MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium perfringens SM101 chromosome

Total Repeats: 333

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008262	TACTAT	2	12	1796	1807	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_008262	TTTTAG	2	12	16100	16111	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008262	TAAATA	2	12	21083	21094	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008262	AAAATG	2	12	24152	24163	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008262	TAAATT	2	12	41083	41094	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008262	TTTAAT	2	12	45453	45464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008262	TGTTTT	2	12	72063	72074	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008262	AATTAT	2	12	85581	85592	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008262	TTTAAA	2	12	107301	107312	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008262	AATAGA	2	12	114910	114921	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008262	AGTTTA	2	12	122900	122911	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008262	ATTTAA	2	12	122991	123002	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008262	TACTAA	2	12	123106	123117	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_008262	TTATAT	2	12	125645	125656	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008262	TATTTT	2	12	128451	128462	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008262	ATTTAA	2	12	137923	137934	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008262	TATATT	2	12	139846	139857	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008262	TAAAAA	2	12	142677	142688	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008262	TAAGAT	2	12	153509	153520	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008262	AAAAAG	2	12	155516	155527	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008262	TATAAA	2	12	159673	159684	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008262	TTAGTT	2	12	165217	165228	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008262	TTTATG	2	12	167112	167123	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008262	ATAGAA	2	12	170407	170418	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008262	AAAGTT	2	12	171112	171123	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008262	TAATTT	2	12	174315	174326	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008262	TTTAAA	2	12	175321	175332	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008262	ATACAA	2	12	175522	175533	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_008262	TTTTTA	2	12	186041	186052	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008262	CTATAA	2	12	190492	190503	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_008262	TTTAAT	2	12	195609	195620	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008262	ATAAAA	2	12	197131	197142	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008262	TTAAAG	2	12	197143	197154	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008262	TAAAAA	2	12	203196	203207	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008262	TTTAAA	2	12	207160	207171	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008262	CAAAAA	2	12	214284	214295	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_008262	AAATAA	2	12	214302	214313	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008262	AGTTTT	2	12	220387	220398	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008262	TTAATT	2	12	221503	221514	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008262	TAATGG	2	12	223096	223107	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008262	AAAATA	2	12	224085	224096	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008262	ATGAAT	2	12	238363	238374	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008262	ATTATA	2	12	239390	239401	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008262	GTGAAT	2	12	239911	239922	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008262	ACATAT	2	12	244868	244879	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_008262	AAATAT	2	12	245459	245470	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008262	AAATTA	2	12	260782	260793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008262	AAGAAA	2	12	274000	274011	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008262	AATTTT	2	12	280727	280738	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008262	AATAAA	2	12	282308	282319	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008262	TAACAT	2	12	302183	302194	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_008262	ATTAAT	2	12	302593	302604	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008262	TGAATT	2	12	302605	302616	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008262	ATTTCA	2	12	302822	302833	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_008262	AATTAA	2	12	303735	303746	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008262	TTTGAA	2	12	304282	304293	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008262	ATTTTA	2	12	309796	309807	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008262	GTTTTT	2	12	310669	310680	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008262	AAAATT	2	12	311601	311612	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_008262	TATTTA	2	12	312873	312884	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008262	TATTAA	2	12	323010	323021	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008262	GTATAA	2	12	323682	323693	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008262	TATAAT	2	12	331653	331664	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008262	AAATTA	2	12	354055	354066	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008262	AATTAA	2	12	367272	367283	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008262	AATAAA	2	12	369279	369290	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008262	TTAAAA	2	12	378485	378496	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008262	TGTGCA	2	12	379114	379125	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_008262	AAATAT	2	12	397574	397585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008262	TAATTA	2	12	397628	397639	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008262	AATATA	2	12	409833	409844	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008262	TTAAAA	2	12	412630	412641	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008262	AAATAT	2	12	426080	426091	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008262	TTTATA	2	12	464596	464607	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008262	AATATT	2	12	474223	474234	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008262	AAAAAG	2	12	481857	481868	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008262	TAAAAG	2	12	515884	515895	