MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Clostridium perfringens SM101 chromosome

Total Repeats: 17609

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008262	ATT	2	6	1	6	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008262	T	6	6	5	10	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008262	TA	3	6	48	53	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008262	CAA	2	6	65	70	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_008262	TTG	2	6	87	92	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008262	T	7	7	97	103	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008262	ATA	2	6	104	109	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008262	TAA	2	6	138	143	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008262	TAA	2	6	165	170	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008262	GGA	2	6	224	229	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008262	ATA	2	6	1622	1627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008262	TAT	2	6	1634	1639	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008262	ATT	2	6	1657	1662	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008262	TAT	2	6	1668	1673	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008262	T	6	6	1673	1678	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008262	TTATT	2	10	1684	1693	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008262	A	6	6	1735	1740	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008262	TACTAT	2	12	1796	1807	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_008262	TAT	4	12	1805	1816	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008262	TAT	2	6	1820	1825	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008262	AT	3	6	1832	1837	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008262	TAT	2	6	1839	1844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008262	AGG	2	6	1889	1894	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008262	TAAAT	2	10	3006	3015	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008262	T	6	6	3063	3068	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008262	ATTTT	2	10	3069	3078	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008262	T	7	7	3075	3081	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008262	TG	3	6	3116	3121	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008262	AGG	2	6	4477	4482	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008262	TTA	2	6	4777	4782	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008262	ATTT	2	8	4789	4796	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008262	ATTT	2	8	4828	4835	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008262	AAT	2	6	4877	4882	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008262	GTT	2	6	4922	4927	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008262	ATT	2	6	4932	4937	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008262	TGC	2	6	4964	4969	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_008262	TA	3	6	4970	4975	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008262	GGA	2	6	4976	4981	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008262	T	6	6	9483	9488	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008262	T	7	7	9490	9496	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008262	CTA	2	6	9505	9510	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_008262	T	6	6	9520	9525	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008262	ATA	2	6	9533	9538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008262	ATAA	2	8	9543	9550	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008262	ATT	2	6	9586	9591	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008262	AAAT	2	8	9625	9632	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008262	ATATA	2	10	9640	9649	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008262	AAT	2	6	9668	9673	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008262	ATATA	2	10	9709	9718	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008262	CAA	2	6	9795	9800	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008262	A	6	6	9804	9809	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008262	A	6	6	9830	9835	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008262	T	6	6	9837	9842	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008262	GAA	2	6	9843	9848	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008262	AAG	2	6	9884	9889	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008262	CGA	2	6	9901	9906	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_008262	AGA	2	6	9931	9936	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008262	GGC	2	6	10029	10034	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_008262	GCG	2	6	10087	10092	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008262	CAT	3	9	10182	10190	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_008262	TGG	2	6	10243	10248	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008262	CGA	2	6	10267	10272	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_008262	GCA	2	6	10341	10346	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_008262	GCA	2	6	10381	10386	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_008262	CGC	2	6	10388	10393	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_008262	GTGA	2	8	10394	10401	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008262	AGG	2	6	10457	10462	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008262	CAG	2	6	10484	10489	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_008262	TGC	2	6	10594	10599	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_008262	AGGAG	2	10	10625	10634	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008262	GAA	2	6	10676	10681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008262	CT	3	6	10700	10705	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_008262	GCC	2	6	10819	10824	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_008262	GAA	2	6	10937	10942	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008262	GGT	2	6	11011	11016	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008262	GTC	2	6	11025	11030	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_008262	TCGTG	2	10	11034	11043	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_008262	GTTA	2	8	11084	11091	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008262	AGG	2	6	11136	11141	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008262	ATC	2	6	11161	11166	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_008262	AC	3	6	11188	11193	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_008262	AG	3	6	11213	11218	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008262	AC	3	6	11356	11361	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_008262	AGG	2	6	11415	11420	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008262	CCT	2	6	11497	11502	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_008262	GAT	2	6	11532	11537	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008262	ATA	2	6	11550	11555	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008262	GA	3	6	11571	11576	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008262	TC	3	6	11580	11585	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_008262	TAATT	2	10	11611	11620	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008262	ACA	2	6	11628	11633	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_008262	GGA	2	6	11901	11906	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008262	AGAA	2	8	11909	11916	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008262	TAG	2	6	11930	11935	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008262	GCGA	2	8	11938	11945	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
