MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Ruthia magnifica str. Cm (Calyptogena magnifica)

Total Repeats: 98

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008610	ACCAGT	2	12	19919	19930	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_008610	AAATAA	2	12	41994	42005	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008610	TAGGTT	2	12	43628	43639	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008610	CCCTAG	2	12	46785	46796	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
5	NC_008610	ATAAAT	2	12	77774	77785	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008610	AGCTTT	2	12	85362	85373	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_008610	TAAAAT	2	12	89814	89825	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008610	ACTTGC	2	12	115285	115296	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_008610	TGTTAT	2	12	120331	120342	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008610	AATTGG	2	12	121319	121330	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008610	ACGTTA	2	12	121727	121738	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_008610	TTAATT	2	12	139779	139790	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008610	GAATTT	2	12	158721	158732	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008610	TGAAGA	2	12	175874	175885	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008610	GATGAA	2	12	176123	176134	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008610	TATATT	2	12	178709	178720	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008610	TATATG	2	12	205758	205769	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008610	TATATT	2	12	211858	211869	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008610	ATTAAC	3	18	223797	223814	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_008610	TATTTT	2	12	224097	224108	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008610	TAAAAT	2	12	230046	230057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008610	TACAAC	2	12	242921	242932	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_008610	AAGAAC	2	12	282335	282346	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_008610	ATTTTC	2	12	314728	314739	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_008610	TTTTAA	2	12	338725	338736	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008610	CACATA	2	12	386226	386237	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_008610	TTAGAT	2	12	388089	388100	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008610	GCTTTT	2	12	400864	400875	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_008610	TAGCAA	2	12	406008	406019	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_008610	TTAATT	2	12	406165	406176	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008610	TAAAAT	2	12	407460	407471	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008610	AACTTA	2	12	407838	407849	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_008610	TACGTA	2	12	415964	415975	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_008610	AAATTT	2	12	423000	423011	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008610	GCATAA	2	12	439995	440006	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_008610	TAAAAT	2	12	442640	442651	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008610	TGATTG	2	12	462888	462899	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008610	ACTCTT	2	12	503078	503089	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_008610	TATTTT	2	12	506541	506552	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008610	TTTTTA	2	12	534371	534382	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008610	ATTTAT	2	12	534656	534667	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008610	TTGAAA	2	12	550334	550345	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008610	TATAAA	2	12	550489	550500	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008610	CTAATC	2	12	554035	554046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_008610	TTTAAA	2	12	554119	554130	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008610	AAATAA	2	12	571685	571696	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008610	GTTCAA	2	12	591304	591315	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_008610	GGTGCA	2	12	635935	635946	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_008610	GTTCTA	2	12	650210	650221	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_008610	ACACTA	2	12	684565	684576	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008610	TTATTT	2	12	708936	708947	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008610	GTCATT	2	12	718415	718426	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_008610	ATTTTT	2	12	723286	723297	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008610	CATTAT	2	12	726186	726197	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_008610	ATCAAC	2	12	726553	726564	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_008610	TAAAAT	2	12	727380	727391	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008610	CATAAA	2	12	743649	743660	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_008610	TATTTT	2	12	749113	749124	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008610	CTGTAC	2	12	749316	749327	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008610	TTTTAT	2	12	756415	756426	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008610	AATGAT	2	12	761740	761751	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008610	CTTAAA	2	12	769331	769342	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_008610	GGTACA	2	12	798521	798532	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_008610	ACAAAA	2	12	827206	827217	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_008610	ACTAGA	2	12	828273	828284	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_008610	TACTCA	2	12	829117	829128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_008610	TGGTTT	2	12	839873	839884	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008610	ATTTAA	2	12	878117	878128	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008610	ACAAAA	2	12	879371	879382	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_008610	CTTTTC	2	12	885793	885804	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_008610	TTAAGG	3	18	889651	889668	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008610	GTTACC	2	12	890336	890347	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_008610	AGAACA	2	12	894581	894592	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_008610	GTCATG	2	12	914405	914416	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_008610	AATATC	2	12	942496	942507	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_008610	CAAATT	2	12	950169	950180	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_008610	TATTTT	2	12	952563	952574	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008610	AAAACA	2	12	953158	953169	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_008610	TAATCA	2	12	968539	968550	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_008610	AGAAAA	2	12	968999	969010	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008610	ATTAAA	2	12	974740	974751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008610	TAAAAA	2	12	996250	996261	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008610	TTTAAA	2	12	1002580	1002591	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008610	GCACTC	2	12	1004760	1004771	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
85	NC_008610	CTTTCT	2	12	1007423	1007434	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_008610	ATTGTT	2	12	1007709	1007720	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008610	CAAAAA	2	12	1011833	1011844	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_008610	ATCCCT	2	12	1058421	1058432	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_008610	AAAATA	2	12	1066065	1066076	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008610	AAGAAA	2	12	1068005	1068016	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008610	CAATTT	2	12	1078424	1078435	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_008610	ATAAGG	2	12	1081690	1081701	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008610	TTTCAT	2	12	1091598	1091609	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_008610	TTAAAA	2	12	1096936	1096947	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008610	TTAAAA	2	12	1119033	1119044	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008610	ATTAAA	2	12	1123869	1123880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008610	TTCTAT	2	12	1135432	1135443	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_008610	AATTTG	2	12	1155918	1155929	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.