145	1561154	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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272	NC_010831	CATTA	2	10	2074999	2075008	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
273	NC_010831	CAAAG	2	10	2079597	2079606	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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281	NC_010831	CATTC	2	10	2108483	2108492	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
282	NC_010831	CTGTG	2	10	2112901	2112910	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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285	NC_010831	TATCT	2	10	2147380	2147389	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
286	NC_010831	TATAT	2	10	2147392	2147401	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
287	NC_010831	CACAA	2	10	2147961	2147970	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
288	NC_010831	GTATA	2	10	2150062	2150071	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
289	NC_010831	GACAT	2	10	2154376	2154385	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
290	NC_010831	AAATA	2	10	2157752	2157761	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
291	NC_010831	TGGGA	2	10	2163649	2163658	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
292	NC_010831	TTTCT	2	10	2185673	2185682	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
293	NC_010831	AAAAG	2	10	2190293	2190302	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
294	NC_010831	ACTTC	2	10	2207748	2207757	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
295	NC_010831	CATAA	2	10	2211254	2211263	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
296	NC_010831	GAAGA	2	10	2217059	2217068	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
297	NC_010831	CAATG	2	10	2231463	2231472	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
298	NC_010831	CAACA	2	10	2235659	2235668	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
299	NC_010831	CATGA	2	10	2238165	2238174	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
300	NC_010831	AAAAG	2	10	2265164	2265173	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
301	NC_010831	TCTTT	2	10	2265633	2265642	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
302	NC_010831	AGAAA	2	10	2269701	2269710	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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322	NC_010831	AAGTC	2	10	2415411	2415420	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
323	NC_010831	TAAAA	2	10	2437100	2437109	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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331	NC_010831	CTTTC	2	10	2507391	2507400	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
332	NC_010831	TGTGT	2	10	2508538	2508547	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
333	NC_010831	CGGGT	2	10	2509907	2509916	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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345	NC_010831	TTATG	2	10	2569242	2569251	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
346	NC_010831	ACACC	2	10	2569406	2569415	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
347	NC_010831	ATCAG	2	10	2571609	2571618	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
348	NC_010831	TTTGA	2	10	2572258	2572267	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
349	NC_010831	GCCGC	2	10	2573513	2573522	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
350	NC_010831	ATATC	2	10	2588707	2588716	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
351	NC_010831	TCAGA	2	10	2591296	2591305	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
352	NC_010831	TTATT	2	10	2598280	2598289	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
353	NC_010831	AAAAG	2	10	2634896	2634905	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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356	NC_010831	GAATA	2	10	2671411	2671420	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
357	NC_010831	CATAC	2	10	2679866	2679875	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
358	NC_010831	AAAAC	2	10	2725339	2725348	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.