MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia muridarum Nigg

Total Repeats: 326

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002620	TAAT	2	8	21280	21287	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_002620	TTCA	2	8	25191	25198	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_002620	ATGA	3	12	30026	30037	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_002620	AGAA	2	8	30042	30049	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_002620	AAGT	2	8	32521	32528	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_002620	GAAG	2	8	34140	34147	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_002620	ACAA	2	8	34319	34326	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_002620	TTTC	2	8	38323	38330	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_002620	CCAA	2	8	38497	38504	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_002620	TTTA	2	8	39685	39692	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_002620	TTCA	2	8	39724	39731	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_002620	ATAC	2	8	39859	39866	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_002620	TTAA	2	8	50413	50420	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_002620	GCAA	2	8	50655	50662	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_002620	CAAA	2	8	50772	50779	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_002620	TAGG	2	8	53244	53251	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_002620	AGGA	2	8	54984	54991	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_002620	ATTT	2	8	55248	55255	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_002620	GAAT	2	8	58531	58538	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_002620	GAAA	2	8	58554	58561	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_002620	TCGA	2	8	58570	58577	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_002620	GTCT	2	8	60028	60035	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_002620	TTTG	2	8	64772	64779	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_002620	TTAA	3	12	76053	76064	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_002620	ATAA	2	8	78401	78408	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_002620	TAAG	2	8	84402	84409	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_002620	AATT	2	8	88042	88049	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_002620	AGGG	2	8	92827	92834	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
29	NC_002620	TGTT	2	8	109939	109946	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_002620	TAGG	2	8	114393	114400	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_002620	TATT	2	8	115003	115010	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_002620	TGAT	2	8	115067	115074	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_002620	GAAA	2	8	115145	115152	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_002620	TGGG	2	8	115232	115239	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
35	NC_002620	TGAA	2	8	115963	115970	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_002620	TTTA	2	8	126449	126456	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_002620	ATTT	2	8	126524	126531	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_002620	AGTT	2	8	134432	134439	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_002620	AGCA	2	8	135423	135430	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_002620	GACC	2	8	136015	136022	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
41	NC_002620	CCTC	2	8	138443	138450	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
42	NC_002620	CTTT	2	8	140658	140665	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_002620	AAAG	2	8	141139	141146	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_002620	ATAA	2	8	141282	141289	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_002620	GGAC	2	8	141657	141664	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_002620	AAAT	2	8	142211	142218	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_002620	AGGA	2	8	142414	142421	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_002620	CAAT	2	8	142440	142447	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_002620	GTTT	2	8	142950	142957	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_002620	TGTT	2	8	143009	143016	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_002620	CTTT	2	8	155602	155609	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_002620	CGAA	2	8	155610	155617	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_002620	AGTT	2	8	156390	156397	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_002620	AGCA	2	8	157381	157388	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_002620	GACC	2	8	157973	157980	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_002620	CCTC	2	8	160400	160407	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
57	NC_002620	TCTT	2	8	160843	160850	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_002620	TAGA	2	8	160907	160914	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_002620	TGGC	2	8	161037	161044	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_002620	TAGA	2	8	163954	163961	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_002620	AGTT	2	8	164027	164034	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_002620	TAGT	2	8	165908	165915	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_002620	TAGT	2	8	169289	169296	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_002620	AACT	2	8	176943	176950	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_002620	AGAA	2	8	177499	177506	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_002620	CTTT	2	8	186016	186023	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_002620	AAAG	2	8	194961	194968	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_002620	TTCC	2	8	200126	200133	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_002620	TTTA	2	8	201128	201135	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_002620	TTCT	2	8	202372	202379	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_002620	GAAA	2	8	202661	202668	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_002620	GTAT	2	8	207834	207841	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_002620	GTTT	2	8	209677	209684	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_002620	TTTA	2	8	210050	210057	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_002620	AAAG	2	8	214127	214134	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_002620	TAAA	2	8	216209	216216	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_002620	GTTA	2	8	216219	216226	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_002620	AATT	2	8	216264	216271	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_002620	TTTC	2	8	219143	219150	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_002620	TTCT	2	8	227544	227551	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_002620	ATTT	2	8	227636	227643	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_002620	TGTT	2	8	236099	236106	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_002620	TTGA	2	8	243847	243854	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_002620	TTAT	2	8	243897	243904	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_002620	AGAA	2	8	247668	247675	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_002620	GTCT	2	8	247709	247716	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_002620	TTTA	2	8	252886	252893	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_002620	TCCT	2	8	252987	252994	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_002620	TTCT	2	8	253352	253359	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_002620	GTTT	2	8	257774	257781	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_002620	