MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia muridarum Nigg

Total Repeats: 97

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002620	TTTTA	2	10	21311	21320	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_002620	GTTTT	2	10	34491	34500	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_002620	ATTAG	2	10	34519	34528	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_002620	TATTT	2	10	34535	34544	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_002620	TCCTT	2	10	64851	64860	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_002620	TTTGT	2	10	64960	64969	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_002620	GATGG	2	10	78390	78399	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
8	NC_002620	TTTCT	2	10	84300	84309	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_002620	TATTT	2	10	87995	88004	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_002620	CTTTG	2	10	94406	94415	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_002620	TGATA	2	10	114460	114469	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_002620	CTAGA	2	10	119710	119719	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_002620	AAAAG	2	10	138830	138839	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_002620	ATTTT	2	10	140688	140697	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_002620	GAGAA	2	10	142448	142457	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_002620	AAAAG	2	10	160787	160796	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_002620	AAGAA	2	10	169278	169287	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_002620	GAAAA	2	10	216685	216694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_002620	AATGT	2	10	229780	229789	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_002620	ATAAA	2	10	246048	246057	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_002620	CTTTT	2	10	247642	247651	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_002620	ATAGA	2	10	253409	253418	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_002620	ATAAG	2	10	257699	257708	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_002620	TTTGT	2	10	263518	263527	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_002620	CTTTT	2	10	277750	277759	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_002620	GGATA	2	10	286867	286876	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_002620	TAAGT	2	10	290614	290623	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_002620	TTTGT	2	10	321504	321513	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_002620	TTAAT	2	10	328551	328560	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_002620	TATTT	2	10	329234	329243	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_002620	CATTT	2	10	371446	371455	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_002620	TTTGT	2	10	375892	375901	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_002620	TTAAT	2	10	375905	375914	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_002620	CTTGC	2	10	392982	392991	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_002620	AAAAG	2	10	397731	397740	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_002620	TTGAG	2	10	400594	400603	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_002620	TTGTT	2	10	409093	409102	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_002620	GCTCT	2	10	434990	434999	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_002620	AGTTT	2	10	436880	436889	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_002620	TAGGA	2	10	438730	438739	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_002620	GCAAG	2	10	438753	438762	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_002620	AAGAA	2	10	458717	458726	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_002620	AGAGA	2	10	462059	462068	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_002620	TTTTC	2	10	462081	462090	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_002620	TAAAA	2	10	482210	482219	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_002620	AAAGG	2	10	492228	492237	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_002620	AAAAT	2	10	493531	493540	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_002620	AAATT	2	10	500214	500223	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_002620	ATTTT	2	10	505734	505743	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_002620	TAAAA	2	10	536786	536795	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_002620	TTAAA	2	10	545592	545601	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_002620	CTAAG	2	10	550735	550744	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_002620	AGTTT	2	10	568208	568217	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_002620	TGTTT	2	10	569550	569559	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_002620	ATCCT	2	10	599086	599095	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_002620	AGTTT	2	10	613794	613803	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_002620	TAAAA	2	10	671869	671878	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_002620	GGTTG	2	10	673640	673649	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_002620	TGAAA	2	10	680129	680138	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_002620	CAAAA	2	10	683530	683539	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_002620	CTTCC	2	10	714390	714399	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_002620	AACAC	2	10	718599	718608	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_002620	AAAAC	2	10	739113	739122	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_002620	TTTTA	2	10	745042	745051	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_002620	CTGTC	2	10	749280	749289	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_002620	CTCAA	2	10	760796	760805	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_002620	TACCA	2	10	763151	763160	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_002620	TAGAA	2	10	763336	763345	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_002620	AAAGA	2	10	765110	765119	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_002620	AAACG	2	10	769915	769924	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_002620	TATAA	2	10	769932	769941	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_002620	AAAAT	2	10	771811	771820	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_002620	TATCA	2	10	771855	771864	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_002620	TAAAA	2	10	784397	784406	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_002620	GAGAA	2	10	790040	790049	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_002620	AAATT	2	10	790372	790381	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_002620	TAAAA	2	10	818598	818607	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_002620	AGACA	2	10	838014	838023	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_002620	TCATT	2	10	844689	844698	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_002620	TTCAA	2	10	855360	855369	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_002620	TAAAA	2	10	866751	866760	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_002620	CTTTT	2	10	869560	869569	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_002620	AACAA	2	10	876249	876258	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_002620	AATCA	2	10	876278	876287	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_002620	TGTTT	2	10	888121	888130	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_002620	AATGT	2	10	888504	888513	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_002620	CTTTC	2	10	889093	889102	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_002620	AAAAG	2	10	910119	910128	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_002620	CGAAA	2	10	917190	917199	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_002620	AAACC	2	10	918567	918576	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_002620	ATTTT	2	10	918630	918639	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_002620	AAAGC	2	10	950082	950091	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_002620	AAGAA	2	10	954956	954965	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_002620	TAAAA	2	10	998701	998710	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_002620	CAATC	2	10	1001764	1001773	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_002620	CCATA	2	10	1038515	1038524	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_002620	TCATG	2	10	1050637	1050646	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.