MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium difficile 630

Total Repeats: 482

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009089	GATTTA	2	12	23187	23198	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009089	TAAAGA	2	12	25052	25063	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009089	TATGTT	2	12	33033	33044	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009089	ATATGA	2	12	34560	34571	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009089	GTTATT	2	12	57200	57211	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009089	AATATA	2	12	72993	73004	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009089	AATATA	2	12	100840	100851	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009089	TATACA	2	12	123144	123155	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_009089	TATTTT	2	12	123942	123953	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_009089	TAAATA	2	12	188167	188178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009089	AAATTT	2	12	197724	197735	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009089	TAAATA	2	12	208898	208909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009089	AAAATT	2	12	208928	208939	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009089	ATATTA	2	12	209126	209137	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009089	GTTTTT	2	12	209990	210001	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009089	TAGTTT	2	12	210239	210250	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_009089	TGTATT	2	12	210825	210836	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009089	GAAATT	2	12	217345	217356	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009089	ATTTTG	2	12	217691	217702	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009089	TCCTAT	2	12	220650	220661	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_009089	AATTTA	2	12	222859	222870	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_009089	AAATAG	2	12	223957	223968	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009089	TTAAAT	2	12	234347	234358	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009089	AGATTC	2	12	238795	238806	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_009089	TAACAT	2	12	245161	245172	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_009089	TAAAAA	2	12	245850	245861	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_009089	AAATAT	2	12	249339	249350	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009089	GAAGCA	2	12	255286	255297	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_009089	TATACC	2	12	255468	255479	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_009089	AAGTAA	2	12	281377	281388	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009089	TATAAA	2	12	308653	308664	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009089	TTGAAT	2	12	335358	335369	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_009089	ATTAAA	2	12	358943	358954	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009089	TTTAAT	2	12	370369	370380	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009089	ATAATT	2	12	394108	394119	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009089	AGTAAA	2	12	404396	404407	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009089	ATTTTA	2	12	419035	419046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009089	TAAATT	2	12	464456	464467	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009089	TTTAAT	2	12	523835	523846	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009089	TACTGC	2	12	536221	536232	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_009089	AAATTT	2	12	541993	542004	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009089	ATATAG	2	12	550136	550147	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009089	AGTAAT	2	12	553777	553788	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009089	TTATTT	2	12	553968	553979	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009089	TTAATA	2	12	584740	584751	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009089	ACAGTC	2	12	604004	604015	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_009089	CTGTTT	2	12	604125	604136	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_009089	AGAGAT	2	12	606485	606496	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009089	TTAGAA	2	12	607492	607503	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009089	TATAAA	2	12	612610	612621	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009089	TTAAAA	2	12	619201	619212	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009089	TTTTTA	2	12	628984	628995	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009089	ATCCTT	2	12	630604	630615	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_009089	ACTAGA	2	12	631323	631334	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_009089	AGTATC	2	12	638205	638216	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_009089	AAAGTA	2	12	654827	654838	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009089	TAAATT	2	12	658326	658337	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009089	ATTAAA	2	12	666813	666824	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009089	AAAATT	2	12	666989	667000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009089	CATATT	2	12	669997	670008	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_009089	GAAGAG	2	12	683171	683182	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009089	GTATTT	2	12	683279	683290	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009089	AAATAA	2	12	705384	705395	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009089	TAAAAA	2	12	705674	705685	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009089	AGTTTT	2	12	716927	716938	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009089	ATTATA	2	12	718313	718324	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009089	AAAAGA	2	12	720325	720336	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009089	GAAAAT	2	12	729730	729741	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009089	GAAAAA	2	12	731246	731257	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009089	AAAATT	2	12	733593	733604	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009089	GTAAAA	2	12	738136	738147	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009089	TTAGTA	2	12	743763	743774	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009089	TTAGTA	2	12	743805	743816	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009089	TTAGTA	2	12	743847	743858	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009089	TTAGTA	2	12	743889	743900	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009089	AGAGTA	2	12	750943	750954	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009089	TATAAA	2	12	752448	752459	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009089	ATAGTA	2	12	753465	753476	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009089	AATATT	2	12	760279	760290	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009089	AATATT	2	12	760379	760390	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009089	TAATAT	2	12	760484	760495	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009089	TAAATT	2	12	762937	762948	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009089	AGATAA	2	12	765632	765643	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009089	TTTATT	2	12	776984	776995	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009089	TAAATT	2	12	777506	777517	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009089	ATTTTT	2	12	782318	782329	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009089	TTTATT	2	12	785689	785700	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009089	AAATAT	2	12	786239	786250	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009089	TTAAAA	2	12	812489	812500	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009089	AGAGAT	2	12	814341	814352	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009089	AATAAA	2	12	816504	816515	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009089	AGGTTT	2	12	816634	816645	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009089	TATTTT	2	12	818258	818269	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009089	GAAAAA	2	12	821153	821164	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009089	TTAATT	2	12	831131	831142	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009089	TTAATA	2	12	842480	842491	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009089	TATAAA	2	12	853804	853815	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009089	TAAATA	2	12	853884	853895	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009089	TATAAA	2	12	853960	853971	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009089	TAAATA	2	12	853996	854007	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009089	TGATTT	2	12	854042	854053	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009089	TTAAAA	2	12	863375	863386	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009089	TATTAA	2	12	889184	889195	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009089	CAAAAA	2	12	902283	902294	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_009089	AAAAGA	2	12	902377	902388	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009089	TTAAAT	2	12	903664	903675	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009089	TTAATT	2	12	906852	906863	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009089	TAAAAA	2	12	917597	917608	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009089	TATTAA	2	12	920182	920193	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009089	TAAGAG	2	12	926233	926244	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009089	TTTTAT	2	12	929001	929012	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009089	AGGAAA	2	12	938442	938453	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009089	GGTCTT	2	12	938527	938538	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_009089	TGTATA	2	12	954456	954467	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009089	TATTTT	2	12	954491	954502	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009089	TTATAT	2	12	964983	964994	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009089	TTTATA	2	12	966822	966833	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009089	TTAAAA	2	12	1008069	1008080	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009089	ATTTTA	2	12	1012414	1012425	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009089	GTAATA	2	12	1021932	1021943	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009089	TTCCTG	2	12	1033892	1033903	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_009089	CTTAAC	2	12	1034624	1034635	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_009089	TATTTC	2	12	1035325	1035336	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_009089	GAGTAA	2	12	1036266	1036277	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009089	AGAAGG	2	12	1039703	1039714	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009089	ATTAAA	2	12	1069650	1069661	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009089	TAAAAA	2	12	1069995	1070006	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009089	TAAAAT	2	12	1074415	1074426	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009089	TAAAAA	2	12	1074462	1074473	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_009089	AATATA	2	12	1086274	1086285	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009089	ATTAAA	2	12	1093361	1093372	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009089	TGCAGG	2	12	1110431	1110442	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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260	NC_009089	TTATTT	2	12	2250061	2250072	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
261	NC_009089	ATTTTA	2	12	2257522	2257533	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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263	NC_009089	TCTATT	2	12	2293175	2293186	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
264	NC_009089	ACTTTT	2	12	2295632	2295643	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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280	NC_009089	AATTTA	2	12	2388875	2388886	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.