MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Cupriavidus metallidurans CH34 chromosome

Total Repeats: 442

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007973	GGCAG	2	10	25	34	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
2	NC_007973	GAGAC	2	10	23680	23689	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_007973	CAGGG	2	10	24576	24585	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
4	NC_007973	CTGGT	2	10	33114	33123	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_007973	TGCCC	2	10	44307	44316	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
6	NC_007973	GGCCG	2	10	58422	58431	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
7	NC_007973	GTCGC	2	10	59557	59566	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_007973	GCTCC	2	10	67563	67572	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
9	NC_007973	TTCAC	2	10	67660	67669	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_007973	GGTGC	2	10	68149	68158	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
11	NC_007973	GCCCG	2	10	69018	69027	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
12	NC_007973	TGATG	2	10	80332	80341	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007973	CCGCG	2	10	80425	80434	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
14	NC_007973	GAAGC	2	10	83026	83035	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_007973	CGCTT	2	10	88064	88073	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_007973	CGCTT	2	10	101654	101663	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_007973	CGCGG	2	10	102380	102389	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
18	NC_007973	CATCC	2	10	124860	124869	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
19	NC_007973	GAAAA	2	10	132122	132131	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007973	GGGAA	2	10	147334	147343	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007973	GCCGG	2	10	157523	157532	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
22	NC_007973	CGGGG	2	10	164191	164200	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
23	NC_007973	GCAAG	2	10	167702	167711	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_007973	CGCGG	2	10	171991	172000	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
25	NC_007973	ACGGA	2	10	175575	175584	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_007973	TCCTC	2	10	195710	195719	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
27	NC_007973	CCTCG	2	10	195725	195734	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
28	NC_007973	CCCGG	2	10	202878	202887	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
29	NC_007973	CTTTT	2	10	203594	203603	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_007973	TCGTG	2	10	214199	214208	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_007973	TGATG	2	10	214209	214218	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007973	GTACG	2	10	214247	214256	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_007973	AGGCA	2	10	226659	226668	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_007973	CTCCG	2	10	241189	241198	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
35	NC_007973	CGCCA	2	10	241501	241510	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
36	NC_007973	GGCAG	2	10	246429	246438	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
37	NC_007973	TGCCA	2	10	255288	255297	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_007973	ACCCA	2	10	268701	268710	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
39	NC_007973	CGCGG	2	10	269157	269166	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
40	NC_007973	CGAAG	2	10	282438	282447	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_007973	CCCGG	2	10	294357	294366	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
42	NC_007973	CGGGG	2	10	294392	294401	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
43	NC_007973	GCGCC	2	10	294605	294614	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
44	NC_007973	AGCAT	2	10	315590	315599	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_007973	CGCGT	2	10	325944	325953	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_007973	CGCTT	2	10	327348	327357	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_007973	CGCTT	2	10	333712	333721	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_007973	TCGGC	2	10	342003	342012	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_007973	TTTTC	2	10	346082	346091	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_007973	TGCCT	2	10	355638	355647	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_007973	TTGTG	2	10	362373	362382	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007973	GGCGG	2	10	364745	364754	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
53	NC_007973	AGCGC	2	10	371435	371444	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_007973	GGGGA	2	10	392831	392840	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007973	GGTCG	2	10	395405	395414	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
56	NC_007973	TGGCG	2	10	402019	402028	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
57	NC_007973	GGAGA	2	10	417939	417948	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007973	CGGAA	2	10	431458	431467	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_007973	CAGGG	2	10	435745	435754	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
60	NC_007973	TGCTT	2	10	436013	436022	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_007973	TCGAC	2	10	437115	437124	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_007973	AGGTC	2	10	437201	437210	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_007973	GGTGC	2	10	442799	442808	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
64	NC_007973	AGGGG	2	10	451317	451326	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007973	CGGGT	2	10	475608	475617	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
66	NC_007973	GGGTG	2	10	478507	478516	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007973	GGCCC	2	10	482274	482283	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
68	NC_007973	GCCGG	2	10	484002	484011	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
69	NC_007973	AGCGC	2	10	484026	484035	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_007973	TATCG	2	10	484044	484053	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_007973	ACTGG	2	10	488443	488452	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_007973	GTTTT	2	10	501547	501556	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007973	CACAA	2	10	501839	501848	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_007973	CGGGC	2	10	502601	502610	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
75	NC_007973	GCCTG	2	10	506211	506220	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_007973	CCTGG	2	10	506471	506480	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_007973	GCGTT	2	10	508136	508145	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_007973	GCATG	2	10	530929	530938	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_007973	TCCCA	2	10	551652	551661	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
80	NC_007973	GAGGG	2	10	564810	564819	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007973	GAGGG	2	10	564822	564831	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007973	TCCGG	2	10	572321	572330	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_007973	GGCGG	2	10	606357	606366	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
