MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Clostridium perfringens str. 13 chromosome

Total Repeats: 16618

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003366	AAC	2	6	122	127	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_003366	AAT	2	6	143	148	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_003366	TAT	2	6	166	171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_003366	TTA	2	6	174	179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_003366	TAT	2	6	182	187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_003366	TA	3	6	223	228	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_003366	CAA	2	6	240	245	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_003366	T	7	7	271	277	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_003366	ATA	2	6	278	283	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_003366	TAA	2	6	312	317	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_003366	TAA	2	6	339	344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_003366	GGA	2	6	398	403	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_003366	ATA	2	6	1796	1801	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_003366	TAT	2	6	1808	1813	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_003366	ATT	2	6	1831	1836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_003366	TAT	2	6	1842	1847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_003366	T	6	6	1847	1852	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_003366	TTATT	2	10	1858	1867	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_003366	A	6	6	1909	1914	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_003366	TACTAT	2	12	1970	1981	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_003366	TAT	4	12	1979	1990	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_003366	TAT	2	6	1994	1999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_003366	AT	3	6	2006	2011	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_003366	TAT	2	6	2013	2018	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_003366	AGG	2	6	2063	2068	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_003366	T	6	6	3238	3243	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_003366	ATTTT	2	10	3244	3253	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_003366	T	7	7	3250	3256	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_003366	TG	3	6	3291	3296	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_003366	AGG	2	6	4652	4657	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_003366	TTA	2	6	4952	4957	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_003366	ATTT	2	8	4964	4971	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_003366	ATTT	2	8	5003	5010	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_003366	AAT	2	6	5052	5057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_003366	GTT	2	6	5097	5102	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_003366	ATT	2	6	5107	5112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_003366	TGC	2	6	5139	5144	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_003366	TA	3	6	5145	5150	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_003366	GGA	2	6	5151	5156	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_003366	T	7	7	9659	9665	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_003366	T	6	6	9667	9672	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_003366	T	6	6	9696	9701	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_003366	ATA	2	6	9709	9714	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_003366	ATAA	2	8	9719	9726	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_003366	AATTA	2	10	9727	9736	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_003366	TTA	2	6	9751	9756	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_003366	ATT	2	6	9762	9767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_003366	A	6	6	9782	9787	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_003366	AAAT	2	8	9800	9807	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_003366	ATATA	2	10	9815	9824	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_003366	AAT	2	6	9843	9848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_003366	ATATA	2	10	9884	9893	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_003366	CAA	2	6	9970	9975	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_003366	A	6	6	9979	9984	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_003366	A	6	6	10005	10010	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_003366	T	6	6	10012	10017	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_003366	GAA	2	6	10018	10023	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_003366	AAG	2	6	10059	10064	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_003366	AGA	2	6	10106	10111	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_003366	GGC	2	6	10204	10209	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_003366	GCG	2	6	10262	10267	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_003366	CAT	3	9	10357	10365	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_003366	TGG	2	6	10418	10423	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_003366	CGA	2	6	10442	10447	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_003366	GCA	2	6	10517	10522	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_003366	G	6	6	10542	10547	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
67	NC_003366	GCA	2	6	10557	10562	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_003366	CGC	2	6	10564	10569	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_003366	GTGA	2	8	10570	10577	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_003366	AGG	2	6	10633	10638	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_003366	CAG	2	6	10660	10665	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_003366	GAT	2	6	10729	10734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_003366	TGC	2	6	10770	10775	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_003366	AGGAG	2	10	10801	10810	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
