MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Korarchaeum cryptofilum OPF8 chromosome

Total Repeats: 463

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010482	GCTA	2	8	2445	2452	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_010482	TGGG	2	8	2458	2465	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010482	GATG	2	8	10560	10567	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010482	ACTT	2	8	12998	13005	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_010482	TTTA	2	8	16419	16426	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010482	ATGG	2	8	16441	16448	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010482	GAGC	2	8	16458	16465	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_010482	TCAT	2	8	16843	16850	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_010482	ATTT	2	8	19491	19498	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010482	AGTA	2	8	19586	19593	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010482	ATTT	2	8	19691	19698	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010482	TTTA	2	8	22644	22651	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010482	AATT	2	8	47559	47566	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010482	ACTT	2	8	48476	48483	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_010482	TAAA	2	8	66813	66820	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010482	CCTA	2	8	68579	68586	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_010482	CCTC	2	8	76191	76198	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
18	NC_010482	ATTT	2	8	79160	79167	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010482	ATTA	2	8	80673	80680	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010482	TCAT	2	8	85196	85203	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_010482	TCCC	2	8	93890	93897	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
22	NC_010482	AATC	2	8	95787	95794	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_010482	TCCC	2	8	97263	97270	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
24	NC_010482	TAAA	2	8	99497	99504	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010482	TGAA	2	8	106495	106502	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010482	GGAT	2	8	109801	109808	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010482	GGAC	2	8	115958	115965	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_010482	TACA	2	8	119594	119601	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_010482	AGGA	2	8	124632	124639	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010482	AATA	2	8	130668	130675	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010482	AAAG	2	8	137387	137394	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010482	CATT	2	8	147253	147260	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_010482	AAAT	2	8	147265	147272	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010482	TCGA	2	8	147956	147963	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_010482	GATG	2	8	156916	156923	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010482	TTCA	2	8	160162	160169	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_010482	TAGA	2	8	160950	160957	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010482	ATTT	2	8	171421	171428	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010482	TATC	2	8	177784	177791	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_010482	AGCT	2	8	184771	184778	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_010482	AGCT	2	8	186669	186676	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_010482	AGGA	2	8	188453	188460	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010482	ATCT	2	8	191124	191131	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_010482	TTAT	2	8	195140	195147	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010482	GCTC	2	8	217767	217774	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
46	NC_010482	GATA	2	8	233286	233293	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010482	ATTA	2	8	234213	234220	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010482	CTCC	2	8	242669	242676	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
49	NC_010482	TCTA	2	8	250736	250743	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_010482	AAAT	2	8	256064	256071	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010482	ATAA	2	8	258491	258498	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010482	CTAG	2	8	261734	261741	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_010482	AGCT	2	8	263724	263731	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_010482	CCTC	2	8	266391	266398	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
55	NC_010482	TCCC	2	8	283897	283904	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
56	NC_010482	TGGA	2	8	283961	283968	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010482	ATCC	2	8	283971	283978	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_010482	CACC	2	8	286017	286024	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
59	NC_010482	ATAG	2	8	286837	286844	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010482	CCCT	2	8	286964	286971	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
61	NC_010482	GGGA	2	8	290551	290558	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010482	TTTA	2	8	298448	298455	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_010482	CTTA	2	8	302710	302717	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_010482	TGAA	2	8	302756	302763	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010482	TCCA	2	8	302805	302812	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_010482	ATCT	2	8	337235	337242	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_010482	CATA	2	8	337387	337394	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_010482	TACA	2	8	344904	344911	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_010482	ATAA	2	8	346856	346863	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_010482	CCCT	2	8	348726	348733	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
71	NC_010482	GAGG	2	8	353970	353977	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010482	AGGG	2	8	356706	356713	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
73	NC_010482	CTAT	2	8	356833	356840	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_010482	GGGT	2	8	357652	357659	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010482	CGAT	2	8	357777	357784	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_010482	AATT	2	8	358147	358154	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010482	AATT	2	8	358237	358244	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010482	TCCT	2	8	363299	363306	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_010482	TTAA	2	8	363626	363633	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010482	TATT	2	8	373711	373718	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_010482	CGAT	2	8	376180	376187	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_010482	CTCA	2	8	378744	378751	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_010482	AGCT	2	8	378895	378902	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_010482	TAAA	2	8	380719	380726	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010482	CTAA	2	8	389376	389383	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_010482	GAAG	2	8	398098	398105	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010482	CCTT	2	8	399103	399110	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_010482	ATCT	2	8	399115	399122	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_010482	TGCG	2	8	399199	399206	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_010482	TGAC	2	8	410289	410296	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_010482	TGAG	2	8	413709	413716	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010482	TTAA	2	8	413779	413786	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010482	AAGC	2	8	414935	414942	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_010482	AAGC	2	8	416522	416529	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_010482	ATTT	2	8	416544	416551	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010482	TTAT	2	8	420085	420092	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010482	GTTC	2	8	420117	420124	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_010482	ACTT	2	8	420414	420421	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_010482	TCAC	2	8	420647	420654	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_010482	AGGG	2	8	420660	420667	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010482	CTCC	2	8	420858	420865	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
