MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Coxiella burnetii RSA 331 chromosome

Total Repeats: 519

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010117	TTTCT	2	10	53	62	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_010117	AGCGA	2	10	8078	8087	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_010117	TCGCT	2	10	8128	8137	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_010117	TACTT	2	10	8147	8156	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_010117	TTTCG	2	10	12556	12565	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_010117	TGATT	2	10	18862	18871	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_010117	ACGAA	2	10	19017	19026	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_010117	GACAA	2	10	20173	20182	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_010117	TTACT	2	10	20492	20501	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_010117	AAAAT	2	10	24825	24834	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_010117	TTATT	2	10	24897	24906	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_010117	TTGGT	2	10	25313	25322	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_010117	CGAAA	2	10	29848	29857	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_010117	TTGGA	2	10	29961	29970	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010117	AGAGG	2	10	38245	38254	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010117	TTTAG	2	10	38765	38774	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_010117	TAATT	2	10	38902	38911	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_010117	TGGCA	2	10	42150	42159	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_010117	TTAAA	2	10	42461	42470	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_010117	GCTTG	2	10	42479	42488	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_010117	CCATT	2	10	43838	43847	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_010117	TTTTC	2	10	47680	47689	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_010117	CGTAA	2	10	48154	48163	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_010117	AGCGA	2	10	54363	54372	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_010117	ATTTT	2	10	56573	56582	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010117	TTTAG	2	10	64245	64254	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_010117	GCTTG	2	10	64605	64614	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_010117	TTATT	2	10	64839	64848	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_010117	TGCTT	2	10	83403	83412	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_010117	GTAAA	2	10	90032	90041	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010117	TCAGA	2	10	90050	90059	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_010117	AAATT	2	10	99113	99122	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_010117	AATAT	2	10	128157	128166	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010117	TTTAA	2	10	132238	132247	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_010117	GCATG	2	10	133820	133829	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_010117	GAAAA	2	10	134066	134075	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010117	GAAGC	2	10	134284	134293	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_010117	TTTCG	2	10	134324	134333	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_010117	TCGCT	2	10	139329	139338	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_010117	ATGAT	2	10	141399	141408	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_010117	ATTAA	2	10	143929	143938	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_010117	AACAA	2	10	145056	145065	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_010117	GAAAA	2	10	145210	145219	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010117	CATGC	2	10	165825	165834	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_010117	AGCGA	2	10	165961	165970	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_010117	TCCCT	2	10	166074	166083	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
47	NC_010117	ATTTT	2	10	171700	171709	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010117	CGCTT	2	10	172473	172482	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_010117	TAGGC	2	10	179074	179083	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_010117	TCGCT	2	10	184079	184088	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_010117	AGCGA	2	10	210133	210142	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_010117	AATTT	2	10	216928	216937	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010117	TTCAC	2	10	219829	219838	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_010117	ACATT	2	10	221717	221726	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_010117	GCCAC	2	10	223613	223622	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
56	NC_010117	AATCA	2	10	224427	224436	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_010117	ATCGC	2	10	225347	225356	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_010117	ATTTT	2	10	225542	225551	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_010117	TACAA	2	10	226415	226424	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_010117	ATTTT	2	10	229401	229410	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010117	TTTGT	2	10	237585	237594	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_010117	TCGTG	2	10	240627	240636	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_010117	GTAAA	2	10	241487	241496	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010117	ATTCC	2	10	245983	245992	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_010117	TTTTG	2	10	247540	247549	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010117	ATTTA	2	10	247860	247869	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010117	ATTTA	2	10	249041	249050	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_010117	GTAAT	2	10	249151	249160	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010117	TAAAC	2	10	250478	250487	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_010117	CAAAA	2	10	251033	251042	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_010117	GAATA	2	10	251261	251270	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010117	CGCTC	2	10	251405	251414	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
73	NC_010117	TACCT	2	10	269844	269853	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_010117	ATTTA	2	10	272633	272642	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010117	TTTAA	2	10	272654	272663	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_010117	GTGTG	2	10	273454	273463	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
