MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis NCPPB 382 chromosome

Total Repeats: 173

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009480	GATGCA	2	12	33446	33457	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_009480	CAAATG	2	12	39048	39059	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_009480	GGTGAC	2	12	43381	43392	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_009480	GGCCGC	2	12	47801	47812	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_009480	TGACGA	4	24	64286	64309	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_009480	CCTGAT	2	12	64417	64428	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_009480	CGACGC	2	12	70531	70542	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
8	NC_009480	CGCCGA	2	12	70552	70563	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
9	NC_009480	AGCGGA	2	12	72684	72695	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_009480	GGCTCT	2	12	78605	78616	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_009480	GCCGTG	2	12	79005	79016	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_009480	ACGTTC	2	12	80231	80242	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_009480	GCCGGG	2	12	81048	81059	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_009480	GCCGTG	2	12	81380	81391	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_009480	CCGCGG	2	12	88759	88770	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16	NC_009480	ACGGAC	2	12	88773	88784	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_009480	GCGGGG	2	12	102938	102949	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_009480	CCGCAC	2	12	105619	105630	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_009480	GCCCGG	2	12	109068	109079	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_009480	TGAGGA	2	12	123005	123016	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009480	AGACGA	2	12	161726	161737	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_009480	GGAGGG	2	12	163651	163662	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009480	CGGCGT	2	12	171374	171385	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_009480	CGGCCG	2	12	191463	191474	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
25	NC_009480	GCGGGA	2	12	221061	221072	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_009480	CATTCT	2	12	237725	237736	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_009480	AGGTGG	2	12	245458	245469	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009480	AGCGGG	2	12	281400	281411	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_009480	CCTCTT	2	12	283623	283634	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_009480	GGTCGC	2	12	287406	287417	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_009480	CGCGGT	2	12	287427	287438	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_009480	TCCGCG	2	12	300470	300481	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
33	NC_009480	TCCCGG	2	12	300824	300835	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
34	NC_009480	GAGGAA	2	12	300941	300952	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009480	AGCGCG	2	12	306136	306147	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_009480	CCGCGT	2	12	319886	319897	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
37	NC_009480	GGGCGG	2	12	345509	345520	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_009480	CTCCCC	2	12	349649	349660	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
39	NC_009480	GCCGGG	2	12	367869	367880	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_009480	GGCGAG	2	12	371971	371982	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_009480	CGGGTG	2	12	464277	464288	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_009480	CCGCCC	2	12	470097	470108	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
43	NC_009480	GCACCC	2	12	470141	470152	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_009480	GCGCGG	2	12	476931	476942	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_009480	GATCCG	2	12	486438	486449	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_009480	ACGCGG	2	12	541027	541038	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_009480	GCGGTG	2	12	553655	553666	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_009480	CGCATC	3	18	558530	558547	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
49	NC_009480	CCCCGC	2	12	562172	562183	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
50	NC_009480	GTTCGC	2	12	578392	578403	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_009480	GCCCGC	3	18	628889	628906	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_009480	CGGATG	2	12	629617	629628	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_009480	TCCCGC	2	12	659596	659607	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_009480	GCACCG	2	12	662286	662297	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
55	NC_009480	ACGAGA	2	12	691447	691458	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_009480	CGCAGT	2	12	709018	709029	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_009480	CCTCCG	2	12	735092	735103	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_009480	CACCTA	2	12	735474	735485	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_009480	GACGTC	2	12	744844	744855	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_009480	GGGCGT	2	12	754859	754870	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_009480	CCCGCC	2	12	754937	754948	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
62	NC_009480	GAGCCC	2	12	791584	791595	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
63	NC_009480	CGCGGG	2	12	795378	795389	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_009480	TCGCGC	2	12	850109	850120	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
65	NC_009480	CGATGA	2	12	875825	875836	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_009480	GGTGGA	2	12	879208	879219	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009480	TTCAAG	2	12	944502	944513	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_009480	GCGTCC	2	12	973096	973107	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
69	NC_009480	GCACGC	2	12	1014003	1014014	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
70	NC_009480	GCGTCC	2	12	1066226	1066237	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
71	NC_009480	GCCCGT	2	12	1091472	1091483	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
72	NC_009480	CGGGCG	2	12	1097339	1097350	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_009480	CGGGGC	2	12	1108090	1108101	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_009480	GCGCGG	2	12	1135574	1135585	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_009480	ACGCCG	2	12	1191112	1191123	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
