MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Cupriavidus metallidurans CH34 plasmid pMOL30

Total Repeats: 181

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007971	GGGC	2	8	2519	2526	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
2	NC_007971	CAAT	2	8	4931	4938	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_007971	GTTG	2	8	5226	5233	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007971	CCCT	2	8	5413	5420	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
5	NC_007971	CACT	2	8	6096	6103	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_007971	TTGC	2	8	6326	6333	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_007971	CGCA	2	8	6615	6622	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
8	NC_007971	GGGC	2	8	7340	7347	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
9	NC_007971	TCCA	2	8	7467	7474	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_007971	TACG	2	8	10405	10412	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_007971	CGAT	2	8	11009	11016	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_007971	CTTT	2	8	11207	11214	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_007971	GGAG	2	8	11586	11593	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007971	TGCT	2	8	12041	12048	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_007971	CGTC	2	8	12131	12138	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
16	NC_007971	ACCA	2	8	13896	13903	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_007971	CCTT	2	8	14294	14301	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_007971	GTTT	2	8	14426	14433	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007971	TTGA	2	8	16355	16362	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007971	AAAC	2	8	19720	19727	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_007971	ATGC	2	8	20002	20009	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_007971	GCCG	3	12	23369	23380	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_007971	GAGC	2	8	24673	24680	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_007971	GAGC	2	8	28005	28012	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_007971	CGGC	2	8	30580	30587	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
26	NC_007971	GGCC	2	8	30605	30612	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
27	NC_007971	CCTT	2	8	31294	31301	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_007971	CGAA	2	8	32396	32403	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_007971	CCTC	2	8	33499	33506	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
30	NC_007971	CGGG	2	8	33632	33639	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
31	NC_007971	CGGC	2	8	33884	33891	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
32	NC_007971	CTCG	2	8	33900	33907	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_007971	TGAT	2	8	34062	34069	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007971	GCCT	2	8	34751	34758	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
35	NC_007971	CGGC	2	8	41873	41880	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
36	NC_007971	GCGA	2	8	42875	42882	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_007971	CACC	2	8	43039	43046	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
38	NC_007971	GGCT	2	8	43193	43200	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_007971	ATCG	2	8	46029	46036	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_007971	CGGC	2	8	47016	47023	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
41	NC_007971	GATC	2	8	47683	47690	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_007971	TTTC	2	8	48566	48573	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_007971	ACGA	2	8	48759	48766	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_007971	TGCG	2	8	49074	49081	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_007971	AACC	2	8	49432	49439	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_007971	TCGG	2	8	50505	50512	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_007971	CATT	2	8	54424	54431	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_007971	CGCA	2	8	54452	54459	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_007971	TGAC	2	8	54544	54551	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_007971	GGTG	2	8	54605	54612	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007971	TCCA	2	8	55541	55548	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_007971	AGCA	2	8	55759	55766	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_007971	GGGC	2	8	56854	56861	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
54	NC_007971	TCGG	2	8	57264	57271	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_007971	AGCG	2	8	57515	57522	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_007971	GGAC	2	8	59057	59064	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_007971	TGAC	2	8	60458	60465	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_007971	CACT	2	8	60547	60554	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_007971	CACT	2	8	64605	64612	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_007971	GGAT	2	8	65355	65362	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007971	AGCG	2	8	65563	65570	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_007971	AGGC	2	8	66647	66654	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_007971	CGCT	2	8	66748	66755	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_007971	TCGA	2	8	66835	66842	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_007971	GGCG	2	8	69381	69388	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
66	NC_007971	CCGA	2	8	69688	69695	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_007971	ACGC	2	8	72157	72164	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_007971	GGTC	2	8	85537	85544	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_007971	GACT	2	8	89584	89591	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_007971	TGGA	2	8	92465	92472	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007971	CTTT	2	8	92616	92623	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_007971	CTTG	2	8	96849	96856	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_007971	GCTC	2	8	97106	97113	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
74	NC_007971	ATTA	2	8	97148	97155	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007971	CGGT	2	8	97581	97588	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_007971	TTGG	2	8	97758	97765	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007971	CTCC	2	8	97874	97881	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
78	NC_007971	TCGC	2	8	100733	100740	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
79	NC_007971	GCAG	2	8	100945	100952	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_007971	CTGG	2	8	101473	101480	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_007971	TGGT	2	8	101752	101759	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_007971	CTCG	2	8	102144	102151	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
83	NC_007971	ACGC	2	8	102339	102346	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_007971	GCTA	2	8	102843	102850	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_007971	GGCT	2	8	103927	103934	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
86	NC_007971	TGGC	2	8	104063	104070	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_007971	CGAG	2	8	104106	104113	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
88	NC_007971	TCCT	2	8	104549	104556	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_007971	GAAG	2	8	106068	106075	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007971	GGCC	2	8	106221	106228	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