77	NC_010117	TTCTG	2	10	278159	278168	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_010117	AGCGA	2	10	293984	293993	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_010117	TCGCT	2	10	294035	294044	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_010117	TTTCG	2	10	320542	320551	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_010117	CGAAA	2	10	324897	324906	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_010117	CATTA	2	10	331244	331253	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_010117	TTAAA	2	10	338717	338726	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_010117	GTTAT	2	10	354320	354329	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_010117	TGCGC	2	10	355776	355785	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_010117	TAAAT	2	10	355847	355856	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010117	TATTT	2	10	362451	362460	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010117	ATTTT	2	10	371139	371148	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010117	GAAGG	2	10	373092	373101	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010117	AATGG	2	10	378210	378219	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010117	CCTTC	2	10	396862	396871	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
92	NC_010117	AAATA	2	10	396927	396936	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010117	CGAGC	2	10	399395	399404	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_010117	GTGGA	2	10	399647	399656	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
95	NC_010117	TACAG	2	10	400008	400017	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_010117	TGCAT	2	10	400238	400247	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_010117	GCCAG	2	10	401268	401277	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_010117	CTAAT	2	10	410572	410581	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_010117	TGTTA	2	10	411055	411064	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010117	GCATT	2	10	414371	414380	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_010117	CTTTA	2	10	414888	414897	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_010117	ATTGA	2	10	417778	417787	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_010117	AAGGG	2	10	417811	417820	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010117	ATAGG	2	10	418794	418803	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_010117	GATTT	2	10	421014	421023	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_010117	AGCGA	2	10	422490	422499	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_010117	CGCTT	2	10	422541	422550	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_010117	TGAGT	2	10	426443	426452	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_010117	GCTTT	2	10	426952	426961	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_010117	ATTTT	2	10	427175	427184	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010117	CCAAA	2	10	427495	427504	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
112	NC_010117	GCGCA	2	10	433963	433972	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
113	NC_010117	ATAAA	2	10	439585	439594	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_010117	CGATA	2	10	441640	441649	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_010117	GAAGC	2	10	444279	444288	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_010117	GGGTG	2	10	450822	450831	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010117	CGAAG	2	10	456599	456608	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_010117	CGCTT	2	10	456634	456643	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_010117	TCGCT	2	10	458427	458436	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
120	NC_010117	AGCGA	2	10	465871	465880	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_010117	TCGCT	2	10	465921	465930	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_010117	AAAAG	2	10	472204	472213	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010117	AGCGA	2	10	483615	483624	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_010117	GAAGC	2	10	512402	512411	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_010117	GCTTC	2	10	512444	512453	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_010117	TAAAA	2	10	524900	524909	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010117	TTTTC	2	10	531552	531561	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_010117	AATTC	2	10	531808	531817	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_010117	TTTTC	2	10	531991	532000	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_010117	AGCAA	2	10	534812	534821	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_010117	TATAA	2	10	536520	536529	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_010117	CATTC	2	10	536921	536930	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
133	NC_010117	GAACT	2	10	537189	537198	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_010117	AGCGA	2	10	544260	544269	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_010117	TCGCT	2	10	544310	544319	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_010117	AATTA	2	10	545880	545889	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_010117	AAACT	2	10	553570	553579	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_010117	AAAGA	2	10	569660	569669	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_010117	AAGTT	2	10	569921	569930	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_010117	GAAAA	2	10	570800	570809	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_010117	AGCGA	2	10	582231	582240	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_010117	TCGCT	2	10	582281	582290	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_010117	AATTA	2	10	589405	589414	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_010117	ATAAC	2	10	610870	610879	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_010117	GAAGC	2	10	610897	610906	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_010117	GAAGC	2	10	626617	626626	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
147	NC_010117	CGCTT	2	10	635996	636005	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
148	NC_010117	GAAGC	2	10	653558	653567	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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