76	NC_009480	TGCGCG	2	12	1219333	1219344	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_009480	CGATCA	2	12	1231071	1231082	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_009480	GGACGC	2	12	1241549	1241560	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_009480	GATTCT	2	12	1270355	1270366	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_009480	CCCGGC	2	12	1291795	1291806	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_009480	CGCGCA	2	12	1295089	1295100	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
82	NC_009480	TCGCGC	2	12	1295233	1295244	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
83	NC_009480	CGACGC	2	12	1316602	1316613	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
84	NC_009480	GGCGTC	2	12	1434176	1434187	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_009480	CGAGCC	3	18	1462161	1462178	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
86	NC_009480	GCTGAG	2	12	1462213	1462224	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_009480	GACGCC	2	12	1462285	1462296	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
88	NC_009480	CCCGCG	2	12	1471357	1471368	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_009480	GCCGGT	3	18	1506974	1506991	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_009480	CGAGTC	2	12	1528609	1528620	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_009480	CCGGGC	2	12	1552213	1552224	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
92	NC_009480	CCGCGC	2	12	1565009	1565020	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_009480	CGTCGG	2	12	1581749	1581760	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_009480	TCGGGG	2	12	1611483	1611494	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_009480	CGCCTC	2	12	1611571	1611582	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_009480	CCGCGG	2	12	1700118	1700129	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
97	NC_009480	GGACGG	2	12	1717167	1717178	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_009480	CCGGAT	2	12	1742122	1742133	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_009480	GACCCG	2	12	1753420	1753431	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
100	NC_009480	TGGGGG	2	12	1765487	1765498	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009480	CGGGGG	2	12	1790874	1790885	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_009480	CCCCAT	2	12	1798363	1798374	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_009480	CACGGG	2	12	1811551	1811562	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_009480	TCGGTG	2	12	1831491	1831502	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_009480	CGGGTC	2	12	1855308	1855319	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_009480	AACGGT	2	12	1889814	1889825	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_009480	CGCGGG	3	18	2037777	2037794	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_009480	AGCGGG	3	18	2037795	2037812	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_009480	CCGCAC	2	12	2070282	2070293	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_009480	CCCCGT	2	12	2076540	2076551	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_009480	CGTCCG	2	12	2098299	2098310	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
112	NC_009480	GCGGGC	2	12	2098562	2098573	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_009480	GCGGGG	2	12	2114154	2114165	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_009480	GGGCGG	2	12	2158178	2158189	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_009480	TGACGC	2	12	2190552	2190563	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_009480	GTCGCG	2	12	2226614	2226625	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_009480	AGCGCT	2	12	2230837	2230848	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_009480	TCAATG	2	12	2251367	2251378	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_009480	TGCGGG	2	12	2271847	2271858	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_009480	GCCTCG	2	12	2286735	2286746	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
121	NC_009480	GCGCGA	2	12	2302493	2302504	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_009480	CGGAGG	2	12	2308612	2308623	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_009480	CGAGCG	2	12	2332123	2332134	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_009480	CGTCGG	2	12	2358895	2358906	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_009480	CGCCCC	2	12	2366884	2366895	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
126	NC_009480	GCCCGG	2	12	2369940	2369951	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
127	NC_009480	CCTCCC	2	12	2392714	2392725	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
128	NC_009480	CCCCGA	2	12	2400519	2400530	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_009480	CGGGCG	2	12	2407391	2407402	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_009480	GCCGCG	2	12	2408035	2408046	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
131	NC_009480	GGGGTG	2	12	2408695	2408706	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009480	CCGGGA	2	12	2413400	2413411	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_009480	CCGACG	3	18	2527338	2527355	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
134	NC_009480	CCGCGG	2	12	2610703	2610714	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
135	NC_009480	CCCGAG	3	18	2614691	2614708	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
136	NC_009480	ACGGCG	2	12	2627563	2627574	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_009480	CGTCGG	2	12	2665070	2665081	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_009480	CTCGTG	2	12	2676267	2676278	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_009480	CGTCCT	2	12	2680575	2680586	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
140	NC_009480	TCGCAT	2	12	2684731	2684742	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_009480	CGTGGC	2	12	2688738	2688749	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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143	NC_009480	GACGGG	2	12	2699923	2699934	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_009480	CGGCGC	2	12	2743311	2743322	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
145	NC_009480	GGGCGC	2	12	2746369	2746380	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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148	NC_009480	TCGTGC	2	12	2782453	2782464	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_009480	CGGGCG	2	12	2799383	2799394	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_009480	GCCCCG	2	12	2819020	2819031	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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152	NC_009480	CGCATG	2	12	2830834	2830845	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_009480	TCAATG	2	12	2871699	2871710	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.