96	NC_008262	ACATA	2	10	11989	11998	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_008262	ACC	2	6	12138	12143	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_008262	TAC	2	6	12157	12162	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_008262	TGA	2	6	12164	12169	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008262	GGGAG	2	10	12214	12223	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008262	TGA	2	6	12278	12283	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008262	GGA	2	6	12453	12458	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008262	TC	3	6	12540	12545	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_008262	AGT	2	6	12577	12582	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008262	TAAGT	2	10	12740	12749	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008262	AGC	2	6	12796	12801	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_008262	CATT	2	8	12802	12809	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_008262	GA	3	6	12837	12842	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008262	ACC	2	6	12875	12880	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_008262	CGT	2	6	12920	12925	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_008262	TTA	2	6	13138	13143	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008262	AGG	2	6	13159	13164	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008262	GT	3	6	13168	13173	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008262	GCTA	2	8	13174	13181	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_008262	AG	4	8	13307	13314	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008262	AGT	2	6	13316	13321	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008262	AGGT	2	8	13343	13350	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008262	GAG	2	6	13351	13356	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008262	CGG	2	6	13370	13375	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_008262	CGG	2	6	13598	13603	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_008262	TGG	2	6	13848	13853	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008262	ACC	2	6	13869	13874	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_008262	GGC	2	6	13898	13903	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_008262	CCT	2	6	13957	13962	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_008262	GGT	2	6	14093	14098	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008262	TCG	2	6	14208	14213	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_008262	CGT	2	6	14288	14293	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_008262	GAG	2	6	14337	14342	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008262	GTT	2	6	14391	14396	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008262	GAA	2	6	14512	14517	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008262	TAAAT	2	10	14603	14612	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008262	ATT	2	6	14659	14664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008262	TGA	2	6	14696	14701	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008262	TG	3	6	14782	14787	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008262	GGT	2	6	14796	14801	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008262	CCA	2	6	14886	14891	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_008262	T	6	6	14892	14897	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008262	CCA	2	6	14968	14973	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
139	NC_008262	T	7	7	14998	15004	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008262	CA	3	6	15100	15105	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_008262	AAAT	2	8	15110	15117	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008262	AT	3	6	15125	15130	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008262	ATA	2	6	15165	15170	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008262	TA	3	6	15169	15174	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008262	TAA	2	6	15753	15758	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_008262	TAAA	2	8	15774	15781	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_008262	TTA	2	6	15784	15789	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_008262	AAT	2	6	15819	15824	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008262	AAT	2	6	15849	15854	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_008262	ATA	2	6	15872	15877	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_008262	TA	3	6	15928	15933	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_008262	TAT	2	6	15940	15945	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_008262	TAT	2	6	15971	15976	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_008262	TA	3	6	15991	15996	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_008262	AT	3	6	16026	16031	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_008262	TA	4	8	16125	16132	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_008262	AT	4	8	42168	42175	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_008262	TTG	2	6	42212	42217	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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295	NC_008262	T	6	6	43020	43025	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_008262	ATT	3	9	43030	43038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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446	NC_008262	AAT	2	6	66535	66540	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
447	NC_008262	AGG	2	6	66552	66557	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
448	NC_008262	AAT	2	6	67683	67688	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
449	NC_008262	TTA	2	6	67689	67694	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
450	NC_008262	AT	3	6	68625	68630	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
451	NC_008262	A	6	6	68663	68668	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
452	NC_008262	A	6	6	68670	68675	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
453	NC_008262	TA	3	6	68685	68690	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
454	NC_008262	TAA	3	9	68702	68710	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
455	NC_008262	ATA	2	6	70027	70032	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
456	NC_008262	ATA	2	6	70046	70051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
457	NC_008262	TCC	2	6	70765	70770	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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459	NC_008262	TTA	2	6	70790	70795	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
460	NC_008262	TA	3	6	70794	70799	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
461	NC_008262	A	7	7	70802	70808	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
462	NC_008262	ATCAT	2	10	70810	70819	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
463	NC_008262	TAT	2	6	70865	70870	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
464	NC_008262	TTTA	2	8	70977	70984	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
465	NC_008262	TA	3	6	70999	71004	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
466	NC_008262	TG	3	6	71018	71023	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
467	NC_008262	TTA	2	6	71025	71030	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
468	NC_008262	ATTT	2	8	71062	71069	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
469	NC_008262	AT	3	6	71074	71079	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
470	NC_008262	TTA	2	6	71105	71110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
471	NC_008262	AAG	2	6	71115	71120	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
472	NC_008262	GA	3	6	71121	71126	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
473	NC_008262	ATA	2	6	71926	71931	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
474	NC_008262	ATT	2	6	71935	71940	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
475	NC_008262	AAG	2	6	71990	71995	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
476	NC_008262	AGTA	2	8	72011	72018	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
477	NC_008262	TGTTTT	2	12	72063	72074	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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479	NC_008262	ATAA	2	8	72078	72085	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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481	NC_008262	TA	3	6	72097	72102	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
482	NC_008262	T	6	6	72103	72108	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
483	NC_008262	AGT	2	6	72118	72123	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
484	NC_008262	TAA	2	6	72130	72135	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
485	NC_008262	TAA	2	6	72144	72149	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
486	NC_008262	TATT	2	8	72155	72162	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
487	NC_008262	ATA	2	6	72167	72172	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
488	NC_008262	AGG	2	6	74322	74327	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
489	NC_008262	AAT	2	6	74353	74358	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
490	NC_008262	AG	3	6	74365	74370	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
491	NC_008262	GATAG	2	10	74377	74386	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
492	NC_008262	AGG	2	6	74391	74396	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
493	NC_008262	TTTA	2	8	75020	75027	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
494	NC_008262	AGA	2	6	75030	75035	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
495	NC_008262	CTT	2	6	75053	75058	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
496	NC_008262	T	6	6	75057	75062	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
497	NC_008262	ATT	2	6	75065	75070	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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500	NC_008262	TAT	2	6	75145	75150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

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