MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium perfringens str. 13 chromosome

Total Repeats: 304

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003366	TACTAT	2	12	1970	1981	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_003366	ACTTTA	2	12	16034	16045	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_003366	TTTTAG	2	12	16214	16225	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_003366	TAAATA	2	12	21233	21244	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003366	TTTTAT	2	12	23210	23221	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003366	AAAATG	2	12	24095	24106	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_003366	TTAAAT	2	12	24688	24699	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_003366	TAAATT	2	12	41225	41236	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_003366	AATATA	2	12	60903	60914	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_003366	TAAAAA	2	12	61614	61625	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_003366	TGTTTT	2	12	69277	69288	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_003366	TTTAAA	2	12	95627	95638	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_003366	AGTTTA	2	12	111295	111306	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_003366	ATTTAA	2	12	111386	111397	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_003366	TACTAA	2	12	111501	111512	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_003366	TATTTT	2	12	116827	116838	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_003366	TAAATT	2	12	124975	124986	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_003366	AAAAAT	2	12	135167	135178	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_003366	AATATG	2	12	149812	149823	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_003366	ATTTAA	2	12	150210	150221	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_003366	TATATT	2	12	152132	152143	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_003366	ATTATA	2	12	152211	152222	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_003366	TAAGGA	2	12	161901	161912	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_003366	TAAAGA	2	12	165728	165739	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_003366	TAAGAT	2	12	166344	166355	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_003366	ATCTTA	2	12	166360	166371	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_003366	AAAAAG	2	12	169771	169782	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_003366	TTAGTT	2	12	176781	176792	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_003366	TAAAAT	2	12	178581	178592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_003366	AAAAAT	2	12	180541	180552	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_003366	TAAAAA	2	12	197109	197120	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_003366	ATACAA	2	12	197192	197203	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_003366	CTATAA	2	12	213780	213791	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_003366	AATAAA	2	12	216359	216370	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_003366	TAAAAA	2	12	226495	226506	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_003366	TTTAAA	2	12	230459	230470	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_003366	CAAAAA	2	12	236102	236113	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_003366	ACAATT	2	12	242921	242932	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_003366	AAAATA	2	12	248702	248713	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_003366	AATATA	2	12	260640	260651	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_003366	ATGAAT	2	12	267002	267013	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_003366	ATTATA	2	12	268030	268041	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_003366	AAATAT	2	12	273757	273768	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_003366	AAATTA	2	12	288952	288963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_003366	GTTATT	2	12	305068	305079	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_003366	AATTTT	2	12	308992	309003	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_003366	GTATTT	2	12	310669	310680	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_003366	TTTATA	2	12	329355	329366	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_003366	ATTTAA	2	12	330524	330535	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_003366	TATTTA	2	12	346770	346781	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_003366	TATTAA	2	12	356905	356916	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_003366	TATAAT	2	12	365727	365738	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_003366	AAATTA	2	12	390092	390103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_003366	AATTAA	2	12	399639	399650	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_003366	AATAAA	2	12	408028	408039	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_003366	AATTTA	2	12	416179	416190	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_003366	AATAAA	2	12	417712	417723	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_003366	TAAAAT	2	12	444355	444366	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_003366	ATTATG	2	12	444456	444467	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_003366	TTAAAA	2	12	461170	461181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_003366	GAAAAA	2	12	471744	471755	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_003366	GGAAAT	2	12	472326	472337	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_003366	GAAAAA	2	12	477548	477559	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_003366	TAGGAA	2	12	498468	498479	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_003366	AATATT	2	12	519713	519724	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_003366	AAATTT	2	12	528096	528107	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_003366	ATATTT	2	12	546401	546412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_003366	TAGATT	2	12	554843	554854	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_003366	AAATTA	2	12	567748	567759	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_003366	TTAAAA	2	12	585711	585722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_003366	TAAATA	2	12	590762	590773	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_003366	