MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/HAR-13

Total Repeats: 101

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007429	TATTT	2	10	7628	7637	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_007429	AAAGA	2	10	33689	33698	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007429	GAAGA	2	10	48607	48616	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_007429	CTATT	2	10	50185	50194	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_007429	AATTT	2	10	54649	54658	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007429	AAAAG	2	10	69623	69632	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007429	CTTGC	2	10	72566	72575	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_007429	AAAAG	2	10	77316	77325	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_007429	ATCAA	2	10	79008	79017	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_007429	CTTTC	2	10	80197	80206	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_007429	TTTGT	2	10	85745	85754	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007429	AATAA	2	10	88744	88753	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_007429	ACAAA	2	10	98361	98370	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_007429	GCTCT	2	10	114635	114644	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_007429	TTGCA	2	10	137600	137609	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_007429	AAAAG	2	10	142070	142079	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_007429	TTCTA	2	10	157856	157865	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_007429	CAAAA	2	10	162313	162322	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_007429	AGAAA	2	10	183279	183288	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_007429	CGATA	2	10	188648	188657	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_007429	CTAAG	2	10	204736	204745	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_007429	ATTTC	2	10	223260	223269	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_007429	CAATA	2	10	226383	226392	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_007429	TACAA	2	10	250097	250106	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_007429	TTTCA	2	10	266203	266212	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_007429	AAAGC	2	10	301034	301043	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_007429	TGTTT	2	10	303913	303922	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007429	TCAAT	2	10	323976	323985	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_007429	GCAAC	2	10	335920	335929	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_007429	CTTGT	2	10	335980	335989	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_007429	CCTTT	2	10	336436	336445	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_007429	AAGGC	2	10	364191	364200	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_007429	GCTTC	2	10	366301	366310	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_007429	AGTAG	2	10	366378	366387	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007429	TCTCT	2	10	369954	369963	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_007429	AAAAC	2	10	370659	370668	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_007429	AAGCG	2	10	406170	406179	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_007429	GTATA	2	10	418419	418428	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_007429	AGCAA	2	10	418455	418464	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_007429	AAAAT	2	10	420304	420313	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_007429	CTCTT	2	10	430364	430373	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_007429	TAAAA	2	10	432907	432916	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007429	AGAAA	2	10	438580	438589	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007429	CTCTT	2	10	438619	438628	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_007429	GAAGA	2	10	438629	438638	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007429	AAATT	2	10	438908	438917	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007429	AATTT	2	10	438929	438938	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_007429	TAAAA	2	10	467142	467151	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_007429	CAAAA	2	10	487585	487594	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_007429	AATCT	2	10	504927	504936	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_007429	CTTCT	2	10	505140	505149	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_007429	TTTCT	2	10	510527	510536	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_007429	CCTTT	2	10	511536	511545	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_007429	TAAAA	2	10	516557	516566	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_007429	AGGAA	2	10	518541	518550	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007429	ATGAA	2	10	518565	518574	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_007429	TTGGA	2	10	526005	526014	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_007429	CAAAA	2	10	526771	526780	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_007429	AAAAG	2	10	560356	560365	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007429	GAAAA	2	10	567540	567549	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007429	ATTTT	2	10	568978	568987	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007429	ATACT	2	10	575050	575059	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_007429	TCCCC	2	10	577843	577852	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
64	NC_007429	AAAGG	2	10	584006	584015	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_007429	TTTCC	2	10	631625	631634	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_007429	ATTAA	2	10	639577	639586	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_007429	TCGTC	2	10	652475	652484	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_007429	TAAAA	2	10	688104	688113	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007429	TTTAT	2	10	700057	700066	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007429	TCATG	2	10	700252	700261	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_007429	AAAAC	2	10	704369	704378	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_007429	GAAAA	2	10	709718	709727	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007429	TTATT	2	10	716777	716786	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007429	GAAGA	2	10	739676	739685	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007429	AGAAT	2	10	762484	762493	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_007429	AGGGG	2	10	762715	762724	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
77	NC_007429	ATTTT	2	10	781453	781462	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_007429	AAAAG	2	10	783291	783300	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007429	AGGTA	2	10	786690	786699	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_007429	TCCTT	2	10	787873	787882	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_007429	CTCCA	2	10	788028	788037	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
82	NC_007429	TTTCT	2	10	807289	807298	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_007429	AGAAA	2	10	815821	815830	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_007429	CTTTT	2	10	861911	861920	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_007429	AGAAA	2	10	866263	866272	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007429	GAAGA	2	10	878437	878446	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007429	CTTTT	2	10	883957	883966	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_007429	TAGAA	2	10	892427	892436	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_007429	CTTTT	2	10	908467	908476	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_007429	TTTTA	2	10	909212	909221	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007429	AGAGC	2	10	911500	911509	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_007429	TCGTT	2	10	939592	939601	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_007429	TTCTT	2	10	942549	942558	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_007429	CTTCA	2	10	964438	964447	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_007429	CTAGT	2	10	971285	971294	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_007429	TAAAA	2	10	987278	987287	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007429	ATAAA	2	10	987309	987318	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_007429	CGGGG	2	10	1008714	1008723	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
99	NC_007429	TAGAA	2	10	1022175	1022184	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_007429	TTTTC	2	10	1040552	1040561	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_007429	TTTTA	2	10	1044432	1044441	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.