84	NC_007973	ATAGC	2	10	624358	624367	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_007973	ACGCC	2	10	630411	630420	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_007973	ATCGC	2	10	639381	639390	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_007973	GGGGA	2	10	659788	659797	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007973	CGCTT	2	10	659896	659905	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_007973	TTCGG	2	10	709060	709069	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_007973	GCTCG	2	10	717864	717873	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_007973	CGTGT	2	10	718087	718096	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_007973	GCATT	2	10	729947	729956	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_007973	GGCCG	2	10	735910	735919	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
94	NC_007973	GAAGC	2	10	759763	759772	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_007973	TCAGA	2	10	761365	761374	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_007973	GCCGC	2	10	761409	761418	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
97	NC_007973	GCCAG	2	10	763255	763264	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_007973	GCAAG	2	10	772463	772472	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_007973	AGGAG	2	10	774827	774836	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007973	CGGCA	2	10	784024	784033	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_007973	ATCAA	2	10	784657	784666	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_007973	CGCGC	2	10	793216	793225	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
103	NC_007973	AACCC	2	10	798999	799008	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
104	NC_007973	GCCGC	2	10	800807	800816	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
105	NC_007973	GCCAG	2	10	824185	824194	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_007973	GCCGC	2	10	828597	828606	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
107	NC_007973	AACAC	2	10	844308	844317	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_007973	GCGAT	2	10	850926	850935	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_007973	AGAAA	2	10	861343	861352	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007973	GCGCG	2	10	861400	861409	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
111	NC_007973	GGCGC	2	10	862191	862200	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
112	NC_007973	CAGTT	2	10	864332	864341	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_007973	GCGCG	2	10	866111	866120	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
114	NC_007973	CCGGC	2	10	866251	866260	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
115	NC_007973	GAGCA	2	10	896554	896563	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_007973	GTCAA	2	10	904489	904498	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_007973	AGTCG	2	10	927267	927276	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_007973	ATAGG	2	10	947481	947490	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_007973	GCGCC	2	10	949526	949535	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
120	NC_007973	TGTCG	2	10	955447	955456	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_007973	GCAAA	2	10	955639	955648	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_007973	GCGCG	2	10	972070	972079	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
123	NC_007973	GTTGC	2	10	1032934	1032943	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_007973	CAGCC	2	10	1033267	1033276	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
125	NC_007973	TGTGT	2	10	1058732	1058741	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_007973	GGGCA	2	10	1066850	1066859	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
127	NC_007973	TTGCG	2	10	1074962	1074971	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
128	NC_007973	CGGGG	2	10	1094790	1094799	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
129	NC_007973	TTTTG	2	10	1095245	1095254	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_007973	GCGAC	2	10	1105608	1105617	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
131	NC_007973	GGTTC	2	10	1124220	1124229	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_007973	CGCTT	2	10	1141407	1141416	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_007973	GGCTT	2	10	1145196	1145205	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
134	NC_007973	TTTTG	2	10	1149776	1149785	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007973	CCGCA	2	10	1171567	1171576	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_007973	GGGCG	2	10	1172707	1172716	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
137	NC_007973	ACACG	2	10	1172838	1172847	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_007973	GTTTT	2	10	1183146	1183155	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_007973	GCCCG	2	10	1183255	1183264	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
140	NC_007973	CAGGC	2	10	1185317	1185326	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
141	NC_007973	TCATG	2	10	1194651	1194660	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_007973	GGGCC	2	10	1201179	1201188	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
143	NC_007973	ACCGG	2	10	1208861	1208870	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
144	NC_007973	CGAAT	2	10	1251008	1251017	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_007973	AGCGT	2	10	1251080	1251089	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_007973	GACCG	2	10	1258949	1258958	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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148	NC_007973	GGGCG	2	10	1295272	1295281	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
149	NC_007973	TGCGG	2	10	1295289	1295298	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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151	NC_007973	TGCAT	2	10	1317072	1317081	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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153	NC_007973	GGGAG	2	10	1320702	1320711	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_007973	TGCGC	2	10	1362008	1362017	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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162	NC_007973	CGCTC	2	10	1367160	1367169	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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165	NC_007973	GCCGC	2	10	1397064	1397073	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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256	NC_007973	GTTCC	2	10	2354243	2354252	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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270	NC_007973	AACGG	2	10	2515889	2515898	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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421	NC_007973	ATCAG	2	10	3718964	3718973	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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423	NC_007973	CTGCC	2	10	3727077	3727086	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
424	NC_007973	TTTCA	2	10	3727135	3727144	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
425	NC_007973	TTCGA	2	10	3732843	3732852	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
426	NC_007973	ACCGA	2	10	3747753	3747762	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
427	NC_007973	AGGCC	2	10	3752070	3752079	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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429	NC_007973	TGCGG	2	10	3781340	3781349	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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441	NC_007973	GCCAG	2	10	3909878	3909887	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
442	NC_007973	GTTGC	2	10	3909906	3909915	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.