75	NC_003366	GAA	2	6	10852	10857	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_003366	CT	3	6	10876	10881	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_003366	GCC	2	6	10995	11000	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_003366	GAA	2	6	11114	11119	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_003366	GGT	2	6	11188	11193	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_003366	GTC	2	6	11202	11207	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_003366	TCGTG	2	10	11211	11220	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_003366	GTTA	2	8	11261	11268	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_003366	AGG	2	6	11313	11318	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_003366	ATC	2	6	11338	11343	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_003366	AC	3	6	11365	11370	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_003366	AG	3	6	11390	11395	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_003366	AC	3	6	11533	11538	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_003366	AGG	2	6	11592	11597	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_003366	CCT	2	6	11674	11679	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_003366	ATA	2	6	11727	11732	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_003366	GA	3	6	11748	11753	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_003366	TC	3	6	11757	11762	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_003366	TAATT	2	10	11788	11797	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_003366	ACA	2	6	11805	11810	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_003366	GGA	2	6	12078	12083	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_003366	AGAA	2	8	12086	12093	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_003366	TAG	2	6	12107	12112	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_003366	GCGA	2	8	12115	12122	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_003366	ACC	2	6	12315	12320	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_003366	TAC	2	6	12334	12339	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_003366	TGA	2	6	12341	12346	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_003366	GGGAG	2	10	12391	12400	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
103	NC_003366	TGA	2	6	12455	12460	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_003366	GGA	2	6	12630	12635	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_003366	TC	3	6	12717	12722	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_003366	AGT	2	6	12754	12759	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_003366	TAAGT	2	10	12917	12926	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_003366	AGC	2	6	12973	12978	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_003366	CATT	2	8	12979	12986	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_003366	GA	3	6	13014	13019	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_003366	ACC	2	6	13052	13057	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_003366	CGT	2	6	13097	13102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_003366	TTA	2	6	13315	13320	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_003366	AGG	2	6	13336	13341	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_003366	GT	3	6	13345	13350	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_003366	GCTA	2	8	13351	13358	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_003366	AG	4	8	13484	13491	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_003366	AGT	2	6	13493	13498	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_003366	AGGT	2	8	13520	13527	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_003366	GAG	2	6	13528	13533	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_003366	CGG	2	6	13547	13552	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_003366	CGG	2	6	13775	13780	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_003366	TGG	2	6	14025	14030	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_003366	ACC	2	6	14046	14051	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_003366	GGC	2	6	14075	14080	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_003366	CCT	2	6	14134	14139	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_003366	GGT	2	6	14270	14275	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_003366	TCG	2	6	14385	14390	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_003366	CGT	2	6	14465	14470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_003366	GAG	2	6	14514	14519	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_003366	GTT	2	6	14568	14573	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_003366	GAA	2	6	14689	14694	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_003366	TAAAT	2	10	14780	14789	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_003366	ATT	2	6	14836	14841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_003366	TGA	2	6	14873	14878	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_003366	TG	3	6	14959	14964	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_003366	GGT	2	6	14973	14978	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_003366	CCA	2	6	15063	15068	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
139	NC_003366	CCA	2	6	15144	15149	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_003366	T	7	7	15174	15180	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_003366	AT	3	6	15192	15197	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_003366	AAAT	2	8	15207	15214	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_003366	ATA	2	6	15341	15346	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_003366	TA	3	6	15345	15350	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_003366	TAA	2	6	15930	15935	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_003366	TAAA	2	8	15951	15958	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_003366	TTA	2	6	15961	15966	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_003366	AAT	2	6	15996	16001	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_003366	ACTTTA	2	12	16034	16045	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
150	NC_003366	ATA	2	6	16055	16060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_003366	TA	3	6	16112	16117	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_003366	TAT	2	6	16124	16129	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_003366	TA	3	6	16144	16149	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_003366	TA	3	6	16175	16180	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_003366	ATTAT	2	10	16182	16191	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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157	NC_003366	TTTTA	2	10	16231	16240	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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163	NC_003366	AAAT	2	8	19099	19106	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_003366	TTA	2	6	19141	19146	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_003366	T	7	7	19176	19182	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_003366	TAA	3	9	20970	20978	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_003366	TA	3	6	21002	21007	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_003366	AG	3	6	21016	21021	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_003366	TAAATA	2	12	21233	21244	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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183	NC_003366	AT	3	6	22566	22571	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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