102	NC_010482	TAGA	2	8	424561	424568	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010482	TTGG	2	8	425481	425488	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010482	AAAT	2	8	425573	425580	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010482	CATG	2	8	425928	425935	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_010482	CCAT	2	8	431845	431852	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_010482	TCCC	2	8	431864	431871	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
108	NC_010482	TCAT	2	8	432064	432071	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_010482	TCCA	2	8	432187	432194	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_010482	CTTC	2	8	432413	432420	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_010482	CAAT	2	8	432512	432519	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_010482	ATCT	2	8	444564	444571	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_010482	CTTT	2	8	444757	444764	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_010482	TGAG	2	8	444818	444825	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_010482	TTTA	2	8	446607	446614	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_010482	CTTA	2	8	446662	446669	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_010482	GTAA	2	8	446922	446929	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010482	GAAA	2	8	447019	447026	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010482	ACGA	2	8	447251	447258	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_010482	ATCC	2	8	447507	447514	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_010482	GTCT	2	8	448220	448227	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_010482	CTTT	2	8	448649	448656	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_010482	GTCT	2	8	450510	450517	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_010482	TCTT	2	8	452450	452457	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_010482	GGAA	2	8	461108	461115	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010482	ATCA	2	8	461131	461138	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_010482	GTAA	2	8	461168	461175	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010482	ATCT	2	8	462061	462068	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_010482	CTGA	2	8	463655	463662	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_010482	CTCA	2	8	463725	463732	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_010482	AACT	2	8	465198	465205	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_010482	GGCG	2	8	465219	465226	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
133	NC_010482	TACT	2	8	467179	467186	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_010482	TTTA	2	8	467240	467247	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_010482	GTAA	2	8	471602	471609	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_010482	CTTC	2	8	472349	472356	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_010482	AAAG	2	8	473473	473480	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_010482	TGAT	2	8	474173	474180	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010482	TTAT	2	8	476599	476606	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010482	TAAT	2	8	476607	476614	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_010482	GGGA	2	8	477512	477519	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
142	NC_010482	TCTA	2	8	478745	478752	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_010482	CTGC	2	8	482934	482941	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
144	NC_010482	GATG	2	8	483076	483083	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_010482	TGCC	2	8	483118	483125	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
146	NC_010482	CTTC	2	8	484202	484209	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_010482	CTCC	2	8	484295	484302	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
148	NC_010482	TTTA	2	8	485165	485172	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_010482	TTAG	2	8	488589	488596	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_010482	GCTA	2	8	488625	488632	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
151	NC_010482	TATC	2	8	488654	488661	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_010482	GATA	2	8	498304	498311	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
153	NC_010482	ATGA	2	8	507127	507134	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
154	NC_010482	CTGA	2	8	536839	536846	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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156	NC_010482	ATAA	2	8	543696	543703	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_010482	AAAT	2	8	553185	553192	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_010482	ATAA	2	8	556402	556409	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_010482	CGCT	2	8	556442	556449	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
160	NC_010482	TCAG	2	8	556462	556469	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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162	NC_010482	TAAG	2	8	561673	561680	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
163	NC_010482	CCTT	2	8	561716	561723	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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165	NC_010482	TATT	2	8	581232	581239	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_010482	AGTT	2	8	587588	587595	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_010482	TCTT	2	8	593527	593534	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
169	NC_010482	AATA	2	8	593611	593618	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_010482	TCCT	2	8	595056	595063	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
172	NC_010482	CTCC	2	8	595793	595800	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
173	NC_010482	CTAG	2	8	595848	595855	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
174	NC_010482	CTAT	2	8	595956	595963	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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179	NC_010482	AGTT	2	8	624443	624450	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
180	NC_010482	ATGA	2	8	624516	624523	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
181	NC_010482	TAAA	2	8	626061	626068	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_010482	ATCT	2	8	638803	638810	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
187	NC_010482	CGAT	2	8	638843	638850	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
188	NC_010482	GAGC	2	8	639153	639160	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
189	NC_010482	GGGA	2	8	639188	639195	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_010482	GCTA	2	8	648923	648930	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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295	NC_010482	AATG	2	8	961666	961673	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
296	NC_010482	AAAT	2	8	961771	961778	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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442	NC_010482	ATCT	2	8	1508055	1508062	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
443	NC_010482	CTCC	2	8	1509084	1509091	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
444	NC_010482	TGAG	2	8	1516524	1516531	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
445	NC_010482	TTGA	2	8	1526100	1526107	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
446	NC_010482	TAAT	2	8	1526209	1526216	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
447	NC_010482	AGAT	2	8	1526400	1526407	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
448	NC_010482	CAGC	2	8	1526724	1526731	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
449	NC_010482	GTCC	2	8	1526848	1526855	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
450	NC_010482	AATA	2	8	1527467	1527474	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
451	NC_010482	GAGG	2	8	1534246	1534253	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
452	NC_010482	ACCC	2	8	1543353	1543360	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
453	NC_010482	GGGA	2	8	1550756	1550763	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
454	NC_010482	CATC	2	8	1556194	1556201	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
455	NC_010482	TCCG	2	8	1556373	1556380	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
456	NC_010482	ATTT	2	8	1564108	1564115	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
457	NC_010482	AGCG	2	8	1567179	1567186	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
458	NC_010482	AATA	2	8	1580756	1580763	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
459	NC_010482	TTAC	2	8	1584042	1584049	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
460	NC_010482	GGGA	2	8	1587335	1587342	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
461	NC_010482	CCCG	2	8	1588849	1588856	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
462	NC_010482	ATGA	2	8	1588909	1588916	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
463	NC_010482	CCTA	2	8	1589098	1589105	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.