MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis 434/Bu chromosome

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010287	GAAGA	2	10	16687	16696	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010287	AGAAT	2	10	39498	39507	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010287	AGGGG	2	10	39729	39738	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
4	NC_010287	AAAAG	2	10	60304	60313	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010287	AGGTA	2	10	63703	63712	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_010287	TCCTT	2	10	64886	64895	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_010287	CTCCA	2	10	65040	65049	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
8	NC_010287	TTTCT	2	10	84311	84320	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_010287	AGAAA	2	10	92843	92852	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_010287	AAGAG	2	10	104683	104692	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010287	CTTTT	2	10	139008	139017	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_010287	AGAAA	2	10	143359	143368	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010287	GAAGA	2	10	155533	155542	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_010287	CTTTT	2	10	161052	161061	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_010287	TAGAA	2	10	169521	169530	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010287	CTTTT	2	10	185555	185564	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_010287	TTTTA	2	10	186300	186309	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010287	AGAGC	2	10	188588	188597	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_010287	AAGAG	2	10	208258	208267	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010287	GCTAG	2	10	208284	208293	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_010287	TCGTT	2	10	216670	216679	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_010287	TTCTT	2	10	219627	219636	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_010287	GCCTG	2	10	235986	235995	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_010287	CTTCA	2	10	241467	241476	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_010287	CTAGT	2	10	248325	248334	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_010287	TAAAA	2	10	264320	264329	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010287	ATAAA	2	10	264351	264360	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010287	TTGTT	2	10	285472	285481	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010287	TATTT	2	10	287918	287927	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010287	TAGAA	2	10	299341	299350	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010287	TTAGA	2	10	303981	303990	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_010287	TTTTC	2	10	317640	317649	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_010287	TTTTA	2	10	321621	321630	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010287	TATTT	2	10	329279	329288	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010287	AAAGA	2	10	355339	355348	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_010287	TGCAA	2	10	364572	364581	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_010287	GAAGA	2	10	370184	370193	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010287	CTATT	2	10	371768	371777	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_010287	AATTT	2	10	376293	376302	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010287	AAAAG	2	10	391237	391246	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010287	CTTGC	2	10	394180	394189	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_010287	AAAAG	2	10	398930	398939	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_010287	ATCAA	2	10	400628	400637	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_010287	TTTGT	2	10	407367	407376	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010287	AATAA	2	10	410366	410375	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010287	CTTTT	2	10	416438	416447	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_010287	ACAAA	2	10	419983	419992	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_010287	GCTCT	2	10	436263	436272	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_010287	TTGCA	2	10	459316	459325	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_010287	AAGAG	2	10	460568	460577	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010287	AAAAG	2	10	463789	463798	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_010287	CAAAA	2	10	484043	484052	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_010287	GGAAT	2	10	501719	501728	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_010287	AGAAA	2	10	504978	504987	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_010287	CGATA	2	10	510221	510230	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_010287	TATGC	2	10	511172	511181	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_010287	AAGAA	2	10	511337	511346	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_010287	CTAAG	2	10	520914	520923	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_010287	ATTTC	2	10	539442	539451	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_010287	CAATA	2	10	542565	542574	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_010287	TACAA	2	10	566276	566285	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_010287	TTTCA	2	10	582405	582414	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_010287	AAAGC	2	10	617231	617240	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_010287	TGTTT	2	10	620110	620119	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010287	GCAAC	2	10	652137	652146	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_010287	CTTGT	2	10	652197	652206	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_010287	CCTTT	2	10	652656	652665	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_010287	AAGGC	2	10	680410	680419	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_010287	GCTTC	2	10	682521	682530	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_010287	AGTAG	2	10	682598	682607	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010287	AGGGA	2	10	684958	684967	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010287	TCTCT	2	10	686169	686178	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_010287	AACAA	2	10	686552	686561	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_010287	AAAAC	2	10	686876	686885	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_010287	AAGCG	2	10	722391	722400	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_010287	TATCT	2	10	727919	727928	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_010287	GTATA	2	10	734638	734647	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010287	AGCAA	2	10	734674	734683	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_010287	AAAAT	2	10	736523	736532	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010287	CTCTT	2	10	746592	746601	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_010287	TAAAA	2	10	749134	749143	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010287	AGAAA	2	10	754808	754817	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010287	CTCTT	2	10	754847	754856	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_010287	GAAGA	2	10	754857	754866	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010287	AAATT	2	10	755136	755145	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010287	AATTT	2	10	755157	755166	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010287	TAAAA	2	10	783369	783378	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010287	CAAAA	2	10	803775	803784	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_010287	AATCT	2	10	821117	821126	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_010287	CTTCT	2	10	821330	821339	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_010287	TTTCT	2	10	826717	826726	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_010287	CCTTT	2	10	827726	827735	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_010287	TAAAA	2	10	832741	832750	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_010287	AGGAA	2	10	834725	834734	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010287	ATGAA	2	10	834748	834757	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_010287	TCCTC	2	10	835847	835856	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
97	NC_010287	TTGGA	2	10	842188	842197	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_010287	CAAAA	2	10	842954	842963	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_010287	AAAAG	2	10	876247	876256	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010287	GAAAA	2	10	883429	883438	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_010287	ATTTT	2	10	884866	884875	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010287	ATACT	2	10	890939	890948	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_010287	AAAGG	2	10	899895	899904	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010287	TTTCC	2	10	947513	947522	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_010287	TTATT	2	10	967242	967251	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010287	TCGTC	2	10	968345	968354	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
107	NC_010287	AGAAA	2	10	1000911	1000920	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010287	TTTAT	2	10	1015908	1015917	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010287	TCATG	2	10	1016103	1016112	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_010287	AAAAC	2	10	1020215	1020224	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_010287	GAAAA	2	10	1025565	1025574	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_010287	TTATT	2	10	1032627	1032636	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.