MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila pneumoniae TW-183

Total Repeats: 135

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005043	AATAA	2	10	10705	10714	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_005043	TATTT	2	10	27261	27270	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_005043	GCTAA	2	10	58190	58199	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_005043	GAGTA	2	10	70353	70362	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_005043	ATCTA	2	10	75451	75460	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_005043	AGAAA	2	10	91624	91633	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_005043	TCTTT	2	10	91648	91657	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_005043	CATAG	2	10	102046	102055	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_005043	TTGTT	2	10	135903	135912	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_005043	TCTTT	2	10	151231	151240	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_005043	GGGGA	2	10	156132	156141	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
12	NC_005043	TCTTT	2	10	164901	164910	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_005043	TTTTC	2	10	175079	175088	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_005043	AAAAT	2	10	197216	197225	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_005043	TAGAT	2	10	198309	198318	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_005043	AAAGA	2	10	203402	203411	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_005043	TAGAA	2	10	207327	207336	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_005043	ATGAT	2	10	208483	208492	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_005043	TTCTT	2	10	220048	220057	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_005043	ATTAA	2	10	227298	227307	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_005043	TTTTC	2	10	230597	230606	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_005043	TTTAA	2	10	238215	238224	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_005043	CATGC	2	10	248158	248167	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_005043	ATTTT	2	10	250215	250224	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_005043	TTTGA	2	10	255103	255112	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_005043	ATTTT	2	10	259008	259017	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_005043	ATTAG	2	10	259025	259034	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_005043	CTAAG	2	10	266542	266551	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_005043	TAAAA	2	10	268718	268727	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_005043	CTTTT	2	10	278083	278092	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_005043	AAAAT	2	10	291507	291516	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_005043	CAAAA	2	10	296316	296325	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_005043	AAATG	2	10	297525	297534	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_005043	ACTTA	2	10	312377	312386	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_005043	AAAGA	2	10	323167	323176	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_005043	AAAAT	2	10	334210	334219	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_005043	AATTA	2	10	372436	372445	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_005043	AAAGA	2	10	404202	404211	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_005043	TTAAA	2	10	405430	405439	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_005043	ATTTT	2	10	407337	407346	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_005043	AAATT	2	10	409420	409429	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_005043	TAATA	2	10	411812	411821	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_005043	TTTTA	2	10	429959	429968	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_005043	TAAAA	2	10	429976	429985	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_005043	CTAAA	2	10	443208	443217	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_005043	CATAA	2	10	462271	462280	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_005043	ATGGG	2	10	467062	467071	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
48	NC_005043	TAATT	2	10	492237	492246	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_005043	ATTTT	2	10	508706	508715	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_005043	CTCTC	2	10	516922	516931	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
51	NC_005043	ATCCT	2	10	521538	521547	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_005043	TACTT	2	10	530736	530745	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_005043	GTCTT	2	10	531107	531116	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_005043	AATTT	2	10	545444	545453	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_005043	AAGAA	2	10	557422	557431	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_005043	TTAAA	2	10	563205	563214	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_005043	CACAA	2	10	568435	568444	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_005043	GTTAA	2	10	577803	577812	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_005043	CTAAA	2	10	577872	577881	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_005043	CTATC	2	10	591742	591751	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_005043	AACAA	2	10	597051	597060	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_005043	TAGAG	2	10	612040	612049	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_005043	AAGCA	2	10	612070	612079	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_005043	TAAAA	2	10	615112	615121	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_005043	ACTAA	2	10	635099	635108	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_005043	GATTG	2	10	638385	638394	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_005043	AATCA	2	10	641001	641010	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_005043	TTAAT	2	10	643043	643052	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_005043	TCCCC	2	10	643736	643745	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
70	NC_005043	AGACA	2	10	644017	644026	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_005043	TTTTC	2	10	644058	644067	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_005043	AACAA	2	10	653028	653037	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_005043	AGAAT	2	10	653302	653311	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_005043	TTTAA	2	10	665578	665587	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_005043	TCGTC	2	10	689765	689774	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_005043	TAATT	2	10	696234	696243	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_005043	CAACA	2	10	696269	696278	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_005043	ATAAC	2	10	705997	706006	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_005043	TTTTA	2	10	710798	710807	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_005043	AAAAG	2	10	727725	727734	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_005043	AATTA	2	10	758686	758695	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_005043	CTATT	2	10	758747	758756	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_005043	TCAAA	2	10	765763	765772	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_005043	AAAAC	2	10	766790	766799	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_005043	TCACA	2	10	778816	778825	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_005043	TTTTC	2	10	782060	782069	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_005043	AAAAT	2	10	810854	810863	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_005043	TAAAA	2	10	821136	821145	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_005043	TAAAG	2	10	845785	845794	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_005043	ATGTT	2	10	845882	845891	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_005043	AGACA	2	10	848668	848677	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_005043	TTAAT	2	10	865115	865124	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_005043	TAAAA	2	10	869761	869770	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_005043	AATTT	2	10	896528	896537	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_005043	TCTTT	2	10	903865	903874	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_005043	CTGCT	2	10	903917	903926	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_005043	TAAAA	2	10	916236	916245	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_005043	AATTT	2	10	919294	919303	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_005043	CTCTA	2	10	935446	935455	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_005043	AGAAA	2	10	935486	935495	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_005043	TCTAT	2	10	954061	954070	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_005043	AAAGA	2	10	958931	958940	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_005043	ATTAT	2	10	959079	959088	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_005043	TGAAA	2	10	976166	976175	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_005043	AAATT	2	10	990666	990675	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_005043	AGGGA	2	10	991394	991403	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
107	NC_005043	GGAAA	2	10	998477	998486	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_005043	TATGT	2	10	999557	999566	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_005043	CTGAA	2	10	999852	999861	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_005043	AGTTA	2	10	1000296	1000305	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_005043	TAAAA	2	10	1002966	1002975	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_005043	TTATA	2	10	1058454	1058463	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_005043	ATGTT	2	10	1060696	1060705	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_005043	GAATA	2	10	1064838	1064847	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_005043	GCGTA	2	10	1067676	1067685	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_005043	TTAAA	2	10	1067792	1067801	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_005043	TTTAT	2	10	1073255	1073264	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_005043	ATATA	2	10	1075280	1075289	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_005043	AATTA	2	10	1080387	1080396	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_005043	AATAA	2	10	1080663	1080672	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_005043	CTCAT	2	10	1080749	1080758	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_005043	TAATT	2	10	1093884	1093893	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_005043	TAAAA	2	10	1114584	1114593	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_005043	TGTAG	2	10	1114865	1114874	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_005043	CTTTT	2	10	1135454	1135463	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_005043	TAGAA	2	10	1146442	1146451	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_005043	TAAAA	2	10	1152230	1152239	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_005043	GTTTT	2	10	1152275	1152284	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_005043	GGAGC	2	10	1172969	1172978	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
130	NC_005043	TTGTT	2	10	1176664	1176673	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_005043	GAAAG	2	10	1197294	1197303	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_005043	GGGAT	2	10	1203283	1203292	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
133	NC_005043	GAGGG	2	10	1203405	1203414	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
134	NC_005043	GAGAG	2	10	1204995	1205004	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
135	NC_005043	TTTAA	2	10	1221431	1221440	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.