MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Cupriavidus metallidurans CH34 plasmid pMOL28

Total Repeats: 97

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007972	CGAA	2	8	3630	3637	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_007972	CTGC	2	8	3752	3759	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_007972	GATC	2	8	3910	3917	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_007972	GACC	2	8	4409	4416	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
5	NC_007972	GCCA	2	8	7418	7425	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_007972	CCGT	2	8	7560	7567	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
7	NC_007972	TGAG	2	8	11014	11021	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007972	TCGA	2	8	19366	19373	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_007972	GCGT	2	8	21452	21459	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_007972	CAAT	2	8	21719	21726	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_007972	GAGC	2	8	21963	21970	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
12	NC_007972	TGCA	2	8	22339	22346	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_007972	GCTG	2	8	22936	22943	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
14	NC_007972	CATC	2	8	25741	25748	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_007972	GATT	2	8	26240	26247	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007972	GGCA	2	8	26579	26586	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_007972	GGCG	2	8	27267	27274	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
18	NC_007972	CCAG	2	8	27314	27321	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_007972	CCGG	2	8	27755	27762	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_007972	GATG	2	8	28566	28573	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007972	CCGC	2	8	29760	29767	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
22	NC_007972	CGGA	2	8	29845	29852	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_007972	GGCG	2	8	30704	30711	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
24	NC_007972	TTCG	2	8	31026	31033	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_007972	CGTT	2	8	31077	31084	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_007972	CGCT	2	8	31137	31144	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NC_007972	TTAT	2	8	35792	35799	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007972	ACGA	2	8	39428	39435	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_007972	GCGA	2	8	44451	44458	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
30	NC_007972	CTCC	2	8	48102	48109	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
31	NC_007972	GCTC	2	8	52266	52273	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_007972	CGGG	2	8	52818	52825	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
33	NC_007972	AGTC	2	8	53036	53043	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_007972	TGGA	2	8	53294	53301	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007972	CTGC	2	8	64752	64759	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_007972	ATCG	2	8	64794	64801	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_007972	CTAT	2	8	65140	65147	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_007972	GATC	2	8	65462	65469	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_007972	GCAG	2	8	65807	65814	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_007972	CGTG	2	8	67697	67704	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_007972	AATG	2	8	68462	68469	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007972	GTAA	2	8	71360	71367	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007972	AAGA	2	8	72968	72975	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007972	TGCA	2	8	74337	74344	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_007972	TTCT	2	8	74349	74356	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_007972	ACGA	2	8	74369	74376	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_007972	GCCC	2	8	74647	74654	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
48	NC_007972	CTTT	2	8	75140	75147	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_007972	CAAC	2	8	75358	75365	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_007972	ATCC	2	8	75665	75672	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_007972	GCGA	2	8	78613	78620	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_007972	GAAA	2	8	78658	78665	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007972	TTTG	2	8	78886	78893	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007972	CAAA	2	8	78912	78919	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_007972	AAGG	2	8	81055	81062	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007972	GGGA	2	8	81507	81514	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007972	TAGC	2	8	84004	84011	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_007972	AGGA	2	8	84016	84023	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007972	CGTA	2	8	84283	84290	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_007972	GGCC	2	8	90601	90608	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_007972	TGTA	2	8	92750	92757	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007972	CCGG	2	8	93350	93357	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
63	NC_007972	GACC	2	8	98372	98379	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_007972	TCTG	2	8	98407	98414	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_007972	AGGA	2	8	98570	98577	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007972	GTCG	2	8	104137	104144	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_007972	AGTT	2	8	104212	104219	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007972	GCTC	2	8	110567	110574	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_007972	GCTT	2	8	114623	114630	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_007972	CGGC	2	8	116553	116560	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NC_007972	TTCG	2	8	117411	117418	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_007972	GTGC	2	8	117461	117468	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_007972	TGTA	2	8	121008	121015	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007972	CCAG	2	8	122157	122164	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_007972	CAGT	2	8	122615	122622	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_007972	GGCA	2	8	122651	122658	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_007972	GGAA	2	8	124236	124243	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007972	GCAG	2	8	125662	125669	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_007972	AGCC	2	8	126854	126861	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
80	NC_007972	CTGC	2	8	127011	127018	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
81	NC_007972	ACCG	2	8	127044	127051	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
82	NC_007972	GGAA	2	8	128373	128380	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007972	GTAG	2	8	128417	128424	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007972	CAGC	2	8	128658	128665	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
85	NC_007972	ATGT	2	8	128684	128691	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007972	GCCG	2	8	130079	130086	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
87	NC_007972	GCCT	2	8	130347	130354	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_007972	AAAC	2	8	131146	131153	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_007972	TTGC	2	8	132979	132986	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_007972	TCCT	2	8	132988	132995	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_007972	GTGG	2	8	134399	134406	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007972	CGCC	2	8	134518	134525	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
93	NC_007972	TTCG	2	8	134527	134534	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_007972	CTAT	2	8	136889	136896	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_007972	GCTC	2	8	137041	137048	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_007972	GCCA	2	8	142527	142534	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_007972	ATTT	2	8	157449	157456	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.