CATA	2	8	260219	260226	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_002620	GGAA	2	8	260870	260877	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_002620	GTTT	2	8	263563	263570	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_002620	CCTT	2	8	276032	276039	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_002620	GTTT	2	8	276054	276061	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_002620	CTTT	2	8	277793	277800	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_002620	GTCT	2	8	286852	286859	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_002620	GGAT	2	8	287001	287008	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_002620	TAAA	2	8	288720	288727	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_002620	ATTT	2	8	296902	296909	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_002620	TCTT	2	8	297128	297135	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_002620	GAAG	2	8	298628	298635	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_002620	GAAG	2	8	303047	303054	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_002620	TCTT	2	8	304092	304099	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_002620	TATT	2	8	311469	311476	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_002620	TAAT	2	8	311490	311497	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_002620	AAGA	2	8	317545	317552	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_002620	GTTT	2	8	317580	317587	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_002620	ATTT	2	8	321537	321544	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_002620	GTTT	2	8	321586	321593	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_002620	AAAG	2	8	323543	323550	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_002620	AAGA	2	8	331340	331347	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_002620	CCCT	2	8	335630	335637	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
114	NC_002620	GGGA	2	8	340519	340526	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
115	NC_002620	TGCG	2	8	340658	340665	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_002620	TGAA	2	8	342602	342609	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_002620	TTAA	2	8	343449	343456	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_002620	TGCT	2	8	348672	348679	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_002620	ATTG	2	8	350087	350094	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_002620	TTTG	2	8	350113	350120	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_002620	TACT	2	8	362364	362371	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_002620	AAAT	2	8	364452	364459	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_002620	CGAA	2	8	364578	364585	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_002620	GTTA	2	8	365963	365970	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_002620	TAAA	2	8	369882	369889	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_002620	TGAA	2	8	370840	370847	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_002620	AAGT	2	8	370881	370888	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_002620	TGGT	2	8	373239	373246	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_002620	TAAT	2	8	375942	375949	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_002620	ATGA	2	8	375964	375971	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_002620	AAGA	2	8	388455	388462	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_002620	TTCG	2	8	390258	390265	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_002620	GATA	2	8	393006	393013	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_002620	TCTA	2	8	397668	397675	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_002620	AGAA	2	8	400569	400576	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_002620	ATCC	2	8	400611	400618	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_002620	GTTT	2	8	409061	409068	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_002620	GTTT	2	8	409083	409090	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_002620	GTTT	2	8	409147	409154	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_002620	TAAA	2	8	411446	411453	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_002620	GCAT	2	8	420615	420622	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_002620	AAGA	2	8	427660	427667	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_002620	CAAG	2	8	427716	427723	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_002620	AAGA	2	8	427804	427811	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_002620	TTAA	2	8	430075	430082	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_002620	AAGC	2	8	436690	436697	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_002620	TAAA	2	8	436904	436911	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_002620	GAAT	2	8	436966	436973	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_002620	GCTT	2	8	438454	438461	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_002620	GTTT	2	8	438993	439000	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_002620	AGGG	2	8	441335	441342	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
152	NC_002620	AGTG	2	8	443696	443703	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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301	NC_002620	TTTA	2	8	1007023	1007030	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_002620	TTTA	2	8	1014809	1014816	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_002620	TCAA	2	8	1027640	1027647	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
304	NC_002620	TATT	2	8	1037119	1037126	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NC_002620	GAAA	2	8	1038486	1038493	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
306	NC_002620	TACG	2	8	1040162	1040169	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
307	NC_002620	TTTC	2	8	1050458	1050465	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
308	NC_002620	GCTT	2	8	1051150	1051157	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
309	NC_002620	TTTC	2	8	1060198	1060205	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
310	NC_002620	TTTG	2	8	1060677	1060684	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
311	NC_002620	AGCT	2	8	1060793	1060800	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
312	NC_002620	TTAC	2	8	1060860	1060867	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
313	NC_002620	CAAC	2	8	1061497	1061504	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
314	NC_002620	CAGC	2	8	1061647	1061654	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
315	NC_002620	GAAA	2	8	1062185	1062192	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
316	NC_002620	ATAG	2	8	1062514	1062521	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
317	NC_002620	GCTG	2	8	1062630	1062637	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
318	NC_002620	TCGT	2	8	1062660	1062667	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
319	NC_002620	CAAT	2	8	1062687	1062694	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
320	NC_002620	AACG	2	8	1062782	1062789	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
321	NC_002620	AAGG	2	8	1062814	1062821	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
322	NC_002620	CTTA	2	8	1063504	1063511	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
323	NC_002620	AGGA	2	8	1063550	1063557	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
324	NC_002620	CAAG	2	8	1066309	1066316	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
325	NC_002620	CTTT	2	8	1067290	1067297	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
326	NC_002620	TAAA	2	8	1067318	1067325	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.