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008262	AATAGA	4	24	518646	518669	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008262	AAATTA	2	12	527460	527471	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008262	ATTCTT	2	12	530062	530073	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_008262	TTAATA	2	12	552118	552129	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008262	AAATGT	2	12	553839	553850	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008262	TTTAAT	2	12	563293	563304	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008262	ATTTAC	2	12	570438	570449	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_008262	TATAAA	2	12	580472	580483	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_008262	TTTTAT	2	12	584129	584140	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008262	TTTTAT	2	12	585125	585136	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008262	ATTAAA	2	12	605391	605402	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008262	TTTAAT	2	12	606117	606128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008262	ATTTAT	2	12	608274	608285	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008262	TTAAAA	2	12	612374	612385	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008262	ATTAAA	2	12	616813	616824	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008262	AATCAA	2	12	653971	653982	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_008262	ATTTTG	2	12	658545	658556	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008262	AAATTT	2	12	666338	666349	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008262	ATACTT	2	12	670318	670329	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_008262	AAATTT	2	12	688484	688495	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008262	AAAGAA	2	12	714026	714037	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008262	TTAAAG	2	12	717389	717400	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008262	TCAATT	2	12	730197	730208	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_008262	TTTTTA	2	12	739848	739859	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008262	AAATAT	2	12	742709	742720	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008262	AATGAA	2	12	748706	748717	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008262	TTTTTA	2	12	750816	750827	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008262	ATTTAG	2	12	750938	750949	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008262	TAAACA	2	12	762798	762809	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_008262	TTAATT	2	12	763823	763834	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008262	ATAAAA	2	12	764311	764322	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008262	AAAAAC	2	12	779811	779822	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_008262	TTGAAA	2	12	786282	786293	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008262	TATCTA	2	12	799732	799743	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_008262	TGGTAA	2	12	813622	813633	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008262	TTAAAT	2	12	842588	842599	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008262	ATTTTA	2	12	871724	871735	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008262	TTTTAT	2	12	882962	882973	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008262	TTAATA	2	12	886644	886655	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008262	TTTTTA	2	12	886717	886728	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008262	GATTTG	2	12	894147	894158	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008262	ATTTAT	2	12	897703	897714	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008262	TGAAAA	2	12	902944	902955	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008262	TTGATA	2	12	911427	911438	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008262	TTATAA	2	12	914787	914798	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008262	TTAATA	2	12	918192	918203	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008262	AGTATA	2	12	924767	924778	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008262	AATATA	2	12	928293	928304	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008262	TAAGAG	2	12	944005	944016	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008262	AATATA	2	12	949364	949375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008262	TATTTT	2	12	960622	960633	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008262	TTCTTT	2	12	966145	966156	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_008262	AGGTTT	2	12	969710	969721	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008262	ATTTAA	2	12	969802	969813	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008262	TAAAAA	2	12	981170	981181	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008262	AGTGAT	2	12	983068	983079	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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261	NC_008262	TTTTAA	2	12	2219981	2219992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
262	NC_008262	AATTTA	2	12	2220995	2221006	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
263	NC_008262	ATTTTA	2	12	2242225	2242236	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
264	NC_008262	AATATT	2	12	2248159	2248170	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
265	NC_008262	TTAAAT	2	12	2265716	2265727	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
266	NC_008262	TCCTTA	2	12	2270956	2270967	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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268	NC_008262	TTTAAT	2	12	2275871	2275882	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
269	NC_008262	ATGCAT	2	12	2281965	2281976	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
270	NC_008262	ATTTAT	2	12	2286014	2286025	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
271	NC_008262	CTTATA	2	12	2286908	2286919	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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273	NC_008262	TTTTTA	2	12	2345297	2345308	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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279	NC_008262	ATTTAT	2	12	2417138	2417149	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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282	NC_008262	TTTATT	2	12	2428910	2428921	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
283	NC_008262	ATATTT	2	12	2430347	2430358	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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286	NC_008262	ATTTAA	2	12	2464736	2464747	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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290	NC_008262	TTTAAT	2	12	2534861	2534872	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.