MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium tetani E88 chromosome

Total Repeats: 275

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004557	AATATA	2	12	2435	2446	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_004557	TTATAT	2	12	23533	23544	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_004557	TAACTT	2	12	25482	25493	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_004557	TATATT	2	12	38156	38167	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_004557	TGATAG	2	12	53027	53038	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_004557	TAAATA	2	12	78435	78446	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_004557	TTAGAT	2	12	78690	78701	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_004557	TTTTAT	2	12	97088	97099	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_004557	TTTTAA	2	12	104811	104822	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_004557	TAAAAA	2	12	111360	111371	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_004557	AATATA	2	12	119952	119963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_004557	TAAATC	2	12	141017	141028	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_004557	TAAAAA	2	12	158771	158782	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_004557	TCATTA	2	12	172012	172023	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_004557	ATTTTT	2	12	172224	172235	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_004557	TATAAA	2	12	201832	201843	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_004557	ATTTTT	2	12	217036	217047	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_004557	GGTATA	2	12	224641	224652	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_004557	AGAATA	2	12	227632	227643	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_004557	TTTGTG	2	12	227669	227680	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_004557	AATAAG	2	12	227870	227881	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_004557	TGTTTG	2	12	231382	231393	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_004557	AGATAA	2	12	250668	250679	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_004557	TAAAAA	2	12	256893	256904	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_004557	AATTAA	2	12	272361	272372	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_004557	TTAAAT	2	12	281281	281292	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_004557	ATTAAA	2	12	302675	302686	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_004557	TTATTT	2	12	303254	303265	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_004557	AAATTA	2	12	310552	310563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_004557	AAATAA	2	12	327102	327113	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_004557	TAAAAT	2	12	336765	336776	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_004557	AATTTA	2	12	356103	356114	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_004557	AATAGT	2	12	373936	373947	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_004557	TAATGA	2	12	378581	378592	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_004557	GTATTA	2	12	378791	378802	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_004557	TAATAT	2	12	387741	387752	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_004557	AAAGGA	2	12	393279	393290	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_004557	AATTAA	2	12	394687	394698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_004557	CTTCAA	2	12	399627	399638	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_004557	AAATCC	2	12	399640	399651	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_004557	TTTTAC	2	12	402524	402535	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_004557	TATAAA	2	12	434060	434071	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_004557	TAAAAA	2	12	439248	439259	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_004557	TAAGTC	2	12	468317	468328	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_004557	TAATAC	2	12	471470	471481	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_004557	ATATAA	2	12	474732	474743	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_004557	TTTTTA	2	12	474837	474848	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_004557	TTTTGT	2	12	485581	485592	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_004557	AAAGTA	2	12	486188	486199	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_004557	TATAGT	2	12	535670	535681	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_004557	ATATTT	2	12	537954	537965	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_004557	GACTTT	2	12	549488	549499	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_004557	AATATA	2	12	549516	549527	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_004557	TTTAAA	2	12	572456	572467	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_004557	ATAAAT	2	12	576842	576853	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_004557	TAATCA	2	12	576863	576874	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_004557	TAAAAA	2	12	584698	584709	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_004557	AGCTAT	2	12	589113	589124	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_004557	TATTTT	2	12	593339	593350	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_004557	ATTAAA	2	12	630838	630849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_004557	TTTAGC	2	12	651807	651818	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_004557	TTTTTG	2	12	661877	661888	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_004557	TTATTT	2	12	662528	662539	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_004557	TAAATA	2	12	664129	664140	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_004557	TAAACT	2	12	664565	664576	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_004557	TTTAAT	2	12	673769	673780	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_004557	AAAAAT	2	12	699614	699625	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_004557	ATTATA	2	12	725374	725385	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_004557	AAAAAT	2	12	740757	740768	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_004557	TGATGG	2	12	742079	742090	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_004557	GGGAAG	2	12	745462	745473	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_004557	CGGTTT	2	12	792944	792955	