AAAATT	2	12	592952	592963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_003366	AGATTA	2	12	615324	615335	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_003366	AAACAT	2	12	622749	622760	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_003366	AAATGT	2	12	630251	630262	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_003366	TATTTT	2	12	631166	631177	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_003366	ATTTAC	2	12	640773	640784	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_003366	TATAAA	2	12	647082	647093	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_003366	ATATTT	2	12	648198	648209	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_003366	TTTTAT	2	12	650810	650821	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_003366	TTTTAT	2	12	651813	651824	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_003366	ATTTTG	2	12	658224	658235	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_003366	AGAAAA	2	12	664740	664751	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_003366	ATTAAA	2	12	674315	674326	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_003366	ATTTAT	2	12	676999	677010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_003366	TTAAAA	2	12	681099	681110	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_003366	AGTAAA	2	12	690823	690834	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_003366	ATTTTT	2	12	704355	704366	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_003366	AATCAA	2	12	728613	728624	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_003366	TTTTGA	2	12	733310	733321	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_003366	AAATAA	2	12	740819	740830	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_003366	ATGTTT	2	12	740995	741006	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_003366	ATACTT	2	12	744809	744820	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_003366	AAAGAA	2	12	789319	789330	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_003366	ATTAAA	2	12	792715	792726	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_003366	ATATTA	2	12	796239	796250	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_003366	TCAATT	2	12	806012	806023	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_003366	TAAACA	2	12	828939	828950	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_003366	ATTTAA	2	12	828968	828979	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_003366	ATTTAT	2	12	829079	829090	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_003366	TTAATT	2	12	829964	829975	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_003366	TTTAAA	2	12	837225	837236	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_003366	TTGAAA	2	12	843488	843499	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_003366	TATCTA	2	12	856926	856937	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_003366	TAAATA	2	12	857298	857309	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_003366	ATAGAA	2	12	918427	918438	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_003366	TTAAAT	2	12	920764	920775	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_003366	AAATAT	2	12	941927	941938	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_003366	TTTATA	2	12	957357	957368	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_003366	TTAATA	2	12	960964	960975	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_003366	TTTTTA	2	12	961037	961048	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_003366	TATTTT	2	12	969244	969255	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_003366	ATTTAT	2	12	969369	969380	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_003366	TGAAAA	2	12	975308	975319	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_003366	TAATAT	2	12	984055	984066	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_003366	TAAAAT	2	12	984978	984989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_003366	TATTTA	2	12	990014	990025	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_003366	TTAATA	2	12	991488	991499	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_003366	TTAAAT	2	12	992308	992319	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_003366	AAATGT	2	12	992535	992546	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_003366	AATATA	2	12	1000253	1000264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_003366	TAAAAA	2	12	1008919	1008930	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_003366	TAAGAG	2	12	1018083	1018094	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_003366	TTCTTT	2	12	1032515	1032526	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_003366	ATTTTT	2	12	1037801	1037812	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_003366	TTAATT	2	12	1042512	1042523	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_003366	TAAAAT	2	12	1046082	1046093	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_003366	AGGTTT	2	12	1046763	1046774	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_003366	TTAAAA	2	12	1051208	1051219	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_003366	TAAAAA	2	12	1059016	1059027	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_003366	ATATAG	2	12	1080916	1080927	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_003366	AAATTA	2	12	1086018	1086029	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_003366	TATATT	2	12	1086529	1086540	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_003366	TAATAT	2	12	1086725	1086736	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_003366	TAGACA	2	12	1127722	1127733	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_003366	GAATTT	2	12	1127748	1127759	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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264	NC_003366	GTTATT	2	12	2571851	2571862	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
265	NC_003366	TAAATT	2	12	2582429	2582440	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
266	NC_003366	TATAAA	2	12	2614769	2614780	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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270	NC_003366	TTAAAT	2	12	2652941	2652952	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
271	NC_003366	TTTAAT	2	12	2669783	2669794	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.