91	NC_007971	AGCA	2	8	107302	107309	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_007971	GCGA	2	8	107399	107406	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_007971	ATGG	2	8	107633	107640	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007971	CCGG	2	8	108283	108290	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
95	NC_007971	CGGC	2	8	108502	108509	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
96	NC_007971	CTTG	2	8	108618	108625	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_007971	GTCA	2	8	108698	108705	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_007971	GCTG	2	8	109111	109118	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_007971	GAAG	2	8	109605	109612	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007971	TGCC	2	8	117121	117128	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
101	NC_007971	AGCG	2	8	117191	117198	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
102	NC_007971	ATTC	2	8	117222	117229	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_007971	CATA	2	8	117413	117420	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_007971	AACC	2	8	117929	117936	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_007971	GATG	2	8	118171	118178	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_007971	CAGC	2	8	120976	120983	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_007971	TGCA	2	8	121573	121580	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_007971	GCTT	2	8	121925	121932	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_007971	TTTC	2	8	122127	122134	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_007971	AAGG	2	8	122298	122305	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_007971	CAGA	2	8	133989	133996	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_007971	TTGA	2	8	135627	135634	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_007971	TTGG	2	8	135835	135842	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007971	AAAT	2	8	138928	138935	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_007971	GAGG	2	8	138965	138972	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007971	GCGT	2	8	139366	139373	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_007971	TTTG	2	8	140198	140205	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007971	GCCA	2	8	140964	140971	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
119	NC_007971	GCTT	2	8	141027	141034	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_007971	TTTC	2	8	141060	141067	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_007971	TCGG	2	8	144356	144363	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
122	NC_007971	ACGA	2	8	144800	144807	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_007971	GCCT	2	8	145024	145031	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
124	NC_007971	TGAC	2	8	145089	145096	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_007971	TCAA	2	8	145805	145812	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_007971	CAAG	2	8	146242	146249	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_007971	GGCG	2	8	146730	146737	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
128	NC_007971	GTCG	2	8	146806	146813	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
129	NC_007971	GCTC	2	8	147894	147901	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
130	NC_007971	GGCC	2	8	147929	147936	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
131	NC_007971	GGGT	2	8	150789	150796	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
132	NC_007971	GCCT	2	8	150811	150818	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_007971	TGGC	2	8	151254	151261	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_007971	GTGG	2	8	156617	156624	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007971	GTCT	2	8	157121	157128	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_007971	TGCG	2	8	157926	157933	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
137	NC_007971	TCGG	2	8	170530	170537	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
138	NC_007971	GACA	2	8	176972	176979	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_007971	GCCA	2	8	177845	177852	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
140	NC_007971	GGGT	2	8	179694	179701	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
141	NC_007971	CTGT	2	8	180261	180268	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_007971	GCCG	2	8	180685	180692	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
143	NC_007971	GTGC	2	8	195247	195254	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
144	NC_007971	GAAT	2	8	195615	195622	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_007971	CGCT	2	8	196902	196909	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
146	NC_007971	CTGT	2	8	197210	197217	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_007971	GCTG	2	8	197843	197850	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
148	NC_007971	GCAG	2	8	197868	197875	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
149	NC_007971	TTGC	2	8	198335	198342	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_007971	TTGG	2	8	198408	198415	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
151	NC_007971	ACCA	2	8	198473	198480	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
152	NC_007971	GCCG	2	8	198513	198520	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
153	NC_007971	TTCG	2	8	198672	198679	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
154	NC_007971	CGCA	2	8	198914	198921	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
155	NC_007971	CGCC	2	8	200589	200596	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
156	NC_007971	CGAC	2	8	200673	200680	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
157	NC_007971	CCAC	2	8	201365	201372	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
158	NC_007971	GGCC	2	8	201395	201402	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
159	NC_007971	GGTA	2	8	201653	201660	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
160	NC_007971	GCTA	2	8	202164	202171	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
161	NC_007971	CGTG	2	8	202526	202533	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
162	NC_007971	CGGT	2	8	202705	202712	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
163	NC_007971	AAGC	2	8	202782	202789	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
164	NC_007971	GATG	2	8	203189	203196	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
165	NC_007971	GCGA	2	8	203291	203298	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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171	NC_007971	GCCA	2	8	221299	221306	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
172	NC_007971	CTAC	2	8	224365	224372	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
173	NC_007971	GGCG	2	8	225654	225661	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
174	NC_007971	TCCA	2	8	226254	226261	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
175	NC_007971	GATG	2	8	228840	228847	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
176	NC_007971	GGCT	2	8	228875	228882	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
177	NC_007971	CGTC	2	8	230030	230037	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
178	NC_007971	CGCC	2	8	230223	230230	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
179	NC_007971	AGCA	2	8	230408	230415	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
180	NC_007971	GCAG	2	8	231885	231892	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
181	NC_007971	GGCA	2	8	233447	233454	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.