MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Clostridium thermocellum ATCC 27405 chromosome

Total Repeats: 17134

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4001	NC_009012	GTA	2	6	1011704	1011709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4002	NC_009012	CAC	2	6	1011725	1011730	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4003	NC_009012	CA	3	6	1011813	1011818	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
4004	NC_009012	A	6	6	1011849	1011854	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4005	NC_009012	TAA	2	6	1011870	1011875	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4006	NC_009012	TCTA	2	8	1011892	1011899	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
4007	NC_009012	AC	3	6	1012381	1012386	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
4008	NC_009012	CCAA	2	8	1012392	1012399	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
4009	NC_009012	TGA	2	6	1012405	1012410	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4010	NC_009012	GAC	2	6	1013558	1013563	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4011	NC_009012	ATT	2	6	1014822	1014827	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4012	NC_009012	TCC	2	6	1015298	1015303	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4013	NC_009012	AT	3	6	1015330	1015335	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4014	NC_009012	TCT	2	6	1016166	1016171	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4015	NC_009012	TA	4	8	1016232	1016239	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4016	NC_009012	A	7	7	1016259	1016265	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4017	NC_009012	GTT	2	6	1016279	1016284	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4018	NC_009012	AATTT	2	10	1016285	1016294	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4019	NC_009012	T	6	6	1016292	1016297	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4020	NC_009012	TA	4	8	1016300	1016307	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4021	NC_009012	AT	3	6	1016315	1016320	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4022	NC_009012	CCT	2	6	1016756	1016761	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4023	NC_009012	TGC	2	6	1016763	1016768	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4024	NC_009012	ATTAT	2	10	1016817	1016826	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4025	NC_009012	AT	4	8	1017546	1017553	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4026	NC_009012	TAA	2	6	1017579	1017584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4027	NC_009012	TCC	2	6	1018229	1018234	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4028	NC_009012	TTA	2	6	1018880	1018885	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4029	NC_009012	ATC	2	6	1020578	1020583	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4030	NC_009012	CTT	2	6	1020795	1020800	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4031	NC_009012	TCC	2	6	1020805	1020810	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4032	NC_009012	TTA	2	6	1020861	1020866	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4033	NC_009012	C	6	6	1022437	1022442	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
4034	NC_009012	T	6	6	1022488	1022493	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4035	NC_009012	TTA	2	6	1022506	1022511	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4036	NC_009012	A	7	7	1022539	1022545	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4037	NC_009012	A	7	7	1022561	1022567	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4038	NC_009012	ATTA	2	8	1023066	1023073	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4039	NC_009012	AT	3	6	1023162	1023167	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4040	NC_009012	A	6	6	1023747	1023752	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4041	NC_009012	ATAA	2	8	1023845	1023852	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4042	NC_009012	TTA	2	6	1023857	1023862	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4043	NC_009012	ATTAA	2	10	1023879	1023888	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4044	NC_009012	AAAAT	2	10	1025047	1025056	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4045	NC_009012	TAAA	2	8	1025067	1025074	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4046	NC_009012	CATGT	2	10	1025075	1025084	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
4047	NC_009012	CAA	2	6	1025085	1025090	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4048	NC_009012	CATGT	2	10	1025091	1025100	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
4049	NC_009012	TAA	2	6	1025101	1025106	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4050	NC_009012	TAT	2	6	1025561	1025566	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4051	NC_009012	AT	3	6	1025565	1025570	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4052	NC_009012	AAT	2	6	1025619	1025624	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4053	NC_009012	TCA	2	6	1025692	1025697	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4054	NC_009012	T	6	6	1025709	1025714	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4055	NC_009012	CTG	2	6	1025740	1025745	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4056	NC_009012	TAT	2	6	1025803	1025808	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4057	NC_009012	TCC	2	6	1025819	1025824	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4058	NC_009012	TCG	2	6	1025874	1025879	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4059	NC_009012	ATT	2	6	1025912	1025917	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4060	NC_009012	GTT	2	6	1025938	1025943	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4061	NC_009012	T	6	6	1026046	1026051	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4062	NC_009012	CCAT	2	8	1026099	1026106	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
4063	NC_009012	CAAT	2	8	1026122	1026129	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
