MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 chromosome

Total Repeats: 237

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007503	ATATT	2	10	26167	26176	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007503	TTCTT	2	10	37657	37666	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_007503	ATAAA	2	10	47834	47843	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007503	ATTTT	2	10	48129	48138	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_007503	AAAGG	2	10	50958	50967	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007503	TAACT	2	10	57641	57650	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_007503	TTTAA	2	10	60519	60528	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007503	GAAGA	2	10	93390	93399	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007503	AGTAA	2	10	116501	116510	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_007503	TAAAA	2	10	123277	123286	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007503	TCTTT	2	10	143614	143623	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_007503	TAAAA	2	10	183738	183747	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007503	ATTTT	2	10	193620	193629	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_007503	AAATA	2	10	196547	196556	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_007503	AAAAG	2	10	199535	199544	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007503	CTTGC	2	10	199605	199614	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_007503	TAAAA	2	10	210787	210796	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_007503	TAATT	2	10	246139	246148	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007503	GCGAG	2	10	258435	258444	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
20	NC_007503	GACCG	2	10	258568	258577	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_007503	GAGGT	2	10	316170	316179	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_007503	ACTTG	2	10	320225	320234	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_007503	CAAAT	2	10	328201	328210	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_007503	AAAAT	2	10	333439	333448	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007503	TATAA	2	10	335280	335289	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007503	GCAAA	2	10	367428	367437	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_007503	TAAAA	2	10	374004	374013	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007503	TTTAA	2	10	391686	391695	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_007503	GAAAA	2	10	395033	395042	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007503	AAATT	2	10	395746	395755	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007503	TTAAA	2	10	423629	423638	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007503	TTTTG	2	10	465559	465568	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007503	AGAGG	2	10	473482	473491	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007503	TGAAA	2	10	485576	485585	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007503	TGGGG	2	10	501182	501191	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007503	AAGGA	2	10	530809	530818	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007503	ATTTT	2	10	530852	530861	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007503	CATAT	2	10	531940	531949	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_007503	ATTAA	2	10	534680	534689	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_007503	AAAGG	2	10	542700	542709	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007503	AAGGA	2	10	547267	547276	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007503	TATTT	2	10	554752	554761	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007503	GTGTA	2	10	556273	556282	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007503	AAAGG	2	10	559092	559101	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007503	AAAAG	2	10	579597	579606	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007503	AAATA	2	10	587513	587522	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007503	AAAGC	2	10	587625	587634	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_007503	CAGTG	2	10	606082	606091	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_007503	TGGGC	2	10	606708	606717	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_007503	ATTTA	2	10	612289	612298	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_007503	TATAT	2	10	619794	619803	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007503	ATTTA	2	10	636152	636161	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007503	AGAGA	2	10	681486	681495	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007503	GCTCA	2	10	682895	682904	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_007503	CCGCA	2	10	682922	682931	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
56	NC_007503	AAATT	2	10	693498	693507	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007503	ATTTT	2	10	697464	697473	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007503	AGGAG	2	10	697575	697584	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007503	AACTT	2	10	697660	697669	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_007503	TATTT	2	10	697698	697707	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007503	TAAAA	2	10	707403	707412	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007503	TAAAA	2	10	719679	719688	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_007503	TAAAA	2	10	726407	726416	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_007503	ATGGA	2	10	732434	732443	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007503	TTTGG	2	10	737575	737584	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_007503	ATTGA	2	10	750135	750144	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007503	ATAAA	2	10	765188	765197	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007503	ATATT	2	10	781086	781095	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007503	ATGTT	2	10	785759	785768	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007503	TTTTA	2	10	790425	790434	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007503	ATAAA	2	10	813788	813797	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_007503	AAATT	2	10	859520	859529	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007503	TAAAA	2	10	875733	875742	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007503	CTTTT	2	10	904659	904668	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_007503	AAAGG	2	10	919686	919695	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007503	CTTTT	2	10	921969	921978	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_007503	TAATA	2	10	972338	972347	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007503	ATGGG	2	10	972430	972439	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007503	AGAGA	2	10	984919	984928	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007503	GCTCA	2	10	986328	986337	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_007503	CCGCA	2	10	986355	986364	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