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_004557	ACTCTT	2	12	792997	793008	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_004557	TAACTT	2	12	823269	823280	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_004557	ATAAAA	2	12	833579	833590	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_004557	TTTTAT	2	12	844799	844810	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_004557	AAAATA	2	12	884547	884558	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_004557	AATTAA	2	12	900484	900495	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_004557	CATCTT	2	12	933233	933244	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_004557	TTTTTC	2	12	933412	933423	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_004557	ATATTA	2	12	938856	938867	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_004557	TATAAA	2	12	938923	938934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_004557	GATAAT	2	12	967766	967777	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_004557	TGTACG	2	12	977904	977915	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_004557	TAAAAA	2	12	980726	980737	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_004557	TTAAAA	2	12	990697	990708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_004557	ATTTTA	2	12	996656	996667	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_004557	TTTTAT	2	12	1006170	1006181	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_004557	ATAAAT	2	12	1014641	1014652	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_004557	GAAGAG	2	12	1034121	1034132	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_004557	ATTTTA	2	12	1074250	1074261	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_004557	TAAAAT	2	12	1082974	1082985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_004557	TAAAAT	2	12	1085851	1085862	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_004557	AATAAA	2	12	1108060	1108071	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_004557	TTTTTA	2	12	1126793	1126804	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_004557	TGTAAT	2	12	1127364	1127375	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_004557	TTAAAA	2	12	1129848	1129859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_004557	AGCATA	2	12	1143001	1143012	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_004557	AATAAA	2	12	1149697	1149708	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_004557	TATAGC	2	12	1149924	1149935	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_004557	CTAAAT	2	12	1152351	1152362	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_004557	ATTTAT	2	12	1168024	1168035	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_004557	AATGCA	2	12	1180101	1180112	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_004557	AATACA	2	12	1207766	1207777	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_004557	AAAGAT	2	12	1217028	1217039	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_004557	TAATAT	2	12	1217942	1217953	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_004557	TAATAT	2	12	1218009	1218020	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_004557	TAAAAA	2	12	1222781	1222792	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_004557	ATAATG	2	12	1223365	1223376	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_004557	AATTTA	2	12	1226943	1226954	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_004557	TTAAAA	2	12	1228752	1228763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_004557	TTATAT	3	18	1231046	1231063	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_004557	TACGTG	2	12	1231098	1231109	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_004557	TATTAA	2	12	1233199	1233210	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_004557	TGAAAA	2	12	1234736	1234747	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_004557	ATAAAT	2	12	1254826	1254837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_004557	CTATAA	2	12	1261187	1261198	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_004557	AAATCT	2	12	1262605	1262616	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_004557	CATTGA	2	12	1273839	1273850	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_004557	AATGTA	2	12	1295838	1295849	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_004557	TATTAA	2	12	1299816	1299827	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_004557	AATATT	2	12	1299846	1299857	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_004557	TTTATT	2	12	1300793	1300804	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_004557	TAAAAA	2	12	1301426	1301437	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_004557	AATTGG	2	12	1316442	1316453	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_004557	AGGAGC	2	12	1333130	1333141	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_004557	TAAAAT	2	12	1338154	1338165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_004557	CAGTTA	2	12	1340193	1340204	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_004557	ATACAT	2	12	1341831	1341842	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_004557	AAGTAG	2	12	1386404	1386415	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_004557	AAAAAT	2	12	1389427	1389438	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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247	NC_004557	TTTTCT	2	12	2530953	2530964	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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257	NC_004557	TCAATA	2	12	2622267	2622278	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
258	NC_004557	GACTTT	2	12	2623322	2623333	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
259	NC_004557	ACTTAT	2	12	2674292	2674303	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
260	NC_004557	ATAAAA	2	12	2682554	2682565	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
261	NC_004557	ATTATA	2	12	2688385	2688396	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
262	NC_004557	ATTTAT	2	12	2691373	2691384	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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265	NC_004557	TGTTTA	2	12	2735458	2735469	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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275	NC_004557	TAAATT	2	12	2785073	2785084	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.