4064	NC_009012	TA	3	6	1026130	1026135	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4065	NC_009012	T	6	6	1026153	1026158	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4066	NC_009012	CCT	2	6	1026159	1026164	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4067	NC_009012	TA	3	6	1026181	1026186	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4068	NC_009012	AT	3	6	1026210	1026215	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4069	NC_009012	T	6	6	1026240	1026245	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4070	NC_009012	CAG	2	6	1026333	1026338	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4071	NC_009012	A	6	6	1026413	1026418	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4072	NC_009012	TAT	2	6	1026419	1026424	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4073	NC_009012	ATA	2	6	1026448	1026453	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4074	NC_009012	TTA	2	6	1026454	1026459	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4075	NC_009012	T	6	6	1026506	1026511	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4076	NC_009012	TCC	2	6	1026796	1026801	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4077	NC_009012	TA	3	6	1026870	1026875	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4078	NC_009012	ATA	3	9	1026873	1026881	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4079	NC_009012	T	6	6	1027831	1027836	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4080	NC_009012	A	6	6	1027844	1027849	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4081	NC_009012	ATT	2	6	1027862	1027867	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4082	NC_009012	ATA	2	6	1027878	1027883	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4083	NC_009012	CTCC	2	8	1029588	1029595	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
4084	NC_009012	TGCA	2	8	1029631	1029638	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
4085	NC_009012	T	7	7	1029672	1029678	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4086	NC_009012	CT	3	6	1030585	1030590	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4087	NC_009012	ATT	2	6	1030593	1030598	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4088	NC_009012	CTC	2	6	1031129	1031134	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4089	NC_009012	AC	3	6	1031167	1031172	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
4090	NC_009012	CAA	2	6	1031177	1031182	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4091	NC_009012	ACTATA	2	12	1031183	1031194	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4092	NC_009012	AAT	2	6	1031200	1031205	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4093	NC_009012	ATT	2	6	1031243	1031248	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4094	NC_009012	T	7	7	1031247	1031253	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4095	NC_009012	A	10	10	1031281	1031290	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4096	NC_009012	ATA	2	6	1031296	1031301	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4097	NC_009012	AATT	2	8	1031324	1031331	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4098	NC_009012	TAT	2	6	1031338	1031343	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4099	NC_009012	TTA	2	6	1031399	1031404	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4100	NC_009012	ATA	2	6	1032498	1032503	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4101	NC_009012	T	6	6	1032537	1032542	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4102	NC_009012	A	7	7	1032562	1032568	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4103	NC_009012	TA	3	6	1032607	1032612	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4104	NC_009012	A	8	8	1032628	1032635	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4105	NC_009012	GCC	2	6	1032723	1032728	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4106	NC_009012	CAA	2	6	1032746	1032751	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4107	NC_009012	ATT	2	6	1032752	1032757	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4108	NC_009012	TTTA	2	8	1032758	1032765	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
4109	NC_009012	GTT	2	6	1033302	1033307	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4110	NC_009012	ATG	2	6	1033326	1033331	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4111	NC_009012	TAACA	2	10	1033342	1033351	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
4112	NC_009012	CCG	2	6	1034386	1034391	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4113	NC_009012	AT	4	8	1035071	1035078	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4114	NC_009012	ATT	2	6	1035839	1035844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4115	NC_009012	TTAAAA	2	12	1035857	1035868	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4116	NC_009012	T	6	6	1035870	1035875	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4117	NC_009012	AGAC	2	8	1035924	1035931	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
4118	NC_009012	GCA	2	6	1037141	1037146	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4119	NC_009012	T	8	8	1037174	1037181	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4120	NC_009012	TTTA	2	8	1037193	1037200	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
4121	NC_009012	AAT	2	6	1037216	1037221	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4122	NC_009012	AGG	2	6	1037285	1037290	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4123	NC_009012	T	7	7	1037624	1037630	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4124	NC_009012	CTT	2	6	1037635	1037640	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4125	NC_009012	T	6	6	1037644	1037649	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4126	NC_009012	ATT	2	6	1037660	1037665	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4127	NC_009012	AT	3	6	1037666	1037671	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4128	NC_009012	ATT	2	6	1037685	1037690	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4129	NC_009012	A	6	6	1037698	1037703	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4130	NC_009012	T	6	6	1037707	1037712	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4131	NC_009012	A	6	6	1037743	1037748	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4132	NC_009012	ATT	2	6	1037757	1037762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4133	NC_009012	TTG	2	6	1037763	1037768	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4134	NC_009012	TG	3	6	1037812	1037817	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
4135	NC_009012	A	7	7	1040033	1040039	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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4405	NC_009012	CTGT	2	8	1098370	1098377	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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