82	NC_007503	AACTT	2	10	992806	992815	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_007503	GATAA	2	10	995249	995258	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007503	ATAAA	2	10	1023109	1023118	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_007503	TTCGA	2	10	1058288	1058297	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_007503	AAATG	2	10	1059168	1059177	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007503	AGGTC	2	10	1063601	1063610	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_007503	GGGTA	2	10	1063652	1063661	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007503	TAAGG	2	10	1086425	1086434	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_007503	TAAAT	2	10	1107545	1107554	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007503	AAAAG	2	10	1110488	1110497	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_007503	ATTTT	2	10	1111080	1111089	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007503	CCATG	2	10	1112284	1112293	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_007503	GTAAA	2	10	1115866	1115875	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_007503	AAGTA	2	10	1116310	1116319	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_007503	TTTAA	2	10	1125154	1125163	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007503	AAAAT	2	10	1129074	1129083	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007503	ATTTT	2	10	1130541	1130550	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007503	AAAGT	2	10	1130621	1130630	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007503	ATTGA	2	10	1133288	1133297	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007503	CAAAG	2	10	1134269	1134278	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_007503	TGGTC	2	10	1134308	1134317	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_007503	TGATA	2	10	1141164	1141173	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007503	AAAAC	2	10	1144691	1144700	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_007503	AGAAT	2	10	1145301	1145310	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_007503	GCTCA	2	10	1149817	1149826	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
107	NC_007503	CCGCA	2	10	1149844	1149853	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
108	NC_007503	TTTGG	2	10	1155183	1155192	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007503	TCAAT	2	10	1162161	1162170	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_007503	ATTTT	2	10	1225903	1225912	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_007503	TTTTA	2	10	1233533	1233542	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_007503	TATGA	2	10	1243364	1243373	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_007503	ATTAA	2	10	1276763	1276772	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_007503	CATTA	2	10	1289887	1289896	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_007503	ATTAA	2	10	1316964	1316973	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007503	TTTAC	2	10	1373590	1373599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_007503	CCCTT	2	10	1379319	1379328	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
118	NC_007503	CTCCC	2	10	1395393	1395402	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
119	NC_007503	CACGA	2	10	1396660	1396669	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
120	NC_007503	CTCTC	2	10	1397074	1397083	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
121	NC_007503	CTCAG	2	10	1429234	1429243	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_007503	AACTC	2	10	1429252	1429261	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_007503	ATTTT	2	10	1429285	1429294	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007503	TCCCC	2	10	1441493	1441502	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
125	NC_007503	TCTCC	2	10	1453169	1453178	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
126	NC_007503	AATAA	2	10	1453366	1453375	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_007503	TAAAG	2	10	1469400	1469409	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_007503	CCATA	2	10	1469680	1469689	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_007503	ATATT	2	10	1469979	1469988	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_007503	ATTAT	2	10	1475738	1475747	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007503	TCACC	2	10	1505326	1505335	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
132	NC_007503	TTAAG	2	10	1512810	1512819	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_007503	TTTTC	2	10	1518028	1518037	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_007503	TAATA	2	10	1523244	1523253	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007503	AAGAA	2	10	1524506	1524515	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_007503	TAAAA	2	10	1535356	1535365	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_007503	TATTT	2	10	1535860	1535869	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_007503	AATTA	2	10	1539363	1539372	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_007503	TCTTT	2	10	1544273	1544282	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_007503	TAAAA	2	10	1544520	1544529	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_007503	CCCCT	2	10	1556947	1556956	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
142	NC_007503	AGAGA	2	10	1567032	1567041	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_007503	GCTCA	2	10	1568441	1568450	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_007503	CCGCA	2	10	1568468	1568477	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
145	NC_007503	TTTAT	2	10	1569092	1569101	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.